More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3632 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3632  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 342 aa  672    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  89.77 
 
 		 342 aa  547  1e-154  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.14 
 
 		 336 aa  468  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.64 
 
 		 348 aa  470  1.0000000000000001e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4067  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.27 
 
 		 340 aa  462  1e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0175  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.05 
 
 		 354 aa  458  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.690575 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.74 
 
 		 337 aa  458  9.999999999999999e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1891  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.59 
 
 		 336 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1417  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.08 
 
 		 347 aa  457  1e-127  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.928689 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1911  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.59 
 
 		 336 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1957  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.59 
 
 		 336 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.54302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2812  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.97 
 
 		 348 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.55 
 
 		 348 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2129  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.03 
 
 		 336 aa  451  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.985992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7787  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.47 
 
 		 358 aa  445  1.0000000000000001e-124  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.03 
 
 		 354 aa  442  1e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1704  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.32 
 
 		 348 aa  439  9.999999999999999e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6014  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.76 
 
 		 345 aa  439  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2383  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.05 
 
 		 347 aa  435  1e-121  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.31 
 
 		 346 aa  434  1e-121  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1472  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.02 
 
 		 340 aa  437  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.121569 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.22 
 
 		 361 aa  435  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13010  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.34 
 
 		 336 aa  428  1e-119  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.9867e-34  normal  0.83086 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.1 
 
 		 343 aa  424  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10780  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.79 
 
 		 339 aa  425  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473276  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1167  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.34 
 
 		 354 aa  420  1e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90936  normal  0.0719652 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08950  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.16 
 
 		 342 aa  420  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.102676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1352  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.05 
 
 		 362 aa  419  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.762323  normal  0.873029 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.6 
 
 		 339 aa  419  1e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3544  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.83 
 
 		 353 aa  414  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3368  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.76 
 
 		 478 aa  410  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.36 
 
 		 355 aa  401  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2530  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.44 
 
 		 350 aa  403  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.000736484  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2268  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.77 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000036299 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08590  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 358 aa  368  1e-101  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.13 
 
 		 343 aa  367  1e-100  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.56 
 
 		 357 aa  360  2e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.56 
 
 		 357 aa  360  2e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.47 
 
 		 364 aa  338  5.9999999999999996e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.74 
 
 		 353 aa  334  1e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.43 
 
 		 355 aa  330  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1536  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.2 
 
 		 342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.31 
 
 		 358 aa  320  3e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  49.23 
 
 		 356 aa  310  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.98 
 
 		 349 aa  309  5e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  50.62 
 
 		 349 aa  295  9e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  46.53 
 
 		 358 aa  291  9e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  48.99 
 
 		 350 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  49.25 
 
 		 350 aa  289  4e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  49.25 
 
 		 350 aa  289  4e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  44.06 
 
 		 357 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  46.99 
 
 		 359 aa  285  8e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  45.38 
 
 		 362 aa  285  8e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  50.16 
 
 		 349 aa  285  9e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  45.79 
 
 		 360 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  45.56 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3389  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase  48.54 
 
 		 357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3035  tartrate dehydrogenase  48.54 
 
 		 357 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.931781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  46.79 
 
 		 359 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2992  tartrate dehydrogenase  47.13 
 
 		 359 aa  281  9e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  45.92 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  48.62 
 
 		 359 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  48.26 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  46.48 
 
 		 361 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  46.24 
 
 		 352 aa  279  4e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  45.72 
 
 		 361 aa  279  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  46.95 
 
 		 363 aa  279  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  46.09 
 
 		 361 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  46.09 
 
 		 361 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  46.09 
 
 		 361 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4976  tartrate dehydrogenase  45.38 
 
 		 361 aa  278  9e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.260447 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  45.29 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3173  tartrate dehydrogenase  45.51 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  45.29 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3119  tartrate dehydrogenase  45.1 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  45.29 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  45.29 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  45.29 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  47.83 
 
 		 363 aa  277  2e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  46.63 
 
 		 375 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  45 
 
 		 361 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2077  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.09 
 
 		 371 aa  276  4e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  45 
 
 		 361 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  46.01 
 
 		 359 aa  276  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.49 
 
 		 351 aa  275  7e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  44.61 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  44.71 
 
 		 361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2349  tartrate dehydrogenase  43.45 
 
 		 364 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0663819  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  43.42 
 
 		 365 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2860  tartrate dehydrogenase  43.45 
 
 		 364 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  46.32 
 
 		 359 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2191  tartrate dehydrogenase  43.71 
 
 		 363 aa  272  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0013  tartrate dehydrogenase  45.51 
 
 		 361 aa  272  7e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  48.85 
 
 		 370 aa  272  7e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  47.85 
 
 		 359 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5638  tartrate dehydrogenase  44.85 
 
 		 362 aa  271  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0534  tartrate dehydrogenase  47.53 
 
 		 358 aa  271  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0457204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0251  tartrate dehydrogenase  49.36 
 
 		 372 aa  271  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.66296  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  47.13 
 
 		 359 aa  271  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5538  tartrate dehydrogenase  49.03 
 
 		 367 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>