More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1088 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0992  Lytic transglycosylase catalytic  57.28 
 
 		 676 aa  713    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  59.08 
 
 		 659 aa  733    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1088  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 653 aa  1331    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0652  lytic transglycosylase, catalytic  58.87 
 
 		 707 aa  778    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  60.31 
 
 		 657 aa  738    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  57.75 
 
 		 663 aa  699    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  60.31 
 
 		 657 aa  758    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4203  lytic transglycosylase, catalytic  58.89 
 
 		 660 aa  741    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0527  lytic transglycosylase, catalytic  58.67 
 
 		 693 aa  772    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.379018 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  51.14 
 
 		 678 aa  619  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  43.96 
 
 		 690 aa  480  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0176  lytic transglycosylase, catalytic  38.9 
 
 		 655 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.364255 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0088  soluble lytic murein transglycosylase precursor transmembrane protein  40.16 
 
 		 650 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4132  lytic transglycosylase, catalytic  37.95 
 
 		 642 aa  429  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3662  Lytic transglycosylase catalytic  40.35 
 
 		 650 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.874549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3339  Lytic transglycosylase catalytic  40.03 
 
 		 650 aa  422  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0219  lytic transglycosylase, catalytic  38.91 
 
 		 653 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3053  lytic transglycosylase catalytic  38.38 
 
 		 650 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0364649 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2420  lytic transglycosylase, catalytic  38.38 
 
 		 650 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3034  lytic transglycosylase, catalytic  38.38 
 
 		 650 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2945  lytic transglycosylase catalytic  38.06 
 
 		 650 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.78067  normal  0.502179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6381  lytic transglycosylase, catalytic  38.3 
 
 		 607 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3029  lytic transglycosylase catalytic  38.23 
 
 		 650 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710191  normal  0.361985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3079  lytic transglycosylase, catalytic  37.74 
 
 		 650 aa  399  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0233  lytic murein transglycosylase, putative  37.74 
 
 		 651 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2900  lytic transglycosylase catalytic  38.11 
 
 		 657 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0198  transglycosylase  38.52 
 
 		 655 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2984  putative lytic murein transglycosylase  37.26 
 
 		 651 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.270933  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3314  lytic murein transglycosylase, putative  37.26 
 
 		 651 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2108  putative lytic murein transglycosylase  37.26 
 
 		 651 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0453  soluble lytic murein transglycosylase  37.26 
 
 		 651 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0257  Slt family transglycosylase  37.26 
 
 		 651 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3364  putative lytic murein transglycosylase  37.26 
 
 		 651 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3738  Lytic transglycosylase catalytic  38.21 
 
 		 655 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0927783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0269  Slt family transglycosylase  37.26 
 
 		 651 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2449  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 		 644 aa  370  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1999  lytic transglycosylase, catalytic  35.26 
 
 		 628 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2261  lytic transglycosylase, catalytic  35.43 
 
 		 671 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0514362  hitchhiker  0.000191645 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1715  Lytic transglycosylase catalytic  36.25 
 
 		 652 aa  365  1e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.728382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  36.77 
 
 		 654 aa  348  1e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0702  Lytic transglycosylase catalytic  37.36 
 
 		 647 aa  343  4e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  31.05 
 
 		 660 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.642421 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3522  soluble lytic murein transglycosylase, putative  32.45 
 
 		 642 aa  249  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3295  SLT  32.24 
 
 		 642 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.505379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3883  lytic transglycosylase, catalytic  31.96 
 
 		 650 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.320153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1648  lytic transglycosylase catalytic  31.48 
 
 		 642 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1672  lytic transglycosylase catalytic  31.21 
 
 		 641 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.08863  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14150  soluble lytic murein transglycosylase  31.6 
 
 		 643 aa  227  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3610  lytic transglycosylase, catalytic  31.05 
 
 		 649 aa  223  9e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2130  soluble lytic transglycosylase, putative  30.88 
 
 		 657 aa  220  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.224048 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  27.85 
 
 		 706 aa  220  5e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1059  Lytic transglycosylase catalytic  30.28 
 
 		 658 aa  219  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.210137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0941  murein transglycosylase, putative  30.11 
 
 		 639 aa  219  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  31.02 
 
 		 642 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0011  putative soluble lytic murein transglycosylase  27.62 
 
 		 643 aa  216  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  30.35 
 
 		 642 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1892  Lytic transglycosylase catalytic  28.5 
 
 		 643 aa  212  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  26.25 
 
 		 663 aa  209  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  29.74 
 
 		 661 aa  207  4e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2373  Lytic transglycosylase catalytic  29.49 
 
 		 686 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  27.46 
 
 		 739 aa  196  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  27.37 
 
 		 735 aa  194  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0633  lytic transglycosylase catalytic  27.91 
 
 		 649 aa  190  8e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.716649  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  27.74 
 
 		 649 aa  188  3e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3413  Lytic transglycosylase catalytic  27.97 
 
 		 661 aa  188  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439727  normal  0.575026 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02649  soluble lytic murein transglycosylase  27.76 
 
 		 647 aa  187  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.787033  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  28.11 
 
 		 644 aa  182  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1778  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.86 
 
 		 669 aa  182  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000296468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0293  lytic transglycosylase, catalytic  26.78 
 
 		 637 aa  182  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.598213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2529  lytic transglycosylase, catalytic  27.02 
 
 		 642 aa  178  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  27.84 
 
 		 716 aa  177  5e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4992  lytic murein transglycosylase  26.16 
 
 		 645 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.971097 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4906  lytic murein transglycosylase  26 
 
 		 645 aa  171  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4940  lytic murein transglycosylase  26 
 
 		 645 aa  171  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.183926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4833  lytic murein transglycosylase  26 
 
 		 645 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  27.66 
 
 		 645 aa  170  8e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4994  lytic murein transglycosylase  25.69 
 
 		 645 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0230  soluble lytic murein transglycosylase  26.56 
 
 		 648 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0525  lytic murein transglycosylase  27.09 
 
 		 643 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4991  lytic murein transglycosylase  25.12 
 
 		 645 aa  161  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  25.36 
 
 		 645 aa  160  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3605  Lytic transglycosylase catalytic  24.96 
 
 		 645 aa  159  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5907  lytic murein transglycosylase  24.96 
 
 		 645 aa  159  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4943  lytic murein transglycosylase  24.96 
 
 		 645 aa  160  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4940  lytic murein transglycosylase  24.96 
 
 		 645 aa  159  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4628  lytic murein transglycosylase  24.96 
 
 		 645 aa  159  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0817  lytic murein transglycosylase  25.95 
 
 		 639 aa  159  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3613  lytic murein transglycosylase  25.95 
 
 		 639 aa  158  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3484  lytic murein transglycosylase  26.17 
 
 		 639 aa  158  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0200  lytic transglycosylase, catalytic  25.66 
 
 		 637 aa  157  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04268  lytic murein transglycosylase, soluble  24.64 
 
 		 645 aa  157  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3664  lytic murein transglycosylase  24.64 
 
 		 645 aa  157  8e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04233  hypothetical protein  24.64 
 
 		 645 aa  157  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03735  putative soluble lytic murein transglycosylase  26.16 
 
 		 576 aa  156  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1979  lytic transglycosylase, catalytic  25.48 
 
 		 649 aa  154  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.99613 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0675  lytic murein transglycosylase  24.96 
 
 		 642 aa  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520462  normal  0.586863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2236  lytic transglycosylase, catalytic  25.35 
 
 		 641 aa  153  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0654901  normal  0.264875 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2111  lytic transglycosylase, catalytic  25.35 
 
 		 641 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.396511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1863  lytic transglycosylase, catalytic  25.35 
 
 		 641 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.646597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3871  lytic murein transglycosylase  25.65 
 
 		 644 aa  151  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.006684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>