More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2219 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 355 aa  729    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.58 
 
 		 357 aa  532  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.58 
 
 		 357 aa  532  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.16 
 
 		 364 aa  529  1e-149  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.35 
 
 		 353 aa  501  1e-141  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.14 
 
 		 358 aa  387  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.47 
 
 		 374 aa  379  1e-104  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.56 
 
 		 349 aa  371  1e-102  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1632  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.13 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.341727  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0609  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.94 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.35358  normal  0.44345 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.83 
 
 		 348 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1339  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.87 
 
 		 375 aa  365  1e-100  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2077  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.55 
 
 		 371 aa  364  1e-99  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1947  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.34 
 
 		 373 aa  362  4e-99  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.633607  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.13 
 
 		 371 aa  361  1e-98  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.41 
 
 		 346 aa  358  9e-98  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.49 
 
 		 354 aa  347  1e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0187  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.27 
 
 		 375 aa  347  2e-94  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  hitchhiker  0.0060325 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2812  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 		 348 aa  347  2e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0175  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.68 
 
 		 354 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.690575 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.84 
 
 		 348 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.71 
 
 		 339 aa  337  9.999999999999999e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1417  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.11 
 
 		 347 aa  336  2.9999999999999997e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.928689 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  51 
 
 		 337 aa  331  1e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.42 
 
 		 343 aa  329  3e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.86 
 
 		 361 aa  329  4e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3544  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.55 
 
 		 353 aa  328  9e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2383  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.85 
 
 		 347 aa  325  8.000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7787  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.28 
 
 		 358 aa  322  4e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1891  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.57 
 
 		 336 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1911  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.57 
 
 		 336 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1957  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.57 
 
 		 336 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.54302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1704  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.57 
 
 		 348 aa  320  1.9999999999999998e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.43 
 
 		 343 aa  317  2e-85  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2268  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.41 
 
 		 350 aa  315  7e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000036299 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 		 336 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3368  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.12 
 
 		 478 aa  312  4.999999999999999e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10780  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.84 
 
 		 339 aa  312  6.999999999999999e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473276  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  51.39 
 
 		 356 aa  308  9e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  46.33 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1167  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.86 
 
 		 354 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90936  normal  0.0719652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4067  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.43 
 
 		 340 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13010  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.29 
 
 		 336 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.9867e-34  normal  0.83086 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2530  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.73 
 
 		 350 aa  302  6.000000000000001e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.000736484  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.97 
 
 		 342 aa  301  9e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1352  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.45 
 
 		 362 aa  301  1e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.762323  normal  0.873029 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.59 
 
 		 355 aa  300  3e-80  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6014  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.72 
 
 		 345 aa  300  3e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2129  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.29 
 
 		 336 aa  296  3e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.985992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  43.47 
 
 		 352 aa  296  4e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  42.9 
 
 		 363 aa  296  4e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  44.04 
 
 		 358 aa  295  6e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  48.75 
 
 		 359 aa  295  8e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  45.85 
 
 		 355 aa  295  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  46.94 
 
 		 363 aa  292  7e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  45.95 
 
 		 357 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  48.44 
 
 		 359 aa  291  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3632  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.72 
 
 		 342 aa  291  2e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.24 
 
 		 361 aa  291  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.24 
 
 		 361 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  48.24 
 
 		 361 aa  290  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  48.24 
 
 		 361 aa  290  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  45.29 
 
 		 363 aa  290  3e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.24 
 
 		 361 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.24 
 
 		 361 aa  290  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  48.24 
 
 		 361 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  48.24 
 
 		 361 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.24 
 
 		 361 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.32 
 
 		 351 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  45.33 
 
 		 364 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1536  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.8 
 
 		 342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  46.15 
 
 		 359 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5538  tartrate dehydrogenase  43.13 
 
 		 367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5903  tartrate dehydrogenase  43.13 
 
 		 367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.440083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  43.09 
 
 		 365 aa  285  9e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  44.93 
 
 		 359 aa  285  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  48.08 
 
 		 359 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5311  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.04 
 
 		 347 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0769  tartrate dehydrogenase  43.79 
 
 		 362 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0696899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  44.71 
 
 		 375 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  44.25 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  43.25 
 
 		 360 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  46.2 
 
 		 359 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  42.82 
 
 		 359 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  45.87 
 
 		 354 aa  282  7.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1612  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  44.44 
 
 		 361 aa  281  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0186674  normal  0.0323069 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  42.94 
 
 		 359 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  43.05 
 
 		 360 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5025  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.94 
 
 		 347 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.70387 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1616  tartrate dehydrogenase  44.54 
 
 		 361 aa  279  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.409343  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1512  tartrate dehydrogenase  44.54 
 
 		 361 aa  279  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1756  tartrate dehydrogenase  44.54 
 
 		 361 aa  279  4e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147675 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5601  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.73 
 
 		 347 aa  279  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.574649 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  43.71 
 
 		 359 aa  278  8e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  45.31 
 
 		 361 aa  278  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  44.01 
 
 		 359 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  42.42 
 
 		 363 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08950  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.88 
 
 		 342 aa  278  1e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.102676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  43.09 
 
 		 362 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  43.25 
 
 		 349 aa  277  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>