More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3878 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3878  phage minor capsid protein C, putative  100 
 
 		 323 aa  664    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1618  serine peptidase  63.47 
 
 		 316 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.439496  normal  0.582479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3206  peptidase S49  43.89 
 
 		 441 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0858  bacteriophage-like protein  44.19 
 
 		 416 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0571682 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2661  prophage LambdaMc01, U7 family peptidase  45.66 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349461  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0104  peptidase S49  45.45 
 
 		 461 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2816  serine peptidase  41.33 
 
 		 433 aa  159  4e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0602  prophage LambdaW4, minor capsid protein C, putative  46.46 
 
 		 353 aa  159  5e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1819  periplasmic serine proteases  34.77 
 
 		 383 aa  159  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2894  serine peptidase  43 
 
 		 392 aa  158  9e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1546  peptidase S49  37.93 
 
 		 445 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1261  serine peptidase  40.44 
 
 		 418 aa  157  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2812  gifsy-1 prophage head-tail preconnector gp5  38.25 
 
 		 498 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.779132 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2745  serine peptidase  42.03 
 
 		 410 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00202939 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1289  head-tail preconnector protein GP5  35.15 
 
 		 501 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2225  S49 family peptidase  35.66 
 
 		 436 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0230467  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10039  capsid component  36.02 
 
 		 439 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00734  hypothetical protein  36.02 
 
 		 439 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1623  minor capsid protein C  33.02 
 
 		 439 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0216288 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1786  minor capsid protein C  33.02 
 
 		 439 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.05918 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2094  peptidase S49  35.63 
 
 		 439 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00430491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1326  serine peptidase  40.44 
 
 		 436 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0433516 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2046  serine peptidase  40 
 
 		 433 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01981  hypothetical protein  36.45 
 
 		 450 aa  150  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1457  head-tail preconnector protein GP5  34.47 
 
 		 501 aa  149  7e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2774  head-tail preconnector protein GP5  34.13 
 
 		 501 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.821156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1189  head-tail preconnector protein GP5  34.13 
 
 		 501 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2574  serine peptidase  39.56 
 
 		 418 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195998 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0894  head-tail preconnector protein GP5  33.79 
 
 		 501 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0680  peptidase S49  36.41 
 
 		 463 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.415675  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2091  S49 family peptidase  34.26 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3063  serine peptidase  33.56 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.011289  hitchhiker  0.0000979996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2460  peptidase S49  39.08 
 
 		 461 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3650  serine peptidase  37.44 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1657  peptidase S49  30.42 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.954617  normal  0.14225 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3784  serine peptidase  37.41 
 
 		 448 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4143  peptidase S49  38.25 
 
 		 481 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.437804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6530  peptidase S49  34.47 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3627  serine peptidase  37.74 
 
 		 448 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.490835  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2314  Periplasmic serine proteases (ClpP class)  29.67 
 
 		 306 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1885  peptidase S49  32.08 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000297327 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3360  peptidase S49  37.04 
 
 		 451 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.545404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1997  peptidase S49  39.52 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.862209  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0595  peptidase S49  38.46 
 
 		 420 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7143  peptidase S49  33 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588765 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1004  serine peptidase  30.84 
 
 		 402 aa  102  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242585 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0715  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.8 
 
 		 290 aa  99.8  5e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0392  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.25 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.163931  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.25 
 
 		 274 aa  99  9e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1063  peptidase S49  31.84 
 
 		 408 aa  99  9e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.900753  normal  0.784221 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2241  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.54 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0166  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.32 
 
 		 323 aa  92.8  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0401  signal peptide peptidase SppA  29.36 
 
 		 288 aa  92.8  7e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3173  peptidase S49  30.43 
 
 		 781 aa  92.4  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.792634 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0697  signal peptide peptidase A  32.74 
 
 		 340 aa  92.4  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0618  signal peptide peptidase A  30.73 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1752  peptidase S49  32.47 
 
 		 314 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.341748 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3671  signal peptide peptidase A  32.1 
 
 		 322 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0057  peptidase S49  33.8 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0181813  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2445  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.46 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.534538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2929  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.79 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0685  peptidase S49, SppA  32.8 
 
 		 289 aa  90.9  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0154  signal peptide peptidase SppA  32.97 
 
 		 331 aa  90.1  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0786  signal peptide peptidase  28.97 
 
 		 351 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.917383 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0149  signal peptide peptidase SppA  32.97 
 
 		 331 aa  90.1  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.415563  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0205  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.33 
 
 		 322 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0219029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0180  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.33 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.589969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0909  peptidase S49  31.08 
 
 		 364 aa  90.1  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0531296 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0122  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.33 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1044  putative protease transmembrane protein  31.02 
 
 		 378 aa  89.7  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1590  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.27 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.152894  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0907  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.26 
 
 		 282 aa  89.4  8e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000565575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0974  peptidase S49  30.63 
 
 		 364 aa  89.4  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0652949 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0013  signal peptide peptidase SppA domain-containing protein  30.21 
 
 		 325 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  hitchhiker  0.0000208532 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0792  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.37 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3085  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.2 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00860  ClpP class periplasmic serine protease  29.76 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1825  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.81 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0185284  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1702  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.02 
 
 		 327 aa  86.7  5e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000021867  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1737  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.22 
 
 		 354 aa  86.7  5e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000391092  normal  0.794877 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0423  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.69 
 
 		 339 aa  86.7  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0660  putative protease transmembrane protein  32.67 
 
 		 336 aa  86.3  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2500  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.61 
 
 		 321 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0510  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.68 
 
 		 596 aa  85.9  9e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0396  protease IV, putative  29.22 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.690183  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0514  peptidase S49  31.78 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0405  putative protease IV  29.22 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2394  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.69 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0066  peptidase S49  32.56 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0307  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.38 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1980  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.44 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000026819  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13521  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  31.58 
 
 		 269 aa  84.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2197  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.61 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.321393  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.15 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2828  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.4 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.289408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0052  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.23 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0454  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.8 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.496953 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1718  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.39 
 
 		 585 aa  83.2  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1641  peptidase S49, SppA  30.77 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.183448 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0571  peptidase S49  30.43 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>