More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_08950 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_08950  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 342 aa  680    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.102676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6014  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.91 
 
 		 345 aa  567  1e-161  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4067  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.38 
 
 		 340 aa  478  1e-134  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1472  3-isopropylmalate dehydrogenase  77.98 
 
 		 340 aa  476  1e-133  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.121569 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.52 
 
 		 336 aa  473  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1911  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.86 
 
 		 336 aa  464  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1957  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.86 
 
 		 336 aa  464  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.54302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1891  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.86 
 
 		 336 aa  464  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.21 
 
 		 337 aa  459  9.999999999999999e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2129  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.12 
 
 		 336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.985992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13010  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.89 
 
 		 336 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.9867e-34  normal  0.83086 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1417  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.85 
 
 		 347 aa  439  9.999999999999999e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.928689 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7787  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.39 
 
 		 358 aa  437  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10780  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.96 
 
 		 339 aa  431  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473276  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.71 
 
 		 348 aa  429  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.5 
 
 		 346 aa  426  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.38 
 
 		 348 aa  425  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1704  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.52 
 
 		 348 aa  425  1e-118  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.18 
 
 		 339 aa  423  1e-117  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1352  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.27 
 
 		 362 aa  424  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.762323  normal  0.873029 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3368  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.13 
 
 		 478 aa  422  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.11 
 
 		 342 aa  414  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2530  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.18 
 
 		 350 aa  416  9.999999999999999e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.000736484  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2268  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.29 
 
 		 350 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000036299 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.17 
 
 		 361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0175  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.09 
 
 		 354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.690575 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1167  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.18 
 
 		 354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90936  normal  0.0719652 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2383  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.31 
 
 		 347 aa  399  9.999999999999999e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.12 
 
 		 354 aa  395  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2812  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.68 
 
 		 348 aa  397  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.39 
 
 		 343 aa  395  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3632  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.97 
 
 		 342 aa  389  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.01 
 
 		 355 aa  386  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3544  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.71 
 
 		 353 aa  376  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.25 
 
 		 343 aa  372  1e-102  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08590  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.81 
 
 		 358 aa  373  1e-102  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.86 
 
 		 357 aa  322  6e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.86 
 
 		 357 aa  322  6e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1962  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.38 
 
 		 353 aa  305  6e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.292825  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1536  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.4 
 
 		 342 aa  305  7e-82  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.63 
 
 		 364 aa  303  4.0000000000000003e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2219  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.88 
 
 		 355 aa  295  1e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.215948  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.18 
 
 		 358 aa  294  1e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1586  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.38 
 
 		 349 aa  288  1e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  46.47 
 
 		 359 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.77 
 
 		 351 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.94 
 
 		 371 aa  268  8.999999999999999e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  42.94 
 
 		 356 aa  268  1e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  44.48 
 
 		 359 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0187  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.47 
 
 		 375 aa  267  2e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  hitchhiker  0.0060325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  43.9 
 
 		 359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  44.71 
 
 		 359 aa  266  5e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2077  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.11 
 
 		 371 aa  265  5.999999999999999e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  43.23 
 
 		 361 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  46.08 
 
 		 352 aa  263  2e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  44.35 
 
 		 358 aa  263  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2992  tartrate dehydrogenase  43.59 
 
 		 359 aa  262  8e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  45.31 
 
 		 359 aa  260  2e-68  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  42.07 
 
 		 362 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  45.43 
 
 		 359 aa  260  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  45.16 
 
 		 350 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  42.36 
 
 		 359 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.82 
 
 		 374 aa  259  4e-68  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  42.44 
 
 		 363 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  42.36 
 
 		 375 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  41.42 
 
 		 374 aa  258  1e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0609  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.31 
 
 		 374 aa  257  2e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.35358  normal  0.44345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  44.31 
 
 		 370 aa  257  2e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2113  tartrate dehydrogenase  41.14 
 
 		 368 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00371607 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1120  tartrate dehydrogenase  41.24 
 
 		 365 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.656227  normal  0.47844 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  42.41 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  44.57 
 
 		 349 aa  258  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  41.33 
 
 		 358 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  45.59 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  40.69 
 
 		 357 aa  256  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  43.9 
 
 		 359 aa  256  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5565  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  41.42 
 
 		 357 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  43.55 
 
 		 360 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1620  tartrate dehydrogenase  40.11 
 
 		 368 aa  256  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.607945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1040  tartrate dehydrogenase  41.69 
 
 		 365 aa  255  7e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  42.73 
 
 		 360 aa  255  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  43.1 
 
 		 358 aa  255  8e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  41.5 
 
 		 362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  42.82 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  43.03 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  42.73 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1339  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.65 
 
 		 375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  43.27 
 
 		 360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  42.99 
 
 		 360 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  42.53 
 
 		 359 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  44.28 
 
 		 350 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  44.28 
 
 		 350 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  45.07 
 
 		 355 aa  252  5.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  40.34 
 
 		 365 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  43.02 
 
 		 363 aa  253  5.000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  40.77 
 
 		 357 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  42.94 
 
 		 351 aa  252  7e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  40.23 
 
 		 362 aa  252  8.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3173  tartrate dehydrogenase  42.61 
 
 		 361 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  42.07 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>