More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4067 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_4067  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 340 aa  671    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6014  3-isopropylmalate dehydrogenase  77.74 
 
 		 345 aa  492  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1472  3-isopropylmalate dehydrogenase  78.64 
 
 		 340 aa  482  1e-135  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.121569 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08950  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.38 
 
 		 342 aa  478  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.102676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.96 
 
 		 336 aa  473  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.55 
 
 		 348 aa  464  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.66 
 
 		 337 aa  467  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1891  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.44 
 
 		 336 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1911  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.44 
 
 		 336 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1957  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.44 
 
 		 336 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.54302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.55 
 
 		 339 aa  458  9.999999999999999e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  78.64 
 
 		 342 aa  451  1e-125  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7787  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.52 
 
 		 358 aa  448  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2129  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.96 
 
 		 336 aa  448  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.985992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10780  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.36 
 
 		 339 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473276  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1417  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.44 
 
 		 347 aa  444  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.928689 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2812  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.68 
 
 		 348 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.47 
 
 		 348 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1704  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.7 
 
 		 348 aa  441  9.999999999999999e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0175  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.22 
 
 		 354 aa  436  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.690575 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13010  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.83 
 
 		 336 aa  436  1e-121  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.9867e-34  normal  0.83086 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3368  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.72 
 
 		 478 aa  433  1e-120  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3632  3-isopropylmalate dehydrogenase  78.41 
 
 		 342 aa  431  1e-119  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2383  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.86 
 
 		 347 aa  431  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2530  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.28 
 
 		 350 aa  425  1e-118  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.000736484  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.31 
 
 		 346 aa  421  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.13 
 
 		 354 aa  423  1e-117  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.16 
 
 		 343 aa  422  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2268  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.84 
 
 		 350 aa  424  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000036299 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1352  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.8 
 
 		 362 aa  423  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.762323  normal  0.873029 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.69 
 
 		 361 aa  423  1e-117  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1167  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.54 
 
 		 354 aa  420  1e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90936  normal  0.0719652 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3544  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.74 
 
 		 353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.44 
 
 		 355 aa  403  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.93 
 
 		 343 aa  389  1e-107  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08590  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.12 
 
 		 358 aa  386  1e-106  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.42 
 
 		 357 aa  337  1.9999999999999998e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.42 
 
 		 357 aa  337  1.9999999999999998e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1536  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.28 
 
 		 342 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.46 
 
 		 364 aa  326  4.0000000000000003e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.14 
 
 		 355 aa  325  5e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.09 
 
 		 353 aa  323  2e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.55 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.83 
 
 		 349 aa  308  6.999999999999999e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  46.06 
 
 		 356 aa  297  2e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.01 
 
 		 374 aa  288  7e-77  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.73 
 
 		 351 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0609  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.56 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.35358  normal  0.44345 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2077  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.26 
 
 		 371 aa  277  2e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  47.9 
 
 		 350 aa  277  2e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  47.15 
 
 		 370 aa  277  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  47.46 
 
 		 349 aa  276  3e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  44 
 
 		 359 aa  273  4.0000000000000004e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0251  tartrate dehydrogenase  47.69 
 
 		 372 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.66296  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  47.31 
 
 		 350 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  43.42 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  47.31 
 
 		 350 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1339  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.21 
 
 		 375 aa  270  2e-71  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.12 
 
 		 371 aa  270  2e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  42.9 
 
 		 352 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  43.86 
 
 		 359 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  46.96 
 
 		 361 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.96 
 
 		 361 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.96 
 
 		 361 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  46.96 
 
 		 361 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  46.96 
 
 		 361 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1947  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.09 
 
 		 373 aa  268  7e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.633607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  42.82 
 
 		 361 aa  268  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  46.65 
 
 		 361 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  43.49 
 
 		 375 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  43.62 
 
 		 357 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  46.65 
 
 		 361 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0187  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.78 
 
 		 375 aa  266  4e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  hitchhiker  0.0060325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2992  tartrate dehydrogenase  44 
 
 		 359 aa  266  5e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  47.46 
 
 		 349 aa  266  5e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  43.6 
 
 		 351 aa  265  7e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  42.57 
 
 		 357 aa  265  7e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  43.2 
 
 		 361 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  45.33 
 
 		 360 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  42.52 
 
 		 374 aa  265  1e-69  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  45.33 
 
 		 360 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  44.93 
 
 		 363 aa  264  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  43.36 
 
 		 359 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  43.88 
 
 		 358 aa  264  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  43.66 
 
 		 360 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  42.03 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  44.28 
 
 		 360 aa  264  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  41.45 
 
 		 357 aa  263  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  43.36 
 
 		 354 aa  263  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  44.04 
 
 		 363 aa  263  4e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  43.2 
 
 		 359 aa  262  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  47.1 
 
 		 359 aa  262  8e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1620  tartrate dehydrogenase  43.92 
 
 		 368 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.607945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  42.6 
 
 		 359 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  41.89 
 
 		 362 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1612  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  47.06 
 
 		 361 aa  261  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0186674  normal  0.0323069 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  43.32 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  44.13 
 
 		 352 aa  261  1e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  43.79 
 
 		 359 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  42.31 
 
 		 362 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>