More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1657 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1657  peptidase S49  100 
 
 		 301 aa  614  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.954617  normal  0.14225 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2314  Periplasmic serine proteases (ClpP class)  43.89 
 
 		 306 aa  235  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3784  serine peptidase  42.16 
 
 		 448 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3360  peptidase S49  42.02 
 
 		 451 aa  191  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.545404 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3627  serine peptidase  42.35 
 
 		 448 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.490835  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0104  peptidase S49  37.59 
 
 		 461 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2225  S49 family peptidase  38.38 
 
 		 436 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0230467  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1885  peptidase S49  37.5 
 
 		 292 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000297327 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10039  capsid component  34.63 
 
 		 439 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00734  hypothetical protein  34.63 
 
 		 439 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2094  peptidase S49  34.3 
 
 		 439 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00430491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1786  minor capsid protein C  34.62 
 
 		 439 aa  169  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.05918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1623  minor capsid protein C  34.62 
 
 		 439 aa  169  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0216288 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01981  hypothetical protein  34.74 
 
 		 450 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2460  peptidase S49  36.28 
 
 		 461 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1189  head-tail preconnector protein GP5  34.31 
 
 		 501 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2774  head-tail preconnector protein GP5  34.31 
 
 		 501 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.821156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2812  gifsy-1 prophage head-tail preconnector gp5  34.03 
 
 		 498 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.779132 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0894  head-tail preconnector protein GP5  33.33 
 
 		 501 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1457  head-tail preconnector protein GP5  33.66 
 
 		 501 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1289  head-tail preconnector protein GP5  33.99 
 
 		 501 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4143  peptidase S49  34.92 
 
 		 481 aa  159  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.437804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3206  peptidase S49  36.91 
 
 		 441 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1819  periplasmic serine proteases  37.32 
 
 		 383 aa  158  8e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0858  bacteriophage-like protein  37.71 
 
 		 416 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0571682 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1546  peptidase S49  36.59 
 
 		 445 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6530  peptidase S49  36.43 
 
 		 374 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1326  serine peptidase  37.28 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0433516 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2745  serine peptidase  37.01 
 
 		 410 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00202939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2046  serine peptidase  36.75 
 
 		 433 aa  146  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3063  serine peptidase  32.78 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.011289  hitchhiker  0.0000979996 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2661  prophage LambdaMc01, U7 family peptidase  36.12 
 
 		 408 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349461  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2816  serine peptidase  36.14 
 
 		 433 aa  142  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1618  serine peptidase  33.44 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.439496  normal  0.582479 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2091  S49 family peptidase  35 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1261  serine peptidase  41.43 
 
 		 418 aa  135  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2574  serine peptidase  40.58 
 
 		 418 aa  133  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195998 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2894  serine peptidase  39.81 
 
 		 392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3878  phage minor capsid protein C, putative  30.42 
 
 		 323 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3650  serine peptidase  36.48 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0602  prophage LambdaW4, minor capsid protein C, putative  35.47 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0680  peptidase S49  33.96 
 
 		 463 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.415675  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0595  peptidase S49  36.48 
 
 		 420 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1997  peptidase S49  34.86 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.862209  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0032  signal peptide peptidase SppA, 36K type  26.82 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.557774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.07 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0392  signal peptide peptidase SppA, 36K type  26.39 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.163931  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0715  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.86 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0307  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.98 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3671  signal peptide peptidase A  31.4 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1739  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.45 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000870898  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3082  peptidase S49  28.11 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7143  peptidase S49  28.27 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588765 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3656  peptidase S49  27.78 
 
 		 361 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2845  peptidase S49, SppA  25.91 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.25989  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3213  peptidase S49  31.07 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00577792  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2179  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.16 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0556  signal peptide peptidase A  25.43 
 
 		 601 aa  74.3  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0166  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.58 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0640  peptidase S49  25.93 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3173  peptidase S49  31.28 
 
 		 781 aa  73.9  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.792634 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1881  signal peptide peptidase SppA, 67K type  29.41 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971573  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1063  peptidase S49  28.1 
 
 		 408 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.900753  normal  0.784221 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1560  protease  27.88 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.22727  normal  0.14187 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1704  peptidase S49, protease IV  25.63 
 
 		 601 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.100824  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0697  signal peptide peptidase A  27.94 
 
 		 340 aa  73.2  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0154  signal peptide peptidase SppA  31.58 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0149  signal peptide peptidase SppA  31.58 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.415563  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.59 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0907  signal peptide peptidase SppA, 36K type  26.64 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000565575 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1750  signal peptide peptidase A  27.59 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3163  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.63 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.016437 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3838  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.11 
 
 		 332 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247109  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0454  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.35 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.496953 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0057  peptidase S49  30.29 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0181813  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1177  peptidase S49  28.08 
 
 		 350 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.371293  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1478  signal peptide peptidase SppA, putative  27.75 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.484654  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1351  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.38 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0130  peptidase S49  30.32 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.14674  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2241  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29 
 
 		 339 aa  71.6  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2415  periplasmic serine proteases (ClpP class)  27.4 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.025979  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1718  signal peptide peptidase SppA, 67K type  26.14 
 
 		 585 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00860  ClpP class periplasmic serine protease  29.26 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0423  signal peptide peptidase SppA, 36K type  26.15 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1590  signal peptide peptidase SppA, 36K type  25.45 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.152894  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1631  protease IV  25 
 
 		 583 aa  70.1  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1186  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.73 
 
 		 831 aa  70.1  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504842 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2291  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.17 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1752  peptidase S49  28.44 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.341748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1641  peptidase S49, SppA  27.19 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.183448 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2434  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.58 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270678  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2346  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.58 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1980  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.39 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000026819  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2410  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.64 
 
 		 561 aa  69.3  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00005921  decreased coverage  0.000106081 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1336  peptidase S49  31.53 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00354766 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0510  signal peptide peptidase SppA, 36K type  24.61 
 
 		 596 aa  68.6  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1004  serine peptidase  27.83 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242585 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1066  peptidase S49  27.46 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.609608  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1521  signal peptide peptidase A  29.6 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.290741  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1962  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.91 
 
 		 329 aa  68.6  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0118482  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>