More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0615 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 354 aa  712    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0175  3-isopropylmalate dehydrogenase  81.92 
 
 		 354 aa  568  1e-161  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.690575 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.29 
 
 		 348 aa  496  1e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2812  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.5 
 
 		 348 aa  480  1e-134  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1417  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.11 
 
 		 347 aa  475  1e-133  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.928689 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3544  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.93 
 
 		 353 aa  475  1e-133  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.39 
 
 		 348 aa  474  1e-133  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.18 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1704  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.27 
 
 		 348 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2383  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.42 
 
 		 347 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.03 
 
 		 342 aa  438  9.999999999999999e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7787  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.25 
 
 		 358 aa  439  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.45 
 
 		 336 aa  433  1e-120  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10780  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.64 
 
 		 339 aa  430  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473276  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1167  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.32 
 
 		 354 aa  428  1e-119  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90936  normal  0.0719652 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.87 
 
 		 346 aa  429  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3368  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.57 
 
 		 478 aa  429  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4067  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.13 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1891  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.52 
 
 		 336 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1911  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.52 
 
 		 336 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2530  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.1 
 
 		 350 aa  422  1e-117  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.000736484  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1957  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.52 
 
 		 336 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.54302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2268  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.25 
 
 		 350 aa  419  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000036299 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1352  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.59 
 
 		 362 aa  421  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.762323  normal  0.873029 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3632  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.03 
 
 		 342 aa  416  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6014  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.38 
 
 		 345 aa  414  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1472  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.13 
 
 		 340 aa  409  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.121569 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2129  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.28 
 
 		 336 aa  408  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.985992  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.97 
 
 		 339 aa  407  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.35 
 
 		 355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.74 
 
 		 361 aa  404  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.48 
 
 		 343 aa  404  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08950  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.12 
 
 		 342 aa  399  9.999999999999999e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.102676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.59 
 
 		 343 aa  398  9.999999999999999e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13010  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.32 
 
 		 336 aa  395  1e-109  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.9867e-34  normal  0.83086 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 		 357 aa  385  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 		 357 aa  385  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.47 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.78 
 
 		 355 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.28 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.07 
 
 		 353 aa  359  3e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08590  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 358 aa  355  7.999999999999999e-97  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.45 
 
 		 349 aa  343  2.9999999999999997e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 356 aa  341  1e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  50 
 
 		 352 aa  328  7e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  48.45 
 
 		 358 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1536  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.73 
 
 		 342 aa  319  6e-86  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.9 
 
 		 374 aa  317  1e-85  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 363 aa  316  3e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  47.61 
 
 		 359 aa  315  7e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  47.62 
 
 		 359 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  48.31 
 
 		 359 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  50.76 
 
 		 359 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  49.55 
 
 		 359 aa  311  9e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  48.03 
 
 		 359 aa  310  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  47.08 
 
 		 365 aa  310  2e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  48.15 
 
 		 349 aa  310  4e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  47.7 
 
 		 375 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  47.04 
 
 		 361 aa  309  5e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  47.04 
 
 		 361 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  47.04 
 
 		 361 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  47.04 
 
 		 361 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  47.04 
 
 		 361 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  47.04 
 
 		 361 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  47.04 
 
 		 361 aa  308  9e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  49.58 
 
 		 359 aa  308  9e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  47.04 
 
 		 361 aa  308  9e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  48.44 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  46.91 
 
 		 361 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  46.63 
 
 		 362 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.76 
 
 		 361 aa  305  9.000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3035  tartrate dehydrogenase  50.96 
 
 		 357 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.931781 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  48.44 
 
 		 359 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0187  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.17 
 
 		 375 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  hitchhiker  0.0060325 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.59 
 
 		 351 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.8 
 
 		 371 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  45.01 
 
 		 357 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2860  tartrate dehydrogenase  47.08 
 
 		 364 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2349  tartrate dehydrogenase  47.21 
 
 		 364 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0663819  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  47.58 
 
 		 363 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5638  tartrate dehydrogenase  47.9 
 
 		 362 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3389  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase  50.32 
 
 		 357 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2992  tartrate dehydrogenase  49.43 
 
 		 359 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2191  tartrate dehydrogenase  46.7 
 
 		 363 aa  301  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  48.59 
 
 		 363 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  45.71 
 
 		 361 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  45.71 
 
 		 361 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3119  tartrate dehydrogenase  45.98 
 
 		 361 aa  299  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  46.22 
 
 		 362 aa  299  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  45.71 
 
 		 361 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3237  tartrate dehydrogenase  45.68 
 
 		 361 aa  299  6e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  45.15 
 
 		 364 aa  298  7e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4976  tartrate dehydrogenase  45.98 
 
 		 361 aa  298  9e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.260447 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2077  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.85 
 
 		 371 aa  298  1e-79  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  44.6 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4999  tartrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 357 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  46.07 
 
 		 358 aa  298  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  47.18 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0609  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.38 
 
 		 374 aa  297  2e-79  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.35358  normal  0.44345 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  45.68 
 
 		 360 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>