More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1623 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1623  serine peptidase  100 
 
 		 315 aa  627  1e-179  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0324508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1752  peptidase S49  66.98 
 
 		 314 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.341748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3861  peptidase S49  44.24 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0282  peptidase S49  43.86 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.348409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0057  peptidase S49  45.12 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0181813  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3173  peptidase S49  36.15 
 
 		 781 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.792634 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3650  periplasmic serine protease (ClpP class)  36.56 
 
 		 305 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1997  peptidase S49  37.18 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.862209  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1647  peptidase  35.85 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1261  serine peptidase  34.88 
 
 		 418 aa  98.6  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1326  serine peptidase  33.33 
 
 		 436 aa  95.9  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0433516 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7143  peptidase S49  28.66 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588765 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2584  peptidase S49  37.44 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000432276 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2046  serine peptidase  31.62 
 
 		 433 aa  91.7  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2574  serine peptidase  31.62 
 
 		 418 aa  91.3  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195998 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1618  serine peptidase  31.22 
 
 		 316 aa  89.7  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.439496  normal  0.582479 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2745  serine peptidase  30.05 
 
 		 410 aa  85.9  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00202939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1546  peptidase S49  33.02 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0104  peptidase S49  30.04 
 
 		 461 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2894  serine peptidase  31.16 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2816  serine peptidase  29.3 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1819  periplasmic serine proteases  28.64 
 
 		 383 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3206  peptidase S49  29.58 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1336  peptidase S49  29.85 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00354766 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1004  serine peptidase  32.38 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242585 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2415  periplasmic serine proteases (ClpP class)  29.82 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.025979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3360  peptidase S49  33.48 
 
 		 451 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.545404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2460  peptidase S49  32.87 
 
 		 461 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3878  phage minor capsid protein C, putative  30.29 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3627  serine peptidase  33.48 
 
 		 448 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.490835  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0680  peptidase S49  29.38 
 
 		 463 aa  74.3  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.415675  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3784  serine peptidase  33.04 
 
 		 448 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3082  peptidase S49  34.3 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2119  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.3 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.562028  unclonable  0.00000986804 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1590  signal peptide peptidase A  28.37 
 
 		 608 aa  70.5  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1421  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.1 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000360798  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2551  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.95 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.210829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4143  peptidase S49  32.49 
 
 		 481 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.437804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3656  peptidase S49  33.14 
 
 		 361 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1261  peptidase S49  31.9 
 
 		 522 aa  68.2  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.21154 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1980  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.32 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000026819  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0858  bacteriophage-like protein  29.72 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0571682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2757  peptidase S49  32.09 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1177  peptidase S49  32.18 
 
 		 350 aa  67  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.371293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2179  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.89 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09290  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.95 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.123416 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1724  peptidase S49  32.75 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2661  prophage LambdaMc01, U7 family peptidase  29.11 
 
 		 408 aa  66.2  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349461  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0423  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.44 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0403  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.74 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.469925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0454  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.96 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.496953 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1718  signal peptide peptidase SppA, 67K type  28.25 
 
 		 585 aa  63.5  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1058  signal peptide peptidase SppA, 67K type  31.8 
 
 		 593 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.329562 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1042  signal peptide peptidase SppA, 67K type  31.8 
 
 		 593 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824188  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0394  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.14 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0399  peptidase S49  28.88 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.673483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3962  signal peptide peptidase SppA, 67K type  26.49 
 
 		 605 aa  63.2  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2091  S49 family peptidase  28.85 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0288  signal peptide peptidase SppA, 36K type  24.12 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1234  signal peptide peptidase SppA, 36K type  26.19 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2314  Periplasmic serine proteases (ClpP class)  27.51 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3877  signal peptide peptidase SppA, 67K type  26.02 
 
 		 656 aa  62  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.725611  normal  0.0235537 
 
 
-
 
NC_002978  WD0602  prophage LambdaW4, minor capsid protein C, putative  24.58 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4784  peptidase S49  29.11 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.342506  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1750  signal peptide peptidase A  25.31 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4597  signal peptide peptidase SppA  29.73 
 
 		 611 aa  61.6  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.129173  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3063  serine peptidase  28.1 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.011289  hitchhiker  0.0000979996 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0066  peptidase S49  28.45 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6530  peptidase S49  30.88 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1864  peptidase S49  30.18 
 
 		 550 aa  60.8  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.534893 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0697  signal peptide peptidase A  29.67 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1881  signal peptide peptidase SppA, 67K type  26.9 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971573  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0053  acid phosphatase  29.44 
 
 		 580 aa  60.1  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0725  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.75 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1402  signal peptide peptidase SppA, 36K type  24.5 
 
 		 649 aa  60.1  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0628867  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1397  peptidase S49  32.37 
 
 		 550 aa  59.7  0.00000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0307  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.26 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0974  peptidase S49  29.15 
 
 		 364 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0652949 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1560  protease  28.06 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.22727  normal  0.14187 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1089  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.61 
 
 		 350 aa  59.3  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00447762  hitchhiker  0.000000000000025278 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1885  peptidase S49  27.32 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000297327 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0863  peptidase S49  29.47 
 
 		 552 aa  59.3  0.00000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2225  S49 family peptidase  26.44 
 
 		 436 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0230467  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0052  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.78 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2497  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.71 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.609347  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0909  peptidase S49  29.15 
 
 		 364 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0531296 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4371  peptidase S49  30.04 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2718  signal peptide peptidase SppA, 36K type  26.55 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0640  peptidase S49  29.44 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0392  signal peptide peptidase SppA, 36K type  24.65 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.163931  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1351  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.57 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0894  head-tail preconnector protein GP5  24.73 
 
 		 501 aa  58.2  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0685  peptidase S49, SppA  26.82 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2828  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.44 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.289408  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10039  capsid component  28.97 
 
 		 439 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00734  hypothetical protein  28.97 
 
 		 439 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2016  putative periplasmic protease  28.82 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000438973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5841  signal peptide peptidase SppA, 67K type  30.77 
 
 		 587 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1289  head-tail preconnector protein GP5  24.91 
 
 		 501 aa  57.8  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23000  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.73 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.202582  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>