143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1437 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  100 
 
 		 367 aa  721    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  85.01 
 
 		 367 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  63.69 
 
 		 368 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  62.87 
 
 		 367 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  63.14 
 
 		 367 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  63.04 
 
 		 385 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  62.23 
 
 		 366 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  45.32 
 
 		 407 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  39.21 
 
 		 379 aa  226  4e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  39.47 
 
 		 390 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.21 
 
 		 372 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  41.12 
 
 		 379 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  37.06 
 
 		 389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  41.43 
 
 		 372 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  41.05 
 
 		 495 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  40.6 
 
 		 360 aa  206  8e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.56 
 
 		 420 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.31 
 
 		 384 aa  196  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  36.39 
 
 		 382 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.93 
 
 		 402 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.56 
 
 		 516 aa  185  9e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.68 
 
 		 552 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.92 
 
 		 392 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.78 
 
 		 523 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  37.67 
 
 		 412 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  32.15 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  32.15 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.82 
 
 		 406 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.62 
 
 		 393 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.2 
 
 		 412 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  28.84 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  34.16 
 
 		 283 aa  114  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  30.56 
 
 		 417 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  30.42 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  29.71 
 
 		 415 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  30.48 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.92 
 
 		 431 aa  106  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.68 
 
 		 374 aa  102  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 324 aa  99.4  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 494 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  27.3 
 
 		 418 aa  93.2  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  27.53 
 
 		 436 aa  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.91 
 
 		 279 aa  89.7  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  27.8 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  32.16 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  26.17 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.02 
 
 		 399 aa  75.1  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.94 
 
 		 299 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.2 
 
 		 299 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  28.38 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  27.38 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  23.36 
 
 		 395 aa  68.6  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  23.91 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  23.83 
 
 		 433 aa  65.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  29.02 
 
 		 389 aa  63.2  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  28.99 
 
 		 312 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  25.68 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.88 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.88 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.31 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.85 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  28.91 
 
 		 443 aa  58.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  28.38 
 
 		 406 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 399 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.39 
 
 		 396 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  25.32 
 
 		 310 aa  55.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  28.68 
 
 		 337 aa  54.3  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  29.52 
 
 		 344 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  28.68 
 
 		 337 aa  54.3  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  30 
 
 		 224 aa  53.9  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  33.33 
 
 		 210 aa  53.5  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  26.02 
 
 		 216 aa  53.1  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  25.51 
 
 		 398 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  26.16 
 
 		 397 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  24.14 
 
 		 400 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.91 
 
 		 2240 aa  52.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.69 
 
 		 276 aa  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.69 
 
 		 275 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.22 
 
 		 398 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.11 
 
 		 426 aa  50.4  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  24.45 
 
 		 427 aa  50.1  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  22.74 
 
 		 403 aa  50.1  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  30.71 
 
 		 703 aa  49.7  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2652  cytochrome c biogenesis factor  35.71 
 
 		 216 aa  48.9  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.82 
 
 		 426 aa  48.9  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  20.45 
 
 		 417 aa  49.3  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 416 aa  49.3  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  24.6 
 
 		 405 aa  48.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 		 219 aa  48.5  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  25.21 
 
 		 739 aa  47.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 		 296 aa  47.8  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  29.75 
 
 		 219 aa  47.4  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  22.78 
 
 		 198 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  22.78 
 
 		 198 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  22.78 
 
 		 198 aa  47  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  22.78 
 
 		 198 aa  47  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  23.81 
 
 		 415 aa  47  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  23.02 
 
 		 417 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>