More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0020 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0020  signal peptide peptidase SppA, 36K type  100 
 
 
319 aa  629  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184229 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0044  signal peptide peptidase SppA, 36K type  60.69 
 
 
316 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316268  normal  0.230689 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0060  signal peptide peptidase SppA, 36K type  59.49 
 
 
316 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0166  signal peptide peptidase SppA, 36K type  52.2 
 
 
323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3671  signal peptide peptidase A  54.29 
 
 
322 aa  290  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0149  signal peptide peptidase SppA  50 
 
 
331 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.415563  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0154  signal peptide peptidase SppA  50 
 
 
331 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2929  signal peptide peptidase SppA, 36K type  45.69 
 
 
324 aa  263  3e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359605  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0102  S49 family peptidase  45.65 
 
 
326 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0059  peptidase S49, SppA  45.03 
 
 
327 aa  243  3e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0430254  normal  0.117031 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2197  signal peptide peptidase SppA, 36K type  45.28 
 
 
321 aa  233  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.321393  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  44.38 
 
 
325 aa  232  6e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0205  signal peptide peptidase SppA, 36K type  49.38 
 
 
322 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0219029  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0143  signal peptide peptidase SppA, 36K type  43.56 
 
 
324 aa  231  1e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  49.45 
 
 
314 aa  231  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2220  signal peptide peptidase SppA, 36K type  42.63 
 
 
323 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.205102  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0122  signal peptide peptidase SppA, 36K type  48.56 
 
 
321 aa  229  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0180  signal peptide peptidase SppA, 36K type  48.56 
 
 
321 aa  228  9e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.589969  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2500  signal peptide peptidase SppA, 36K type  47.31 
 
 
321 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0396  signal peptide peptidase SppA, 36K type  43.43 
 
 
325 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.302309  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2445  signal peptide peptidase SppA, 36K type  44.85 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.534538  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0639  signal peptide peptidase SppA, 36K type  43.56 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0663368 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0068  signal peptide peptidase SppA, 36K type  42.77 
 
 
326 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0824847  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0193  signal peptide peptidase SppA, 36K type  46.18 
 
 
326 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.116765  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0618  signal peptide peptidase A  37.91 
 
 
288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0401  signal peptide peptidase SppA  37.55 
 
 
288 aa  196  6e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3198  signal peptide peptidase SppA, 36K type  39.92 
 
 
313 aa  185  8e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216895  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2329  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.37 
 
 
383 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0236  signal peptide peptidase SppA, 36K type  39.47 
 
 
296 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0147104  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1881  signal peptide peptidase SppA, 67K type  41.67 
 
 
298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0052  signal peptide peptidase SppA, 36K type  42.55 
 
 
296 aa  150  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2497  signal peptide peptidase SppA, 36K type  45.55 
 
 
295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.609347  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1750  signal peptide peptidase A  43.98 
 
 
301 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2434  signal peptide peptidase SppA, 36K type  42.94 
 
 
382 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270678  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1521  signal peptide peptidase A  40.8 
 
 
316 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.290741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2346  signal peptide peptidase SppA, 36K type  42.94 
 
 
382 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0725  signal peptide peptidase SppA, 36K type  40.81 
 
 
335 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0032  signal peptide peptidase SppA, 36K type  44.44 
 
 
371 aa  143  4e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.557774  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2179  signal peptide peptidase SppA, 36K type  41.79 
 
 
299 aa  143  5e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1234  signal peptide peptidase SppA, 36K type  41.97 
 
 
260 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5345  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.28 
 
 
274 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1703  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.88 
 
 
297 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2551  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.89 
 
 
295 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.210829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2285  signal peptide peptidase SppA, 36K type  44.1 
 
 
298 aa  139  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.693274  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1980  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.05 
 
 
299 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000026819  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2291  signal peptide peptidase SppA, 36K type  42.78 
 
 
366 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212937  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4753  signal peptide peptidase SppA, 36K type  39.42 
 
 
270 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0127167  hitchhiker  0.0000000108216 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0409  signal peptide peptidase SppA, 36K type  35.29 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.927346  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2714  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.05 
 
 
336 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.17 
 
 
296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000244919  normal  0.445804 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0423  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.06 
 
 
339 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13731  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  43.58 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13811  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  39.52 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.99906  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3163  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.31 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.016437 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3085  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.41 
 
 
348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1281  signal peptide peptidase A  44.64 
 
 
269 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0403  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.68 
 
 
272 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.469925  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0394  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.68 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1689  signal peptide peptidase A  38.83 
 
 
273 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13521  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  38.57 
 
 
269 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0715  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.67 
 
 
290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2394  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.15 
 
 
342 aa  129  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12671  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  37.32 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000540358 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0392  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.19 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.163931  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2119  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.21 
 
 
290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.562028  unclonable  0.00000986804 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1916  signal peptide peptidase A  37.91 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06151  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  37.23 
 
 
270 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0720976 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2494  signal peptide peptidase A  35.78 
 
 
272 aa  127  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.641741  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2205  signal peptide peptidase SppA, 36K type  40.21 
 
 
323 aa  126  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2159  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.33 
 
 
338 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2255  signal peptide peptidase SppA  36.06 
 
 
273 aa  125  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.221521  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0508  signal peptide peptidase A  33.89 
 
 
280 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4106  signal peptide peptidase A  35.92 
 
 
303 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.827209  normal  0.751736 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3180  signal peptide peptidase SppA, 36K type  40.21 
 
 
313 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000448923  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1739  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.68 
 
 
319 aa  123  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000870898  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0799  signal peptide peptidase A  35.06 
 
 
269 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16541  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  36.27 
 
 
269 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3112  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.56 
 
 
293 aa  122  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.73 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1590  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.04 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.152894  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0583  signal peptide peptidase A  39.01 
 
 
273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0697  signal peptide peptidase A  38.67 
 
 
340 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1197  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.07 
 
 
282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2800  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.16 
 
 
588 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2415  periplasmic serine proteases (ClpP class)  40 
 
 
297 aa  119  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.025979  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1421  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.39 
 
 
326 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000360798  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1718  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.99 
 
 
585 aa  118  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1702  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.88 
 
 
327 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000021867  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0656  hypothetical protein  37.64 
 
 
513 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0522  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.56 
 
 
626 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200693  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1442  signal peptide peptidase A  37.89 
 
 
320 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000119274  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0307  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.94 
 
 
324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1737  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.59 
 
 
605 aa  116  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000998332  decreased coverage  0.00000852075 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2080  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.59 
 
 
605 aa  116  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0820  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.32 
 
 
321 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0639  signal peptide peptidase SppA, 67K type  38.04 
 
 
595 aa  115  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.352059 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1150  signal peptide peptidase SppA, 36K type  41.97 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01643  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.49 
 
 
621 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.20854  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2221  signal peptide peptidase SppA, 67K type  38.2 
 
 
661 aa  114  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.431319 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1213  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.11 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>