60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0511 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  100 
 
 		 415 aa  805    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  47.67 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  49.51 
 
 		 431 aa  279  8e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  41.46 
 
 		 412 aa  276  7e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  46.68 
 
 		 415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  39.95 
 
 		 406 aa  270  4e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  33.01 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.35 
 
 		 390 aa  147  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  32.27 
 
 		 379 aa  147  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  31.36 
 
 		 385 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  32.33 
 
 		 366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30 
 
 		 368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  31.4 
 
 		 389 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  30.83 
 
 		 367 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  30 
 
 		 379 aa  129  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.56 
 
 		 420 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  27.75 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.05 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.19 
 
 		 402 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  31.17 
 
 		 407 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.35 
 
 		 392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  30.48 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.93 
 
 		 516 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.29 
 
 		 495 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  31.85 
 
 		 360 aa  112  9e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  29.69 
 
 		 367 aa  111  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  33.73 
 
 		 494 aa  111  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.32 
 
 		 393 aa  109  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.29 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.16 
 
 		 523 aa  108  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  28.35 
 
 		 412 aa  106  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.66 
 
 		 552 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 		 383 aa  98.6  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 		 383 aa  98.6  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.82 
 
 		 384 aa  82.8  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  25.91 
 
 		 466 aa  75.1  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  25.76 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  26.2 
 
 		 324 aa  69.3  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.66 
 
 		 374 aa  67  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  26.64 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  27.02 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25.26 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  31.45 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  22.77 
 
 		 436 aa  56.6  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.75 
 
 		 299 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.75 
 
 		 299 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  31.52 
 
 		 389 aa  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  25.18 
 
 		 427 aa  49.7  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  28.15 
 
 		 443 aa  47.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  24.5 
 
 		 433 aa  46.6  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  28.57 
 
 		 210 aa  46.6  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  25.76 
 
 		 293 aa  46.6  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  21.09 
 
 		 432 aa  45.8  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  24.36 
 
 		 298 aa  45.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  27.65 
 
 		 405 aa  45.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  26.41 
 
 		 279 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  23.92 
 
 		 418 aa  43.9  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  25.42 
 
 		 294 aa  43.5  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1244  TPR domain-containing protein  29.7 
 
 		 658 aa  43.9  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.85 
 
 		 428 aa  43.1  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>