More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2890 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2697  Lytic transglycosylase catalytic  69.03 
 
 		 745 aa  983    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0570177  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1930  lytic transglycosylase  72.01 
 
 		 735 aa  1041    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.898731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4695  putative soluble lytic transglycosylase (SLT)  70.31 
 
 		 768 aa  1058    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.122855 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3035  lytic transglycosylase, catalytic  69.93 
 
 		 747 aa  1033    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2890  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 747 aa  1491    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00446727  normal  0.0355503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2415  lytic transglycosylase, catalytic  71.21 
 
 		 746 aa  1049    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00456435  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2263  lytic transglycosylase, catalytic  75.43 
 
 		 749 aa  1059    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.501845  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3828  lytic transglycosylase catalytic  48.59 
 
 		 772 aa  551  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0450856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0698  lytic transglycosylase catalytic  46.46 
 
 		 757 aa  529  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.385758  normal  0.091894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1483  Lytic transglycosylase catalytic  45.94 
 
 		 760 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1889  lytic transglycosylase catalytic  46.25 
 
 		 788 aa  502  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793651 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3386  Lytic transglycosylase catalytic  44.85 
 
 		 776 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3514  Lytic transglycosylase catalytic  44.7 
 
 		 774 aa  488  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3190  lytic transglycosylase catalytic  44.81 
 
 		 774 aa  485  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1871  lytic transglycosylase catalytic  41.53 
 
 		 723 aa  459  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.292946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0849  Lytic transglycosylase catalytic  46.13 
 
 		 747 aa  458  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1141  Lytic transglycosylase catalytic  42.6 
 
 		 691 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0988  Lytic transglycosylase catalytic  42.08 
 
 		 691 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2861  lytic transglycosylase catalytic  38.18 
 
 		 804 aa  395  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343372 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0672  lytic transglycosylase catalytic  37.77 
 
 		 685 aa  379  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0638  soluble lytic murein transglycosylase  38.73 
 
 		 685 aa  376  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.65587  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0643  transglycosylase SLT domain-containing protein  38.73 
 
 		 652 aa  375  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2642  lytic transglycosylase catalytic  36.97 
 
 		 712 aa  375  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1431  soluble lytic transglycosylase  41.75 
 
 		 709 aa  372  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0462  transglycosylase  35.76 
 
 		 654 aa  351  3e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.18202  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0940  lytic transglycosylase, catalytic  39.93 
 
 		 680 aa  347  3e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.48603  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1584  lytic transglycosylase, catalytic  34.31 
 
 		 686 aa  325  2e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0407879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0125  lytic transglycosylase, catalytic  38.54 
 
 		 680 aa  299  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0881  putative soluble lytic transglycosylase  37.94 
 
 		 653 aa  293  8e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  34.8 
 
 		 664 aa  291  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2541  lytic transglycosylase, catalytic  37.77 
 
 		 677 aa  290  7e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00863759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3087  lytic transglycosylase catalytic  35.83 
 
 		 726 aa  288  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0034  lytic transglycosylase, catalytic  34.88 
 
 		 649 aa  288  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0150  putative lytic transglycosylase catalytic  35.37 
 
 		 649 aa  274  5.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.862262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0149  lytic transglycosylase, catalytic  32.03 
 
 		 655 aa  269  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0831767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1732  lytic transglycosylase, catalytic  34.38 
 
 		 679 aa  259  9e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0596592 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1442  lytic transglycosylase, catalytic  32.21 
 
 		 672 aa  251  5e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0518  lytic transglycosylase, catalytic  32.56 
 
 		 682 aa  217  5.9999999999999996e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.936483 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0705  lytic transglycosylase, catalytic  33.89 
 
 		 716 aa  194  7e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0177  Lytic transglycosylase catalytic  30.45 
 
 		 673 aa  177  9e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0429292  normal  0.082648 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1909  lytic transglycosylase, catalytic  29.31 
 
 		 677 aa  164  6e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.442257  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0717  lytic transglycosylase catalytic  30.53 
 
 		 616 aa  119  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2700  lytic transglycosylase, catalytic  27.41 
 
 		 715 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.232237  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1377  lytic transglycosylase, catalytic  32.36 
 
 		 719 aa  111  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.010256 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1311  lytic transglycosylase, catalytic  28.18 
 
 		 721 aa  110  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00111867  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  31.56 
 
 		 654 aa  108  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4132  lytic transglycosylase, catalytic  28.81 
 
 		 642 aa  108  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0214  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 374 aa  106  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  28.33 
 
 		 663 aa  107  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  31.79 
 
 		 678 aa  107  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  29.24 
 
 		 716 aa  106  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1715  Lytic transglycosylase catalytic  30.72 
 
 		 652 aa  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.728382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  31.05 
 
 		 690 aa  104  6e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  36.84 
 
 		 690 aa  104  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0877  hypothetical protein  63.89 
 
 		 185 aa  103  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.704927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  43.36 
 
 		 663 aa  103  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1999  lytic transglycosylase, catalytic  29.33 
 
 		 628 aa  103  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0624  lytic transglycosylase, catalytic  26.34 
 
 		 808 aa  103  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1065  Lytic transglycosylase catalytic  30.36 
 
 		 698 aa  102  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  40.54 
 
 		 659 aa  101  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1779  lytic transglycosylase, catalytic  30.29 
 
 		 592 aa  100  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.856574  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2410  Lytic transglycosylase catalytic  28.84 
 
 		 730 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3701  Lytic transglycosylase catalytic  28.84 
 
 		 730 aa  99.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.236251  normal  0.218254 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  32.57 
 
 		 649 aa  99.4  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1892  Lytic transglycosylase catalytic  29.58 
 
 		 643 aa  99.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4098  lytic transglycosylase, catalytic  28.78 
 
 		 590 aa  99.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2239  Lytic transglycosylase catalytic  28.57 
 
 		 729 aa  99  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0633  lytic transglycosylase catalytic  32.57 
 
 		 649 aa  98.6  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.716649  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  31.05 
 
 		 645 aa  98.6  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2373  Lytic transglycosylase catalytic  32.76 
 
 		 686 aa  98.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1135  lytic transglycosylase, catalytic  31.51 
 
 		 677 aa  98.2  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.643084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0230  soluble lytic murein transglycosylase  37.25 
 
 		 648 aa  98.2  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0702  Lytic transglycosylase catalytic  31.62 
 
 		 647 aa  97.8  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2449  lytic transglycosylase, catalytic  30.1 
 
 		 644 aa  97.8  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  36.55 
 
 		 645 aa  97.1  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1895  soluble lytic murein transglycosylase, putative  38.62 
 
 		 638 aa  96.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0267  lytic transglycosylase, catalytic  30.21 
 
 		 574 aa  95.9  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4203  lytic transglycosylase, catalytic  39.86 
 
 		 660 aa  95.9  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03735  putative soluble lytic murein transglycosylase  27.83 
 
 		 576 aa  96.3  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  29.45 
 
 		 735 aa  96.3  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2900  lytic transglycosylase catalytic  29.69 
 
 		 657 aa  95.9  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3738  Lytic transglycosylase catalytic  29.19 
 
 		 655 aa  95.5  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0927783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0176  lytic transglycosylase, catalytic  28.87 
 
 		 655 aa  95.5  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.364255 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2013  secreted protein  39.13 
 
 		 187 aa  95.1  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0198  transglycosylase  28.71 
 
 		 655 aa  94.7  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  37.68 
 
 		 709 aa  94.7  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004401  soluble lytic murein transglycosylase precursor  36.49 
 
 		 645 aa  94.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02649  soluble lytic murein transglycosylase  31.19 
 
 		 647 aa  94.4  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.787033  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  37.68 
 
 		 709 aa  94.4  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2058  Lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 		 750 aa  94.4  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.623161  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1973  Lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 		 750 aa  94  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3051  lytic transglycosylase, catalytic  29.08 
 
 		 731 aa  93.6  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0527  lytic transglycosylase, catalytic  37.42 
 
 		 693 aa  93.2  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.379018 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  37.82 
 
 		 657 aa  92.8  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  34.76 
 
 		 644 aa  93.2  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  37.82 
 
 		 657 aa  92.4  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  28.48 
 
 		 739 aa  91.7  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0486  lytic transglycosylase catalytic  29.13 
 
 		 748 aa  92  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.608773 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2621  lytic transglycosylase catalytic  34.62 
 
 		 650 aa  91.7  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.327163  normal  0.230885 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4994  lytic murein transglycosylase  28.48 
 
 		 645 aa  91.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>