More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0214 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0214  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 374 aa  743    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1442  lytic transglycosylase, catalytic  46.98 
 
 		 672 aa  140  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1732  lytic transglycosylase, catalytic  48.87 
 
 		 679 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0596592 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0940  lytic transglycosylase, catalytic  50.78 
 
 		 680 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.48603  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0518  lytic transglycosylase, catalytic  51.54 
 
 		 682 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.936483 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2642  lytic transglycosylase catalytic  47.66 
 
 		 712 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0643  transglycosylase SLT domain-containing protein  45.93 
 
 		 652 aa  123  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0638  soluble lytic murein transglycosylase  45.26 
 
 		 685 aa  123  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.65587  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0125  lytic transglycosylase, catalytic  47.62 
 
 		 680 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0849  Lytic transglycosylase catalytic  47.24 
 
 		 747 aa  123  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1584  lytic transglycosylase, catalytic  42.66 
 
 		 686 aa  119  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0407879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  49.59 
 
 		 664 aa  119  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3386  Lytic transglycosylase catalytic  44.62 
 
 		 776 aa  119  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3190  lytic transglycosylase catalytic  43.85 
 
 		 774 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2861  lytic transglycosylase catalytic  45.04 
 
 		 804 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3514  Lytic transglycosylase catalytic  43.85 
 
 		 774 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0672  lytic transglycosylase catalytic  46.88 
 
 		 685 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0705  lytic transglycosylase, catalytic  49.6 
 
 		 716 aa  116  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0177  Lytic transglycosylase catalytic  48.57 
 
 		 673 aa  116  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0429292  normal  0.082648 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1889  lytic transglycosylase catalytic  43.08 
 
 		 788 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793651 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0462  transglycosylase  41.48 
 
 		 654 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.18202  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0881  putative soluble lytic transglycosylase  44.44 
 
 		 653 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0034  lytic transglycosylase, catalytic  44.37 
 
 		 649 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2541  lytic transglycosylase, catalytic  44.44 
 
 		 677 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00863759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1135  lytic transglycosylase, catalytic  48.82 
 
 		 677 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.643084  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1909  lytic transglycosylase, catalytic  44.62 
 
 		 677 aa  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.442257  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1483  Lytic transglycosylase catalytic  43.85 
 
 		 760 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1141  Lytic transglycosylase catalytic  45.31 
 
 		 691 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0988  Lytic transglycosylase catalytic  44.53 
 
 		 691 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0698  lytic transglycosylase catalytic  43.08 
 
 		 757 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.385758  normal  0.091894 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1431  soluble lytic transglycosylase  46.09 
 
 		 709 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  48.06 
 
 		 690 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0150  putative lytic transglycosylase catalytic  45.67 
 
 		 649 aa  109  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.862262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  45 
 
 		 642 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14150  soluble lytic murein transglycosylase  45.26 
 
 		 643 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3087  lytic transglycosylase catalytic  44.22 
 
 		 726 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  45 
 
 		 642 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1871  lytic transglycosylase catalytic  44.27 
 
 		 723 aa  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.292946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1778  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  47.66 
 
 		 669 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000296468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0230  soluble lytic murein transglycosylase  49.17 
 
 		 648 aa  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3522  soluble lytic murein transglycosylase, putative  46.77 
 
 		 642 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  44.35 
 
 		 660 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.642421 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3877  lytic transglycosylase catalytic  42.34 
 
 		 898 aa  106  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2890  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 747 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00446727  normal  0.0355503 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0149  lytic transglycosylase, catalytic  43.31 
 
 		 655 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0831767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2697  Lytic transglycosylase catalytic  39.23 
 
 		 745 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0570177  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1672  lytic transglycosylase catalytic  44.26 
 
 		 641 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.08863  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2130  soluble lytic transglycosylase, putative  44.26 
 
 		 657 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.224048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3610  lytic transglycosylase, catalytic  44.26 
 
 		 649 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4695  putative soluble lytic transglycosylase (SLT)  38.46 
 
 		 768 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.122855 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1930  lytic transglycosylase  40 
 
 		 735 aa  103  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.898731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1648  lytic transglycosylase catalytic  44.26 
 
 		 642 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3295  SLT  45.08 
 
 		 642 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.505379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3883  lytic transglycosylase, catalytic  44 
 
 		 650 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.320153 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  45.38 
 
 		 678 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  46.09 
 
 		 663 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2415  lytic transglycosylase, catalytic  37.69 
 
 		 746 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00456435  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2263  lytic transglycosylase, catalytic  39.23 
 
 		 749 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.501845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  43.2 
 
 		 645 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0720  hypothetical protein  40.16 
 
 		 593 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0700  hypothetical protein  40.16 
 
 		 593 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3035  lytic transglycosylase, catalytic  37.69 
 
 		 747 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155974  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0088  soluble lytic murein transglycosylase precursor transmembrane protein  38.46 
 
 		 650 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1088  lytic transglycosylase, catalytic  43.41 
 
 		 653 aa  99.8  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3828  lytic transglycosylase catalytic  41.73 
 
 		 772 aa  99.4  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0450856  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0011  putative soluble lytic murein transglycosylase  40.71 
 
 		 643 aa  99  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868574  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3662  Lytic transglycosylase catalytic  39.1 
 
 		 650 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.874549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3339  Lytic transglycosylase catalytic  39.1 
 
 		 650 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  45.31 
 
 		 690 aa  98.6  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1979  lytic transglycosylase, catalytic  43.9 
 
 		 649 aa  98.2  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.99613 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  47.33 
 
 		 663 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1065  Lytic transglycosylase catalytic  43.51 
 
 		 698 aa  98.2  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004401  soluble lytic murein transglycosylase precursor  44.17 
 
 		 645 aa  97.4  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1953  lytic transglycosylase catalytic  38.65 
 
 		 756 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.314899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  43.08 
 
 		 659 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0176  lytic transglycosylase, catalytic  31.72 
 
 		 655 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.364255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2415  lytic transglycosylase catalytic  39.68 
 
 		 643 aa  97.1  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.853717  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  44.62 
 
 		 657 aa  97.1  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  44.62 
 
 		 657 aa  97.1  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2621  lytic transglycosylase catalytic  42.06 
 
 		 650 aa  97.1  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.327163  normal  0.230885 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2347  lytic transglycosylase, catalytic  40.8 
 
 		 640 aa  95.9  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2529  lytic transglycosylase, catalytic  39.68 
 
 		 642 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4203  lytic transglycosylase, catalytic  43.85 
 
 		 660 aa  95.9  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1895  soluble lytic murein transglycosylase, putative  42.62 
 
 		 638 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3051  lytic transglycosylase, catalytic  40.62 
 
 		 731 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0293  lytic transglycosylase, catalytic  41.94 
 
 		 637 aa  95.1  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.598213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0276  soluble lytic transglycosylase  41.86 
 
 		 681 aa  94.4  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  42.52 
 
 		 661 aa  94.4  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  42.98 
 
 		 644 aa  94  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2499  lytic transglycosylase  44.44 
 
 		 661 aa  94  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3738  Lytic transglycosylase catalytic  43.2 
 
 		 655 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0927783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0486  lytic transglycosylase catalytic  37.75 
 
 		 748 aa  93.6  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.608773 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0527  lytic transglycosylase, catalytic  43.08 
 
 		 693 aa  92.8  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.379018 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2040  soluble lytic murein transglycosylase, putative  38.89 
 
 		 641 aa  92  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0453  soluble lytic murein transglycosylase  42.74 
 
 		 651 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1837  lytic transglycosylase, catalytic  44.78 
 
 		 182 aa  92  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0233  lytic murein transglycosylase, putative  42.74 
 
 		 651 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0198  transglycosylase  43.2 
 
 		 655 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2108  putative lytic murein transglycosylase  42.74 
 
 		 651 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2105  lytic transglycosylase, catalytic  40.48 
 
 		 641 aa  92  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.828929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>