More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_10780 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_10780  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 339 aa  672    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473276  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1704  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.61 
 
 		 348 aa  593  1e-168  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1167  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.39 
 
 		 354 aa  555  1e-157  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90936  normal  0.0719652 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1417  3-isopropylmalate dehydrogenase  82.01 
 
 		 347 aa  554  1e-157  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.928689 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2383  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.07 
 
 		 347 aa  553  1e-156  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2268  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.12 
 
 		 350 aa  459  9.999999999999999e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000036299 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.92 
 
 		 337 aa  457  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1352  3-isopropylmalate dehydrogenase  76.85 
 
 		 362 aa  454  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.762323  normal  0.873029 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2530  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.75 
 
 		 350 aa  452  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.000736484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.64 
 
 		 348 aa  450  1e-125  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7787  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.25 
 
 		 358 aa  446  1.0000000000000001e-124  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.15 
 
 		 339 aa  444  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.96 
 
 		 336 aa  437  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1911  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.26 
 
 		 336 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1891  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.26 
 
 		 336 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1957  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.26 
 
 		 336 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.54302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.01 
 
 		 348 aa  430  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3368  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.44 
 
 		 478 aa  430  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3544  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.79 
 
 		 353 aa  422  1e-117  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.22 
 
 		 355 aa  422  1e-117  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2812  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.06 
 
 		 348 aa  420  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4067  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.36 
 
 		 340 aa  418  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0175  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.1 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.690575 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2129  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.77 
 
 		 336 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.985992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08590  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.22 
 
 		 358 aa  409  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6014  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.97 
 
 		 345 aa  405  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.64 
 
 		 343 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08950  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.96 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.102676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.64 
 
 		 354 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13010  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.37 
 
 		 336 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.9867e-34  normal  0.83086 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.25 
 
 		 342 aa  392  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1472  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.26 
 
 		 340 aa  389  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.121569 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.71 
 
 		 346 aa  385  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.27 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.56 
 
 		 343 aa  369  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3632  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.67 
 
 		 342 aa  359  3e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.29 
 
 		 357 aa  319  3.9999999999999996e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.29 
 
 		 357 aa  319  3.9999999999999996e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.96 
 
 		 358 aa  314  9.999999999999999e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.84 
 
 		 355 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.75 
 
 		 353 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.06 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1536  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.09 
 
 		 342 aa  299  4e-80  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.4 
 
 		 349 aa  288  1e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  48.59 
 
 		 363 aa  277  1e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.4 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  44.09 
 
 		 358 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  45.03 
 
 		 356 aa  276  3e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  42.03 
 
 		 357 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  47.56 
 
 		 359 aa  275  5e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  46.04 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  46.34 
 
 		 363 aa  272  7e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  45.86 
 
 		 352 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.51 
 
 		 351 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  46.34 
 
 		 359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  46.95 
 
 		 359 aa  270  4e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  48.64 
 
 		 352 aa  269  4e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  45.43 
 
 		 362 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  46.04 
 
 		 358 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  45.43 
 
 		 359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  47.13 
 
 		 360 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.44 
 
 		 371 aa  265  7e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  44.06 
 
 		 360 aa  265  8e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0187  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.09 
 
 		 375 aa  265  1e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  hitchhiker  0.0060325 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  43.52 
 
 		 357 aa  263  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1947  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.41 
 
 		 373 aa  264  2e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.633607  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  46.34 
 
 		 359 aa  263  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  47.52 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  43.48 
 
 		 360 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  43.48 
 
 		 360 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.91 
 
 		 361 aa  263  4e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  44.87 
 
 		 352 aa  262  4.999999999999999e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  44.82 
 
 		 359 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  46.82 
 
 		 360 aa  262  6e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  46.91 
 
 		 361 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  46.91 
 
 		 361 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  43.15 
 
 		 357 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  43.77 
 
 		 360 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.91 
 
 		 361 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.91 
 
 		 361 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.91 
 
 		 361 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0609  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.34 
 
 		 374 aa  261  1e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.35358  normal  0.44345 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  45.35 
 
 		 350 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  45.48 
 
 		 349 aa  261  1e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  46.58 
 
 		 361 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  41.48 
 
 		 362 aa  260  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2077  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.44 
 
 		 371 aa  260  2e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  46.58 
 
 		 361 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  43.35 
 
 		 354 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0251  tartrate dehydrogenase  46.6 
 
 		 372 aa  260  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.66296  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0534  tartrate dehydrogenase  45.11 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0457204 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.91 
 
 		 361 aa  260  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  43.19 
 
 		 360 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  43.19 
 
 		 360 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  45.03 
 
 		 363 aa  258  7e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0770  tartrate dehydrogenase  44.59 
 
 		 359 aa  259  7e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.144909 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  43.15 
 
 		 359 aa  258  1e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  41.19 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4630  tartrate dehydrogenase  43.95 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  45.06 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>