More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1896 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3941  isochorismatase superfamily hydrolase  100 
 
 		 213 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0786845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1896  isochorismatase hydrolase  100 
 
 		 213 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.404618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3576  isochorismatase hydrolase  98.59 
 
 		 213 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2143  isochorismatase hydrolase  89.62 
 
 		 213 aa  390  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.14833 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2308  N-carbamoylsarcosine amidase  75.83 
 
 		 211 aa  321  5e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.48308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6045  N-carbamoylsarcosine amidase  71.01 
 
 		 213 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3089  N-carbamoylsarcosine amidase  54.03 
 
 		 227 aa  221  7e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109998  hitchhiker  0.000000410333 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0048  isochorismatase hydrolase  51.9 
 
 		 210 aa  216  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3491  N-carbamoylsarcosine amidase  52.61 
 
 		 214 aa  214  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0173  isochorismatase hydrolase  50.5 
 
 		 209 aa  203  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1129  putative isochorismatase hydrolase  46.89 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2747  N-carbamoylsarcosine amidase  43.75 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6622  isochorismatase hydrolase  49.21 
 
 		 215 aa  173  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105038  normal  0.886769 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4359  isochorismatase hydrolase  43.12 
 
 		 218 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0222954  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2858  isochorismatase hydrolase  45.93 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1694  isochorismatase hydrolase  43.39 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4294  isochorismatase hydrolase  44.67 
 
 		 213 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3931  isochorismatase hydrolase  44.78 
 
 		 224 aa  148  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122322 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3600  isochorismatase hydrolase  37.82 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.572531  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2511  isochorismatase hydrolase  44.44 
 
 		 216 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446078  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1849  isochorismatase hydrolase  44.28 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3789  isochorismatase hydrolase  43.94 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0217  isochorismatase hydrolase family protein  43.92 
 
 		 211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000108628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4328  isochorismatase hydrolase  43.02 
 
 		 215 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0839951  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4038  isochorismatase hydrolase  43.02 
 
 		 215 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0636814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3487  isochorismatase hydrolase  43.02 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135303 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4551  isochorismatase hydrolase  43.68 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.28453  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4354  N-carbamoylsarcosine amidase  39.15 
 
 		 247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0856  isochorismatase hydrolase  38.65 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3971  isochorismatase hydrolase  42.49 
 
 		 198 aa  124  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7953  isochorismatase hydrolase  38.57 
 
 		 227 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315447  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0908  isochorismatase hydrolase  37.97 
 
 		 187 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.150668  normal  0.249325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4677  isochorismatase hydrolase  36.22 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0532887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2732  isochorismatase hydrolase  36.5 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142839  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1059  isochorismatase hydrolase  36.62 
 
 		 251 aa  106  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0989042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4343  isochorismatase hydrolase  37.02 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.202601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1098  isochorismatase hydrolase  33.67 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0141  isochorismatase hydrolase  34.09 
 
 		 191 aa  87.8  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2198  isochorismatase hydrolase  29.21 
 
 		 193 aa  84  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0202  isochorismatase hydrolase  28.65 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00287334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0212  isochorismatase hydrolase  33.52 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2928  isochorismatase hydrolase  35.06 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.820644 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7125  hydrolase  42.42 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0399  isochorismatase hydrolase  26.97 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2624  isochorismatase hydrolase  35.67 
 
 		 226 aa  78.2  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.722886  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0010  isochorismatase hydrolase  26.19 
 
 		 213 aa  74.7  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000022819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2598  isochorismatase hydrolase  32.05 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0259  isochorismatase hydrolase family protein  28.49 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1197  isochorismatase hydrolase  27.18 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.788349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1165  isochorismatase hydrolase  26.47 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.712866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2226  isochorismatase hydrolase  29.31 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2800  isochorismatase hydrolase  27.33 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0664  isochorismatase hydrolase  26.4 
 
 		 217 aa  71.6  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1354  isochorismatase family protein  28.02 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2038  isochorismatase hydrolase  26.63 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.608826  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1817  isochorismatase hydrolase  30 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2473  isochorismatase hydrolase  25.7 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2658  isochorismatase hydrolase  29.03 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.112501 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0283  isochorismatase family protein family  31.79 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3023  isochorismatase hydrolase  29.41 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0813  isochorismatase hydrolase  35.71 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.255569 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2400  isochorismatase hydrolase  27.37 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.268382  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0336  isochorismatase hydrolase  28.5 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.499522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5240  isochorismatase hydrolase  26.09 
 
 		 230 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4549  isochorismatase hydrolase  33.33 
 
 		 289 aa  68.2  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  0.388724 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18103  predicted protein  25.56 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000572408  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1163  isochorismatase hydrolase  28.32 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.427272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3116  isochorismatase hydrolase  28.8 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1373  isochorismatase family protein  29.08 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0213344 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2755  putative isochorismatase  26.06 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1356  isochorismatase family protein  24.51 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0850  isochorismatase hydrolase  25.26 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.633323  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3317  isochorismatase hydrolase  28.24 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0273  isochorismatase hydrolase  26.84 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3125  isochorismatase hydrolase  26.95 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3660  isochorismatase hydrolase  25.14 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0150605  normal  0.0962565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0275  isochorismatase hydrolase  27.81 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0199791  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2477  isochorismatase hydrolase  29.21 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0529331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1079  isochorismatase hydrolase  25.4 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5238  isochorismatase hydrolase  29.32 
 
 		 231 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.51684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0721  isochorismatase hydrolase  30.41 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150785 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1371  isochorismatase family protein  25.12 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.16071  normal  0.0672215 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3544  isochorismatase hydrolase  30.72 
 
 		 179 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2014  isochorismatase hydrolase  32.26 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.35213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0676  isochorismatase hydrolase  26.49 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2976  isochorismatase hydrolase  28.95 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.391176  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1695  isochorismatase hydrolase  32.26 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305053  normal  0.0828387 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3617  isochorismatase hydrolase  30.72 
 
 		 179 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.644685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6446  isochorismatase hydrolase  26.21 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.0975575 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3549  isochorismatase hydrolase  30.72 
 
 		 179 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4501  isochorismatase hydrolase  26.88 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3109  isochorismatase hydrolase  32.66 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456789  normal  0.0286843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4313  isochorismatase hydrolase  33.57 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.168777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3534  isochorismatase hydrolase  24.71 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1742  isochorismatase hydrolase  29.69 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00897  putative hydrolase protein  34 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0972  isochorismatase hydrolase  24.29 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5654  hypothetical protein  24.63 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1614  isochorismatase hydrolase  32.48 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0848  isochorismatase hydrolase  26.19 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.171362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>