91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2230 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 384 aa  757    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  53.73 
 
 		 372 aa  326  5e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  41.24 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  40.92 
 
 		 385 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  38.52 
 
 		 367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.92 
 
 		 368 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  39.59 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  40.1 
 
 		 367 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  40.31 
 
 		 367 aa  222  9e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  40.8 
 
 		 407 aa  219  8.999999999999998e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  37.84 
 
 		 389 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.92 
 
 		 552 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  39.26 
 
 		 516 aa  203  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.29 
 
 		 523 aa  203  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.21 
 
 		 420 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  35.48 
 
 		 382 aa  196  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  39.69 
 
 		 372 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.72 
 
 		 495 aa  190  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  33.92 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.42 
 
 		 390 aa  184  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  36.6 
 
 		 360 aa  178  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  34.83 
 
 		 379 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.24 
 
 		 392 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.87 
 
 		 402 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  35.11 
 
 		 412 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 383 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 383 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  30.81 
 
 		 393 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  31.12 
 
 		 417 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  28.99 
 
 		 466 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  27.19 
 
 		 415 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.67 
 
 		 412 aa  103  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  32.22 
 
 		 324 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.7 
 
 		 406 aa  98.6  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  30.67 
 
 		 337 aa  95.9  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  27.3 
 
 		 283 aa  93.6  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  30.33 
 
 		 415 aa  93.2  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  29.87 
 
 		 494 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  26.25 
 
 		 432 aa  83.2  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  30.22 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.48 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  27.45 
 
 		 431 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.67 
 
 		 396 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  30.84 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 424 aa  73.9  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  28.57 
 
 		 407 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.14 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  23.08 
 
 		 418 aa  66.6  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28 
 
 		 374 aa  63.9  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.26 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  27.71 
 
 		 406 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.67 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  23.25 
 
 		 417 aa  60.8  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.56 
 
 		 398 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  22.95 
 
 		 436 aa  60.5  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  28.88 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  27.31 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.52 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  27.78 
 
 		 405 aa  57  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  23.76 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.72 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 		 443 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.94 
 
 		 407 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  30.57 
 
 		 232 aa  53.5  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 405 aa  53.1  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  36.26 
 
 		 210 aa  52.8  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.63 
 
 		 405 aa  52.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  21.61 
 
 		 403 aa  51.6  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 		 389 aa  51.2  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  24.75 
 
 		 417 aa  51.2  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.76 
 
 		 239 aa  50.8  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  22.76 
 
 		 416 aa  50.1  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  27.72 
 
 		 344 aa  49.7  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  25.13 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3395  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.29 
 
 		 652 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105857  normal  0.534979 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  25.85 
 
 		 433 aa  47.4  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  31.48 
 
 		 219 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  28.37 
 
 		 337 aa  45.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  28.37 
 
 		 337 aa  45.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.83 
 
 		 399 aa  45.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  20.72 
 
 		 428 aa  44.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  31.72 
 
 		 219 aa  44.7  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  23.21 
 
 		 403 aa  44.3  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  23.31 
 
 		 296 aa  43.9  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  22.71 
 
 		 310 aa  43.9  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.27 
 
 		 275 aa  43.1  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>