147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2855 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 299 aa  584  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  92.64 
 
 		 299 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  55.71 
 
 		 405 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  52.33 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  33.93 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  35.69 
 
 		 312 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  36.43 
 
 		 466 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  33.33 
 
 		 427 aa  126  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  37.93 
 
 		 399 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  33.91 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  36.07 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  34.15 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  31.05 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.47 
 
 		 399 aa  113  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  47.14 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  31.8 
 
 		 405 aa  109  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 443 aa  105  8e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  32.78 
 
 		 403 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.55 
 
 		 407 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  31 
 
 		 385 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  30.15 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  32.83 
 
 		 389 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  30.63 
 
 		 367 aa  99  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  34.44 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.19 
 
 		 396 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  32.35 
 
 		 407 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  28.32 
 
 		 424 aa  95.1  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  32.97 
 
 		 400 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  31.39 
 
 		 366 aa  92.4  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.37 
 
 		 368 aa  89.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.6 
 
 		 398 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  31.6 
 
 		 398 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  31.7 
 
 		 367 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  31.93 
 
 		 406 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  28.29 
 
 		 433 aa  84  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.28 
 
 		 495 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  32.96 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  31.72 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  25.42 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  28.99 
 
 		 379 aa  75.9  0.0000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.54 
 
 		 523 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  34.04 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  33.33 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  30.34 
 
 		 407 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.95 
 
 		 552 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.21 
 
 		 420 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  24.5 
 
 		 404 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.73 
 
 		 516 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  30.93 
 
 		 397 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  25.17 
 
 		 418 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.04 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  31.66 
 
 		 382 aa  72.4  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  30.25 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.68 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.09 
 
 		 392 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.34 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  37.84 
 
 		 405 aa  67.4  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  23.76 
 
 		 404 aa  67  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  32.18 
 
 		 379 aa  66.6  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.25 
 
 		 417 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.83 
 
 		 428 aa  66.2  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  27.73 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.83 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.73 
 
 		 384 aa  65.1  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  37.67 
 
 		 494 aa  64.3  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  24.58 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.63 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  29.67 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  25.18 
 
 		 415 aa  59.3  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  23.31 
 
 		 403 aa  59.3  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.01 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.03 
 
 		 432 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.48 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.73 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  24.82 
 
 		 415 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  24.82 
 
 		 415 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  19.8 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.1 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  24 
 
 		 415 aa  55.8  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.03 
 
 		 412 aa  55.5  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  29.01 
 
 		 417 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.67 
 
 		 426 aa  54.3  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.27 
 
 		 408 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.27 
 
 		 408 aa  53.9  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  25.99 
 
 		 406 aa  53.5  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  33.73 
 
 		 222 aa  53.1  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  29.49 
 
 		 415 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  24.01 
 
 		 471 aa  52.4  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.51 
 
 		 289 aa  52.4  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.55 
 
 		 417 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  23.55 
 
 		 417 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.55 
 
 		 417 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.33 
 
 		 347 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.124545 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>