More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3071 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3205  dehydrogenase, isocitrate/isopropylmalate family  85.61 
 
 
396 aa  704    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0643665  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3071  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
396 aa  816    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2737  DlpA protein (isocitrate and isopropylmalate dehydrogenase family protein)  53.39 
 
 
615 aa  402  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2610  DlpA protein (isocitrate and isopropylmalate dehydrogenase family protein)  50.9 
 
 
615 aa  401  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.24 
 
 
370 aa  304  2.0000000000000002e-81  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2964  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.34 
 
 
403 aa  266  2.9999999999999995e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  0.574229 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  34.25 
 
 
339 aa  237  2e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.08 
 
 
339 aa  236  6e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  33.98 
 
 
339 aa  231  1e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1368  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.02 
 
 
420 aa  231  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.04 
 
 
338 aa  228  2e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.52 
 
 
337 aa  228  2e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.42 
 
 
343 aa  224  2e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  35.85 
 
 
335 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
336 aa  219  6e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
336 aa  219  6e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
336 aa  219  6e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.72 
 
 
360 aa  219  7e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  36.66 
 
 
336 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.36 
 
 
362 aa  217  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  35.58 
 
 
335 aa  218  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  35.92 
 
 
336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  35.31 
 
 
335 aa  216  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  36.12 
 
 
335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  36.22 
 
 
336 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  35.31 
 
 
336 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.95 
 
 
334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  38.08 
 
 
323 aa  211  2e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.22 
 
 
361 aa  211  2e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.84 
 
 
334 aa  210  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  35.95 
 
 
335 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  36.39 
 
 
336 aa  210  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  36.61 
 
 
335 aa  210  4e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.23 
 
 
331 aa  209  8e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  35.5 
 
 
331 aa  208  1e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.95 
 
 
326 aa  208  1e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.1 
 
 
358 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1797  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.36 
 
 
329 aa  207  4e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  33.96 
 
 
335 aa  202  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2146  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.34 
 
 
321 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  32.97 
 
 
330 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  35.66 
 
 
336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  32.97 
 
 
330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  32.97 
 
 
330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.81 
 
 
335 aa  199  5e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1632  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.7 
 
 
375 aa  199  7e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.341727  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1339  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.15 
 
 
375 aa  197  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.66 
 
 
349 aa  196  5.000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  35.87 
 
 
340 aa  195  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.71 
 
 
336 aa  195  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2659  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  36.59 
 
 
326 aa  195  1e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.122672  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.71 
 
 
332 aa  195  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  33.51 
 
 
335 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  37 
 
 
374 aa  194  2e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.04 
 
 
348 aa  194  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.69 
 
 
334 aa  193  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6279  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.62 
 
 
363 aa  193  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000172683  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  32.7 
 
 
333 aa  192  6e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.37 
 
 
353 aa  192  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  34.59 
 
 
335 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  34.59 
 
 
335 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  33.78 
 
 
330 aa  191  2e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.54 
 
 
325 aa  190  4e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.785398 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.77 
 
 
333 aa  190  4e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50442  homo- isocitrate dehydrogenase  33.42 
 
 
377 aa  189  5.999999999999999e-47  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.185544  normal  0.0465536 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2804  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.29 
 
 
359 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.89 
 
 
348 aa  188  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  36.34 
 
 
334 aa  186  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.6 
 
 
371 aa  186  8e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1286  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.55 
 
 
354 aa  186  9e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  33.07 
 
 
337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1492  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.55 
 
 
354 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0637  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.46 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.253022  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1521  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.82 
 
 
354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  34.32 
 
 
335 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  31.22 
 
 
359 aa  184  3e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  33.42 
 
 
336 aa  184  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1285  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.29 
 
 
354 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2762  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.31 
 
 
326 aa  182  8.000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.95 
 
 
346 aa  182  8.000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1560  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.55 
 
 
354 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1454  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.55 
 
 
354 aa  181  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1312  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.29 
 
 
354 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.38 
 
 
364 aa  181  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1421  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.29 
 
 
354 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1323  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.77 
 
 
354 aa  181  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.16 
 
 
357 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.16 
 
 
357 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3890  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.55 
 
 
354 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  34.5 
 
 
342 aa  179  5.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  30.4 
 
 
359 aa  179  5.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1124  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.03 
 
 
354 aa  179  8e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.8369  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14420  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  36.59 
 
 
356 aa  179  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404223  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  30.73 
 
 
359 aa  178  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.42 
 
 
355 aa  178  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05206  LysBPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6DTN1]  35.03 
 
 
360 aa  178  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>