294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1208 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
389 aa  742    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  46.35 
 
 
443 aa  266  2.9999999999999995e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  39.45 
 
 
436 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  41.37 
 
 
399 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  35.98 
 
 
405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  43.93 
 
 
405 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  35.48 
 
 
395 aa  167  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.86 
 
 
407 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35 
 
 
399 aa  157  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  37 
 
 
427 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  37.3 
 
 
405 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.11 
 
 
417 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  40.38 
 
 
466 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  35.42 
 
 
424 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  30.41 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  32.61 
 
 
417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  33.57 
 
 
403 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  31.79 
 
 
415 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.68 
 
 
417 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  31.68 
 
 
417 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  31.99 
 
 
417 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  32.3 
 
 
415 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  31.03 
 
 
433 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  31.1 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  32.85 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.4 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  29.52 
 
 
418 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  34 
 
 
407 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  30.97 
 
 
415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  41.34 
 
 
312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  30.86 
 
 
415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  29.45 
 
 
417 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  30.91 
 
 
416 aa  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  33.82 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  43.97 
 
 
293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  31.93 
 
 
337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  31.93 
 
 
337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.03 
 
 
416 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  33.73 
 
 
406 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.09 
 
 
428 aa  107  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 
397 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  31.8 
 
 
398 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  25.57 
 
 
432 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  25.45 
 
 
403 aa  99.4  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  41.3 
 
 
298 aa  98.2  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.8 
 
 
398 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  31.47 
 
 
279 aa  96.3  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  29.93 
 
 
400 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  44.06 
 
 
344 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  27.58 
 
 
403 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  43.75 
 
 
299 aa  86.3  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  24.53 
 
 
404 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  40 
 
 
222 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  44.32 
 
 
299 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  34.22 
 
 
295 aa  80.5  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25 
 
 
428 aa  77.4  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  26.24 
 
 
405 aa  76.3  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.33 
 
 
420 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  24.62 
 
 
404 aa  73.2  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  30.15 
 
 
228 aa  70.9  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  28.83 
 
 
360 aa  70.1  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  29.41 
 
 
228 aa  69.3  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  29.9 
 
 
296 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.46 
 
 
372 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 
337 aa  67  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  27.84 
 
 
404 aa  66.6  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.75 
 
 
372 aa  64.7  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0856  sugar transporter superfamily protein  28.65 
 
 
198 aa  63.5  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
310 aa  63.2  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  32.58 
 
 
412 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0732  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 
235 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 
366 aa  60.8  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2615  TPR domain-containing protein  30.16 
 
 
196 aa  60.5  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  31.58 
 
 
367 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  28.04 
 
 
209 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  34.81 
 
 
494 aa  59.7  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
543 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 
230 aa  58.9  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1897  TPR repeat-containing protein  27.39 
 
 
214 aa  58.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2431  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28 
 
 
190 aa  57.8  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.232516  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1051  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 
215 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1720  TPR repeat-containing protein  27.42 
 
 
187 aa  57.8  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1786  TPR repeat-containing protein  27.5 
 
 
190 aa  57  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0173384 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  43.21 
 
 
383 aa  57  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  43.21 
 
 
383 aa  57  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2936  TPR repeat-containing protein  31.13 
 
 
200 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.196962 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  28.8 
 
 
407 aa  56.6  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.51 
 
 
408 aa  56.6  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.51 
 
 
408 aa  56.6  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  32.71 
 
 
767 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.24 
 
 
412 aa  56.2  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.15 
 
 
392 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.94 
 
 
402 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.55 
 
 
495 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  41.05 
 
 
465 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.11 
 
 
408 aa  55.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  34.58 
 
 
1406 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.36 
 
 
516 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0564  TPR repeat-containing protein  31.17 
 
 
202 aa  54.7  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.151741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.64 
 
 
523 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.765474 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>