228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3999 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 279 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  44.4 
 
 		 399 aa  206  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  41.9 
 
 		 466 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  39.86 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  34.49 
 
 		 436 aa  166  4e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  37.23 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.02 
 
 		 399 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  32.04 
 
 		 427 aa  135  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.02 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  31.38 
 
 		 298 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  31.62 
 
 		 367 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  30 
 
 		 367 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  29.86 
 
 		 385 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 		 443 aa  112  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  35.08 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  29.32 
 
 		 407 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  32.42 
 
 		 295 aa  108  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  31.41 
 
 		 405 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  30.36 
 
 		 400 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  27.82 
 
 		 417 aa  105  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  31.9 
 
 		 403 aa  105  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.05 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  28.24 
 
 		 417 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.07 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  28.94 
 
 		 389 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.09 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.71 
 
 		 368 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  31.01 
 
 		 366 aa  99.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  29.65 
 
 		 360 aa  99  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  27.41 
 
 		 415 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  28.46 
 
 		 367 aa  98.2  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  37.27 
 
 		 405 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  28.52 
 
 		 418 aa  97.8  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 415 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 		 417 aa  96.7  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  26.71 
 
 		 433 aa  96.3  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  28.52 
 
 		 415 aa  96.3  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.92 
 
 		 416 aa  95.5  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  28.92 
 
 		 406 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.34 
 
 		 396 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  26.69 
 
 		 415 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  35.97 
 
 		 389 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.8 
 
 		 397 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  28.52 
 
 		 403 aa  91.7  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.13 
 
 		 424 aa  91.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  28.52 
 
 		 417 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  32.33 
 
 		 405 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  28.14 
 
 		 417 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.94 
 
 		 398 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 415 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.46 
 
 		 495 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.76 
 
 		 417 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  27.76 
 
 		 417 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  28.74 
 
 		 367 aa  89  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 		 398 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.31 
 
 		 426 aa  87.4  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.79 
 
 		 432 aa  87  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  29.02 
 
 		 407 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  25 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.4 
 
 		 426 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  33.85 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  25.21 
 
 		 393 aa  84.3  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  34.4 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  34.4 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  32.65 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 		 405 aa  82.4  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  25.95 
 
 		 415 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  27.06 
 
 		 379 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  29.05 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  24.64 
 
 		 426 aa  76.6  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 		 416 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.2 
 
 		 523 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  28.15 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.42 
 
 		 552 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  25.93 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.42 
 
 		 516 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  26.07 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.24 
 
 		 420 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  26.09 
 
 		 406 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.88 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.69 
 
 		 372 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  31.08 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.29 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 		 384 aa  63.9  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.35 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  22.95 
 
 		 405 aa  63.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  29.37 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.29 
 
 		 408 aa  62.8  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  24.88 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  20.96 
 
 		 471 aa  62.8  0.000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.78 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.29 
 
 		 408 aa  62.4  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  27.73 
 
 		 494 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>