More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0088 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1715  Lytic transglycosylase catalytic  51.14 
 
 		 652 aa  671    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.728382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3364  putative lytic murein transglycosylase  58.71 
 
 		 651 aa  691    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0088  soluble lytic murein transglycosylase precursor transmembrane protein  100 
 
 		 650 aa  1323    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0269  Slt family transglycosylase  58.71 
 
 		 651 aa  691    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3314  lytic murein transglycosylase, putative  58.71 
 
 		 651 aa  691    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2945  lytic transglycosylase catalytic  56.11 
 
 		 650 aa  679    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.78067  normal  0.502179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0219  lytic transglycosylase, catalytic  72.66 
 
 		 653 aa  922    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0453  soluble lytic murein transglycosylase  58.71 
 
 		 651 aa  691    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0257  Slt family transglycosylase  58.71 
 
 		 651 aa  691    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2900  lytic transglycosylase catalytic  56.27 
 
 		 657 aa  681    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6381  lytic transglycosylase, catalytic  56.93 
 
 		 607 aa  684    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1999  lytic transglycosylase, catalytic  53.06 
 
 		 628 aa  674    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0233  lytic murein transglycosylase, putative  58.36 
 
 		 651 aa  686    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3339  Lytic transglycosylase catalytic  89.85 
 
 		 650 aa  1204    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0198  transglycosylase  56.21 
 
 		 655 aa  695    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0176  lytic transglycosylase, catalytic  69.31 
 
 		 655 aa  916    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.364255 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3029  lytic transglycosylase catalytic  56.59 
 
 		 650 aa  676    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710191  normal  0.361985 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3662  Lytic transglycosylase catalytic  89.69 
 
 		 650 aa  1204    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.874549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2420  lytic transglycosylase, catalytic  56.94 
 
 		 650 aa  686    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2984  putative lytic murein transglycosylase  58.71 
 
 		 651 aa  691    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.270933  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2108  putative lytic murein transglycosylase  58.71 
 
 		 651 aa  691    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3079  lytic transglycosylase, catalytic  56.13 
 
 		 650 aa  678    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3034  lytic transglycosylase, catalytic  56.94 
 
 		 650 aa  686    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3053  lytic transglycosylase catalytic  56.77 
 
 		 650 aa  682    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0364649 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3738  Lytic transglycosylase catalytic  55.28 
 
 		 655 aa  688    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0927783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4203  lytic transglycosylase, catalytic  43.28 
 
 		 660 aa  443  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 		 657 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  43.12 
 
 		 659 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  42.11 
 
 		 657 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0992  Lytic transglycosylase catalytic  42.81 
 
 		 676 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1088  lytic transglycosylase, catalytic  40.16 
 
 		 653 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4132  lytic transglycosylase, catalytic  39.78 
 
 		 642 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0652  lytic transglycosylase, catalytic  40.7 
 
 		 707 aa  413  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  39.42 
 
 		 678 aa  415  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0527  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 693 aa  415  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.379018 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  39.25 
 
 		 663 aa  405  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2449  lytic transglycosylase, catalytic  36.88 
 
 		 644 aa  374  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  39.94 
 
 		 690 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2261  lytic transglycosylase, catalytic  36.85 
 
 		 671 aa  368  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0514362  hitchhiker  0.000191645 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  37.64 
 
 		 654 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0702  Lytic transglycosylase catalytic  37.76 
 
 		 647 aa  345  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1648  lytic transglycosylase catalytic  31.95 
 
 		 642 aa  236  9e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1672  lytic transglycosylase catalytic  30.97 
 
 		 641 aa  233  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.08863  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3610  lytic transglycosylase, catalytic  30.97 
 
 		 649 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2130  soluble lytic transglycosylase, putative  30.81 
 
 		 657 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.224048 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  38.65 
 
 		 739 aa  226  1e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  37.8 
 
 		 735 aa  224  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3883  lytic transglycosylase, catalytic  30.63 
 
 		 650 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.320153 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  39.64 
 
 		 706 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3522  soluble lytic murein transglycosylase, putative  30.71 
 
 		 642 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  29.43 
 
 		 660 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.642421 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1892  Lytic transglycosylase catalytic  31.82 
 
 		 643 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3295  SLT  30.28 
 
 		 642 aa  213  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.505379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14150  soluble lytic murein transglycosylase  31.74 
 
 		 643 aa  205  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  30.87 
 
 		 661 aa  205  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  31.14 
 
 		 642 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  31.14 
 
 		 642 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  29.62 
 
 		 644 aa  201  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3413  Lytic transglycosylase catalytic  29.07 
 
 		 661 aa  197  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439727  normal  0.575026 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  24.96 
 
 		 663 aa  192  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1778  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.6 
 
 		 669 aa  187  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000296468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02649  soluble lytic murein transglycosylase  28.64 
 
 		 647 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.787033  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2373  Lytic transglycosylase catalytic  36.05 
 
 		 686 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0011  putative soluble lytic murein transglycosylase  27.21 
 
 		 643 aa  179  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868574  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004401  soluble lytic murein transglycosylase precursor  28.36 
 
 		 645 aa  178  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  28.14 
 
 		 649 aa  173  6.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2236  lytic transglycosylase, catalytic  26.44 
 
 		 641 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0654901  normal  0.264875 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  32.64 
 
 		 716 aa  173  7.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0230  soluble lytic murein transglycosylase  26.6 
 
 		 648 aa  173  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0633  lytic transglycosylase catalytic  28.14 
 
 		 649 aa  173  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.716649  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  26.12 
 
 		 645 aa  170  9e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2111  lytic transglycosylase, catalytic  26.28 
 
 		 641 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.396511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1863  lytic transglycosylase, catalytic  26.28 
 
 		 641 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.646597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1059  Lytic transglycosylase catalytic  28.16 
 
 		 658 aa  168  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.210137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0941  murein transglycosylase, putative  28.16 
 
 		 639 aa  168  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00998  soluble lytic murein transglycosylase  27.3 
 
 		 648 aa  167  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2529  lytic transglycosylase, catalytic  26.53 
 
 		 642 aa  164  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2100  lytic transglycosylase catalytic  26.18 
 
 		 641 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.254828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3871  lytic murein transglycosylase  25.8 
 
 		 644 aa  163  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.006684  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2285  Lytic transglycosylase catalytic  26.49 
 
 		 641 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3677  lytic murein transglycosylase  25.96 
 
 		 641 aa  163  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.994757  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0700  hypothetical protein  24.73 
 
 		 593 aa  162  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4559  hypothetical protein  26.33 
 
 		 641 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2273  lytic transglycosylase catalytic  26.33 
 
 		 641 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2040  soluble lytic murein transglycosylase, putative  26.34 
 
 		 641 aa  162  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0720  hypothetical protein  24.42 
 
 		 593 aa  162  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0200  lytic transglycosylase, catalytic  27.41 
 
 		 637 aa  160  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4994  lytic murein transglycosylase  24.8 
 
 		 645 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2053  lytic transglycosylase catalytic  25.71 
 
 		 641 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00204351  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4992  lytic murein transglycosylase  25.23 
 
 		 645 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.971097 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4906  lytic murein transglycosylase  25.08 
 
 		 645 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4940  lytic murein transglycosylase  25.08 
 
 		 645 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.183926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4833  lytic murein transglycosylase  25.04 
 
 		 645 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2105  lytic transglycosylase, catalytic  26.22 
 
 		 641 aa  157  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.828929  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0564  lytic murein transglycosylase  25.7 
 
 		 643 aa  156  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  24.61 
 
 		 645 aa  154  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03735  putative soluble lytic murein transglycosylase  25.86 
 
 		 576 aa  152  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0293  lytic transglycosylase, catalytic  24.29 
 
 		 637 aa  151  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.598213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2347  lytic transglycosylase, catalytic  25.86 
 
 		 640 aa  151  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4940  lytic murein transglycosylase  30.25 
 
 		 645 aa  150  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>