More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3224 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 337 aa  667    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  76.49 
 
 		 336 aa  513  1e-144  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1911  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.6 
 
 		 336 aa  504  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1891  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.6 
 
 		 336 aa  504  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1957  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.6 
 
 		 336 aa  504  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.54302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.56 
 
 		 339 aa  497  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2129  3-isopropylmalate dehydrogenase  75 
 
 		 336 aa  488  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.985992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13010  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.89 
 
 		 336 aa  481  1e-135  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.9867e-34  normal  0.83086 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1704  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.97 
 
 		 348 aa  466  9.999999999999999e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1417  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.59 
 
 		 347 aa  461  1e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.928689 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10780  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.92 
 
 		 339 aa  457  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473276  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6014  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.86 
 
 		 345 aa  448  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2383  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.21 
 
 		 347 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1472  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.65 
 
 		 340 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.121569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.74 
 
 		 348 aa  442  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1167  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.64 
 
 		 354 aa  442  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90936  normal  0.0719652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4067  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.66 
 
 		 340 aa  442  1e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7787  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.57 
 
 		 358 aa  437  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08950  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.21 
 
 		 342 aa  434  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.102676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.82 
 
 		 342 aa  431  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1352  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.92 
 
 		 362 aa  424  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.762323  normal  0.873029 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0175  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.74 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.690575 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.35 
 
 		 346 aa  413  1e-114  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.18 
 
 		 354 aa  411  1e-114  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2812  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.25 
 
 		 348 aa  412  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3368  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.32 
 
 		 478 aa  414  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.28 
 
 		 348 aa  409  1e-113  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.08 
 
 		 355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3544  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.64 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 343 aa  403  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2268  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.52 
 
 		 350 aa  402  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000036299 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3632  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.44 
 
 		 342 aa  399  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2530  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.64 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.000736484  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.18 
 
 		 361 aa  391  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.78 
 
 		 343 aa  388  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08590  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.4 
 
 		 358 aa  377  1e-103  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.86 
 
 		 357 aa  328  6e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.86 
 
 		 357 aa  328  6e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.7 
 
 		 364 aa  322  6e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  51 
 
 		 355 aa  322  7e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1536  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.49 
 
 		 342 aa  320  3e-86  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.72 
 
 		 358 aa  319  5e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.73 
 
 		 353 aa  316  4e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  47.7 
 
 		 356 aa  310  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.56 
 
 		 349 aa  301  1e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.11 
 
 		 351 aa  289  4e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  48.75 
 
 		 349 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.41 
 
 		 374 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  45.77 
 
 		 352 aa  284  2.0000000000000002e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2077  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.96 
 
 		 371 aa  279  5e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  45.59 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  47.4 
 
 		 349 aa  275  8e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  46.02 
 
 		 359 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.11 
 
 		 371 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0187  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.25 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  hitchhiker  0.0060325 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  46.38 
 
 		 350 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  46.42 
 
 		 363 aa  273  3e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0765  tartrate dehydrogenase  45.27 
 
 		 364 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1947  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.29 
 
 		 373 aa  272  7e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.633607  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  46.7 
 
 		 359 aa  271  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0609  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.7 
 
 		 374 aa  270  2e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.35358  normal  0.44345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  45.57 
 
 		 352 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  44 
 
 		 360 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  47.19 
 
 		 350 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  47.19 
 
 		 350 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  44.28 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.12 
 
 		 384 aa  267  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  46.71 
 
 		 352 aa  266  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  44 
 
 		 360 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  43.71 
 
 		 360 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  46.15 
 
 		 358 aa  266  5e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  43.71 
 
 		 360 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4970  3-isopropylmalate dehydrogenase  47 
 
 		 346 aa  265  5.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.736304  normal  0.0918819 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  43.43 
 
 		 360 aa  265  7e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1339  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.39 
 
 		 375 aa  265  8e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  44.16 
 
 		 358 aa  263  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  43.3 
 
 		 375 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5025  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.08 
 
 		 347 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.70387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  44.08 
 
 		 359 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  45.6 
 
 		 360 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  44.94 
 
 		 351 aa  262  8e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  43.86 
 
 		 360 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  43.62 
 
 		 361 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  43.62 
 
 		 359 aa  259  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5311  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.76 
 
 		 347 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  44.34 
 
 		 357 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  43.03 
 
 		 359 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  42.29 
 
 		 362 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  44.21 
 
 		 359 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  43.26 
 
 		 359 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  43.57 
 
 		 360 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  42.29 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3389  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase  44.98 
 
 		 357 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  43.4 
 
 		 362 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2113  tartrate dehydrogenase  43.27 
 
 		 368 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00371607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  43.08 
 
 		 358 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5655  tartrate dehydrogenase  42.9 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0996  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  44.03 
 
 		 361 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.932146  normal  0.0127706 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  43.62 
 
 		 363 aa  256  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3035  tartrate dehydrogenase  44.98 
 
 		 357 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.931781 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>