More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0149 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0149  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 655 aa  1322    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0831767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0034  lytic transglycosylase, catalytic  47.04 
 
 		 649 aa  509  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0125  lytic transglycosylase, catalytic  48.45 
 
 		 680 aa  485  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2541  lytic transglycosylase, catalytic  49.1 
 
 		 677 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00863759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0881  putative soluble lytic transglycosylase  48.77 
 
 		 653 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0150  putative lytic transglycosylase catalytic  46.59 
 
 		 649 aa  450  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.862262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0705  lytic transglycosylase, catalytic  44.66 
 
 		 716 aa  415  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  34.58 
 
 		 664 aa  298  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1584  lytic transglycosylase, catalytic  35.19 
 
 		 686 aa  295  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0407879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2861  lytic transglycosylase catalytic  35.33 
 
 		 804 aa  291  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343372 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0940  lytic transglycosylase, catalytic  35.82 
 
 		 680 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.48603  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2890  lytic transglycosylase, catalytic  32.52 
 
 		 747 aa  262  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00446727  normal  0.0355503 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0988  Lytic transglycosylase catalytic  33.72 
 
 		 691 aa  262  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4695  putative soluble lytic transglycosylase (SLT)  32.43 
 
 		 768 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.122855 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1483  Lytic transglycosylase catalytic  34.55 
 
 		 760 aa  259  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1141  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 691 aa  257  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2415  lytic transglycosylase, catalytic  32.92 
 
 		 746 aa  257  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00456435  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3087  lytic transglycosylase catalytic  34.73 
 
 		 726 aa  254  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0698  lytic transglycosylase catalytic  33.07 
 
 		 757 aa  254  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.385758  normal  0.091894 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1930  lytic transglycosylase  32.74 
 
 		 735 aa  254  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.898731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3035  lytic transglycosylase, catalytic  33.02 
 
 		 747 aa  253  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1889  lytic transglycosylase catalytic  35.47 
 
 		 788 aa  251  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793651 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2697  Lytic transglycosylase catalytic  34.27 
 
 		 745 aa  248  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0570177  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0672  lytic transglycosylase catalytic  33.39 
 
 		 685 aa  248  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2642  lytic transglycosylase catalytic  33.28 
 
 		 712 aa  246  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2263  lytic transglycosylase, catalytic  31.22 
 
 		 749 aa  244  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.501845  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0643  transglycosylase SLT domain-containing protein  33.45 
 
 		 652 aa  244  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3386  Lytic transglycosylase catalytic  34.84 
 
 		 776 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0638  soluble lytic murein transglycosylase  33 
 
 		 685 aa  241  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.65587  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3190  lytic transglycosylase catalytic  33.87 
 
 		 774 aa  239  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0462  transglycosylase  30.96 
 
 		 654 aa  238  2e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.18202  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3514  Lytic transglycosylase catalytic  33.87 
 
 		 774 aa  239  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1431  soluble lytic transglycosylase  32.25 
 
 		 709 aa  232  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1732  lytic transglycosylase, catalytic  32.86 
 
 		 679 aa  232  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0596592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0849  Lytic transglycosylase catalytic  34 
 
 		 747 aa  223  9e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1871  lytic transglycosylase catalytic  33.12 
 
 		 723 aa  221  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.292946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0518  lytic transglycosylase, catalytic  32.07 
 
 		 682 aa  203  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.936483 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3828  lytic transglycosylase catalytic  30.11 
 
 		 772 aa  196  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0450856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1442  lytic transglycosylase, catalytic  29.22 
 
 		 672 aa  187  4e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1909  lytic transglycosylase, catalytic  29.77 
 
 		 677 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.442257  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0177  Lytic transglycosylase catalytic  28.94 
 
 		 673 aa  170  7e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0429292  normal  0.082648 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  32.88 
 
 		 663 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0717  lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 		 616 aa  123  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0720  hypothetical protein  33.22 
 
 		 593 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0700  hypothetical protein  33.22 
 
 		 593 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0293  lytic transglycosylase, catalytic  30.84 
 
 		 637 aa  114  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.598213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  43.05 
 
 		 645 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2415  lytic transglycosylase catalytic  33.91 
 
 		 643 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.853717  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1979  lytic transglycosylase, catalytic  43.17 
 
 		 649 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.99613 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2373  Lytic transglycosylase catalytic  31.89 
 
 		 686 aa  111  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1779  lytic transglycosylase, catalytic  28.88 
 
 		 592 aa  110  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.856574  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1778  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  43.45 
 
 		 669 aa  110  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000296468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2410  Lytic transglycosylase catalytic  27.18 
 
 		 730 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3701  Lytic transglycosylase catalytic  27.18 
 
 		 730 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.236251  normal  0.218254 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1895  soluble lytic murein transglycosylase, putative  43.97 
 
 		 638 aa  107  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2621  lytic transglycosylase catalytic  41.84 
 
 		 650 aa  107  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.327163  normal  0.230885 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  30.39 
 
 		 735 aa  107  9e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00998  soluble lytic murein transglycosylase  30.32 
 
 		 648 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1135  lytic transglycosylase, catalytic  32.99 
 
 		 677 aa  106  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.643084  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  30.3 
 
 		 716 aa  105  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4098  lytic transglycosylase, catalytic  30.25 
 
 		 590 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0214  lytic transglycosylase, catalytic  43.31 
 
 		 374 aa  105  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004401  soluble lytic murein transglycosylase precursor  29.94 
 
 		 645 aa  105  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  31.53 
 
 		 690 aa  105  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2499  lytic transglycosylase  33.94 
 
 		 661 aa  104  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  34.5 
 
 		 642 aa  104  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  34.5 
 
 		 642 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  30.26 
 
 		 739 aa  103  8e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  29.37 
 
 		 706 aa  103  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0486  lytic transglycosylase catalytic  33.43 
 
 		 748 aa  103  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.608773 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  31.58 
 
 		 678 aa  103  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  43.48 
 
 		 690 aa  102  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0624  lytic transglycosylase, catalytic  28.31 
 
 		 808 aa  102  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  33.01 
 
 		 663 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0200  lytic transglycosylase, catalytic  32.32 
 
 		 637 aa  101  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04268  lytic murein transglycosylase, soluble  29.7 
 
 		 645 aa  100  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3664  lytic murein transglycosylase  29.7 
 
 		 645 aa  100  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2900  lytic transglycosylase catalytic  31.99 
 
 		 657 aa  100  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04233  hypothetical protein  29.7 
 
 		 645 aa  100  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  27.61 
 
 		 644 aa  100  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  43.75 
 
 		 660 aa  100  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.642421 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3605  Lytic transglycosylase catalytic  29.32 
 
 		 645 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4628  lytic murein transglycosylase  29.32 
 
 		 645 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5907  lytic murein transglycosylase  29.32 
 
 		 645 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4940  lytic murein transglycosylase  29.32 
 
 		 645 aa  98.6  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4991  lytic murein transglycosylase  29.32 
 
 		 645 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4943  lytic murein transglycosylase  29.32 
 
 		 645 aa  98.2  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  31.2 
 
 		 645 aa  97.8  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2040  soluble lytic murein transglycosylase, putative  40.67 
 
 		 641 aa  97.4  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0198  transglycosylase  31.54 
 
 		 655 aa  97.4  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  39.58 
 
 		 659 aa  97.4  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3738  Lytic transglycosylase catalytic  43.36 
 
 		 655 aa  96.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0927783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4994  lytic murein transglycosylase  29.5 
 
 		 645 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4906  lytic murein transglycosylase  29.5 
 
 		 645 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  31.29 
 
 		 709 aa  96.3  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4992  lytic murein transglycosylase  29.5 
 
 		 645 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.971097 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4940  lytic murein transglycosylase  29.5 
 
 		 645 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.183926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4833  lytic murein transglycosylase  29.5 
 
 		 645 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2285  Lytic transglycosylase catalytic  41.43 
 
 		 641 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2236  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 641 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0654901  normal  0.264875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>