More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00908 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00908  putative RSH-related protein  100 
 
 		 319 aa  658    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303359 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  86.21 
 
 		 788 aa  318  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  86.21 
 
 		 788 aa  318  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  87.35 
 
 		 705 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  82.86 
 
 		 764 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  83.23 
 
 		 741 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  50.19 
 
 		 1525 aa  255  8e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  42.54 
 
 		 913 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  44.38 
 
 		 917 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  44.97 
 
 		 903 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  43.42 
 
 		 613 aa  123  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  45 
 
 		 1381 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  43.14 
 
 		 920 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  37.26 
 
 		 1467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  41.67 
 
 		 1577 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  35.78 
 
 		 690 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2213  RhsD protein precursor  65 
 
 		 207 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  43.75 
 
 		 889 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  39.5 
 
 		 1433 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 927 aa  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2293  RhsD protein  58.14 
 
 		 187 aa  102  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  40.88 
 
 		 1198 aa  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  38 
 
 		 1301 aa  99  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  40.24 
 
 		 605 aa  97.4  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2450  RHS protein  34.15 
 
 		 414 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.132039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3724  Rhs family protein-like protein  39.23 
 
 		 285 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0108015  hitchhiker  0.00111387 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  36.42 
 
 		 2961 aa  87.4  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  36.54 
 
 		 2831 aa  87.4  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  32.28 
 
 		 1892 aa  85.9  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  38.76 
 
 		 1189 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  40.65 
 
 		 414 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  39.67 
 
 		 1429 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  44.83 
 
 		 1550 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  34.21 
 
 		 738 aa  82  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  29.03 
 
 		 1338 aa  80.9  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  36.99 
 
 		 1573 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  38.24 
 
 		 1494 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  39.47 
 
 		 1390 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  38.89 
 
 		 1527 aa  80.1  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  39.13 
 
 		 1528 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  41.38 
 
 		 1409 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  40.3 
 
 		 1551 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4995  RHS protein  42.73 
 
 		 171 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  40.3 
 
 		 583 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  42.73 
 
 		 451 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  32.81 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  38.33 
 
 		 1411 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  34.09 
 
 		 1791 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  33.16 
 
 		 1531 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  33.14 
 
 		 1384 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  42.24 
 
 		 1527 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  39.83 
 
 		 1400 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2441  hypothetical protein  61.67 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  32.45 
 
 		 1763 aa  76.6  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  37.12 
 
 		 480 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  41.18 
 
 		 1509 aa  76.6  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3726  hypothetical protein  39.09 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01295  hitchhiker  0.00196674 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  40.94 
 
 		 598 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  41.23 
 
 		 1385 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  41.03 
 
 		 1488 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  37.9 
 
 		 1626 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  41.07 
 
 		 867 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  39.83 
 
 		 1576 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  37.59 
 
 		 1560 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  39.52 
 
 		 1520 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  39.34 
 
 		 1609 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  33.73 
 
 		 1352 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  35.19 
 
 		 1586 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  39.5 
 
 		 1411 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  39.5 
 
 		 1411 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  39.5 
 
 		 1411 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  36.43 
 
 		 1494 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  36.43 
 
 		 1494 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  39.5 
 
 		 1411 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  36.8 
 
 		 1699 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  38.89 
 
 		 1359 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  37.39 
 
 		 866 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  38.26 
 
 		 561 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  36.97 
 
 		 1397 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  31.98 
 
 		 1602 aa  73.2  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1310  YD repeat protein  33.8 
 
 		 2387 aa  72.8  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  37.9 
 
 		 1485 aa  72.8  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  34.36 
 
 		 1595 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  32.52 
 
 		 1600 aa  72.8  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  37.19 
 
 		 1981 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  38.46 
 
 		 1259 aa  72.8  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  34.36 
 
 		 1586 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0538  Rhs domain-containing protein  44.23 
 
 		 236 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  38.06 
 
 		 1199 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00450  conserved protein, rhs-like protein  44.23 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2190  RHS protein  38.6 
 
 		 682 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0179088  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3111  RHS protein  44.23 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.791839  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  40.87 
 
 		 1398 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  38.76 
 
 		 1620 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00455  hypothetical protein  44.23 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  36.97 
 
 		 1397 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  31.35 
 
 		 1517 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  40.19 
 
 		 233 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  36.31 
 
 		 1362 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4283  YD repeat-containing protein  38.97 
 
 		 1679 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>