99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4168 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 372 aa  714    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  73.81 
 
 		 420 aa  511  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  55.14 
 
 		 516 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  52.93 
 
 		 523 aa  316  4e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  52.17 
 
 		 552 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  54.67 
 
 		 495 aa  299  5e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  44.41 
 
 		 367 aa  242  9e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  44.32 
 
 		 366 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  41.52 
 
 		 389 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.42 
 
 		 368 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  41.24 
 
 		 379 aa  239  8e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  43.91 
 
 		 385 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  41.24 
 
 		 390 aa  235  9e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  41.91 
 
 		 379 aa  233  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  44.36 
 
 		 372 aa  231  1e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  42.27 
 
 		 367 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  46.08 
 
 		 407 aa  229  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.98 
 
 		 392 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.16 
 
 		 402 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  39.48 
 
 		 382 aa  216  8e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  42.74 
 
 		 367 aa  212  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  42.34 
 
 		 367 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  41.61 
 
 		 360 aa  186  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.17 
 
 		 384 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  38.84 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  31.05 
 
 		 393 aa  142  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.9 
 
 		 406 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  29.67 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  30.08 
 
 		 417 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  29.57 
 
 		 415 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  32.67 
 
 		 431 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.48 
 
 		 412 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.14 
 
 		 374 aa  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  29.72 
 
 		 283 aa  95.1  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  29.39 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  29.46 
 
 		 494 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 		 324 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  24.63 
 
 		 436 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.35 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  26.61 
 
 		 395 aa  73.9  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  26.46 
 
 		 466 aa  73.2  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  33.61 
 
 		 278 aa  72  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  26.81 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  25.53 
 
 		 418 aa  71.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  25.57 
 
 		 433 aa  67.8  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 		 279 aa  67.4  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 389 aa  66.2  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  29.96 
 
 		 312 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  24.39 
 
 		 407 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  28.32 
 
 		 405 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  30.59 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  27.67 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  28.96 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 295 aa  59.3  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.07 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.64 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1288  TPR repeat-containing protein  33.09 
 
 		 207 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 		 443 aa  55.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  22.69 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.41 
 
 		 417 aa  52.8  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.89 
 
 		 299 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  22.84 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  34.69 
 
 		 808 aa  51.2  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.52 
 
 		 2240 aa  51.2  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0616  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.12 
 
 		 647 aa  50.4  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.1691e-34 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  26.17 
 
 		 216 aa  48.9  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  24.39 
 
 		 406 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  23.35 
 
 		 403 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  24.6 
 
 		 424 aa  49.3  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 		 397 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0659  TPR repeat-containing protein  31.3 
 
 		 2651 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.71 
 
 		 407 aa  48.5  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  21.07 
 
 		 294 aa  48.5  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  23.36 
 
 		 415 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0532  tetratricopeptide TPR_4  32.06 
 
 		 2679 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  25.23 
 
 		 310 aa  47.8  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  21.72 
 
 		 298 aa  47.4  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2478  TPR repeat-containing protein  32.84 
 
 		 884 aa  47  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.599046  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  22.18 
 
 		 416 aa  47  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  25.79 
 
 		 560 aa  47  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2652  cytochrome c biogenesis factor  26.67 
 
 		 216 aa  46.6  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 		 399 aa  46.6  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  23.33 
 
 		 417 aa  46.2  0.0009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0178  hypothetical protein  26.82 
 
 		 880 aa  46.2  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0441956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  28.3 
 
 		 224 aa  45.8  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.46 
 
 		 415 aa  46.2  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  26.12 
 
 		 415 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  22.54 
 
 		 415 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  26.85 
 
 		 427 aa  44.7  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0602  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.57 
 
 		 645 aa  43.9  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000607684  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.76 
 
 		 206 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.5 
 
 		 398 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  21.43 
 
 		 415 aa  43.5  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3786  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.67 
 
 		 181 aa  43.1  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.849163  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 		 405 aa  43.1  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0280  TPR domain-containing protein  26.56 
 
 		 1013 aa  42.7  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.416311 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  27.5 
 
 		 405 aa  42.7  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>