More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0705 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0705  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 716 aa  1382    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0125  lytic transglycosylase, catalytic  49.46 
 
 		 680 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0881  putative soluble lytic transglycosylase  49.21 
 
 		 653 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2541  lytic transglycosylase, catalytic  49.37 
 
 		 677 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00863759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0149  lytic transglycosylase, catalytic  43.95 
 
 		 655 aa  440  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0831767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0150  putative lytic transglycosylase catalytic  46.84 
 
 		 649 aa  421  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.862262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0034  lytic transglycosylase, catalytic  43.12 
 
 		 649 aa  406  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  34.82 
 
 		 664 aa  263  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2861  lytic transglycosylase catalytic  34.7 
 
 		 804 aa  261  4e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0698  lytic transglycosylase catalytic  36.38 
 
 		 757 aa  258  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.385758  normal  0.091894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1483  Lytic transglycosylase catalytic  35.27 
 
 		 760 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3087  lytic transglycosylase catalytic  35.99 
 
 		 726 aa  248  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522258  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0643  transglycosylase SLT domain-containing protein  34.3 
 
 		 652 aa  241  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0638  soluble lytic murein transglycosylase  34.14 
 
 		 685 aa  240  5.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.65587  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2642  lytic transglycosylase catalytic  34.4 
 
 		 712 aa  239  9e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3514  Lytic transglycosylase catalytic  36.11 
 
 		 774 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3386  Lytic transglycosylase catalytic  35.67 
 
 		 776 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0940  lytic transglycosylase, catalytic  36.44 
 
 		 680 aa  233  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.48603  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3190  lytic transglycosylase catalytic  35.61 
 
 		 774 aa  233  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2263  lytic transglycosylase, catalytic  34.25 
 
 		 749 aa  231  5e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.501845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3035  lytic transglycosylase, catalytic  34.41 
 
 		 747 aa  230  6e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1584  lytic transglycosylase, catalytic  32.21 
 
 		 686 aa  230  7e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0407879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1889  lytic transglycosylase catalytic  33.95 
 
 		 788 aa  229  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793651 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4695  putative soluble lytic transglycosylase (SLT)  33.12 
 
 		 768 aa  227  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.122855 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2415  lytic transglycosylase, catalytic  33.44 
 
 		 746 aa  225  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00456435  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1141  Lytic transglycosylase catalytic  34.4 
 
 		 691 aa  221  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0988  Lytic transglycosylase catalytic  32.71 
 
 		 691 aa  218  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0672  lytic transglycosylase catalytic  34.4 
 
 		 685 aa  216  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1431  soluble lytic transglycosylase  33.77 
 
 		 709 aa  215  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1930  lytic transglycosylase  31.98 
 
 		 735 aa  209  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.898731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2697  Lytic transglycosylase catalytic  32.77 
 
 		 745 aa  209  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0570177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3828  lytic transglycosylase catalytic  32.63 
 
 		 772 aa  204  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0450856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2890  lytic transglycosylase, catalytic  33.89 
 
 		 747 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00446727  normal  0.0355503 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0462  transglycosylase  29.98 
 
 		 654 aa  204  5e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.18202  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1732  lytic transglycosylase, catalytic  32.18 
 
 		 679 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0596592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0849  Lytic transglycosylase catalytic  33.12 
 
 		 747 aa  178  4e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0177  Lytic transglycosylase catalytic  34.59 
 
 		 673 aa  174  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0429292  normal  0.082648 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1871  lytic transglycosylase catalytic  32.46 
 
 		 723 aa  171  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.292946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1442  lytic transglycosylase, catalytic  31.75 
 
 		 672 aa  163  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0518  lytic transglycosylase, catalytic  32.95 
 
 		 682 aa  161  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.936483 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1909  lytic transglycosylase, catalytic  31.23 
 
 		 677 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.442257  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  34.42 
 
 		 716 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1648  lytic transglycosylase catalytic  34.43 
 
 		 642 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3883  lytic transglycosylase, catalytic  31.86 
 
 		 650 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.320153 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2130  soluble lytic transglycosylase, putative  33.77 
 
 		 657 aa  126  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.224048 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  32.32 
 
 		 660 aa  126  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.642421 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1672  lytic transglycosylase catalytic  32.8 
 
 		 641 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.08863  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  33.77 
 
 		 642 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3610  lytic transglycosylase, catalytic  33.44 
 
 		 649 aa  124  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184203 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  32.67 
 
 		 642 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0624  lytic transglycosylase, catalytic  30.84 
 
 		 808 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3295  SLT  32.67 
 
 		 642 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.505379  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3522  soluble lytic murein transglycosylase, putative  32.01 
 
 		 642 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14150  soluble lytic murein transglycosylase  32.37 
 
 		 643 aa  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0720  hypothetical protein  30.2 
 
 		 593 aa  120  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0700  hypothetical protein  30.2 
 
 		 593 aa  120  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0293  lytic transglycosylase, catalytic  32.08 
 
 		 637 aa  118  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.598213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0214  lytic transglycosylase, catalytic  49.6 
 
 		 374 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1778  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  32 
 
 		 669 aa  114  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000296468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  32.42 
 
 		 654 aa  110  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3339  Lytic transglycosylase catalytic  31.89 
 
 		 650 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  33.12 
 
 		 690 aa  109  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2691  lytic transglycosylase, catalytic  30.46 
 
 		 798 aa  109  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.463338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  30.06 
 
 		 706 aa  108  3e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  30.13 
 
 		 663 aa  108  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2499  lytic transglycosylase  35.31 
 
 		 661 aa  108  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  34.19 
 
 		 657 aa  108  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3662  Lytic transglycosylase catalytic  31.56 
 
 		 650 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.874549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  33.66 
 
 		 657 aa  107  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0176  lytic transglycosylase, catalytic  31.86 
 
 		 655 aa  107  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.364255 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1377  lytic transglycosylase, catalytic  33.53 
 
 		 719 aa  107  9e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.010256 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  29.11 
 
 		 739 aa  107  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  33.96 
 
 		 663 aa  107  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3613  lytic murein transglycosylase  27.7 
 
 		 639 aa  106  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2040  soluble lytic murein transglycosylase, putative  41.5 
 
 		 641 aa  106  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3484  lytic murein transglycosylase  27.7 
 
 		 639 aa  106  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0817  lytic murein transglycosylase  30.24 
 
 		 639 aa  105  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1892  Lytic transglycosylase catalytic  33.75 
 
 		 643 aa  105  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1979  lytic transglycosylase, catalytic  43.38 
 
 		 649 aa  105  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.99613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2529  lytic transglycosylase, catalytic  29.49 
 
 		 642 aa  105  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3051  lytic transglycosylase, catalytic  41.67 
 
 		 731 aa  105  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1065  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 698 aa  105  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0088  soluble lytic murein transglycosylase precursor transmembrane protein  30.56 
 
 		 650 aa  104  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1779  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 592 aa  104  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.856574  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2111  lytic transglycosylase, catalytic  39.05 
 
 		 641 aa  104  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.396511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1863  lytic transglycosylase, catalytic  39.05 
 
 		 641 aa  104  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.646597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  40.24 
 
 		 659 aa  104  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  28.8 
 
 		 735 aa  104  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2105  lytic transglycosylase, catalytic  41.5 
 
 		 641 aa  104  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.828929  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2373  Lytic transglycosylase catalytic  40.49 
 
 		 686 aa  103  8e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2236  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 641 aa  103  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0654901  normal  0.264875 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  40.82 
 
 		 645 aa  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3029  lytic transglycosylase catalytic  31.09 
 
 		 650 aa  103  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710191  normal  0.361985 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2700  lytic transglycosylase, catalytic  27.56 
 
 		 715 aa  103  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.232237  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  29.9 
 
 		 709 aa  103  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  39.26 
 
 		 678 aa  103  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1895  soluble lytic murein transglycosylase, putative  42.11 
 
 		 638 aa  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0269  Slt family transglycosylase  31.41 
 
 		 651 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0453  soluble lytic murein transglycosylase  31.41 
 
 		 651 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0257  Slt family transglycosylase  31.41 
 
 		 651 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>