88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3408 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  100 
 
 		 393 aa  779    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  44.9 
 
 		 383 aa  270  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  44.9 
 
 		 383 aa  270  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  33.79 
 
 		 389 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  32.61 
 
 		 382 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  31.2 
 
 		 367 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  30.35 
 
 		 367 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.89 
 
 		 368 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  31.51 
 
 		 379 aa  146  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  31.3 
 
 		 385 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.23 
 
 		 390 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  32.37 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.1 
 
 		 402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.86 
 
 		 392 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  29.35 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  29.62 
 
 		 367 aa  127  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  29.89 
 
 		 367 aa  126  6e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  29.89 
 
 		 379 aa  126  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.5 
 
 		 495 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.82 
 
 		 552 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.67 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.59 
 
 		 372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.33 
 
 		 523 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.34 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.18 
 
 		 406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  31.38 
 
 		 436 aa  110  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  32.64 
 
 		 360 aa  110  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.93 
 
 		 420 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.46 
 
 		 384 aa  100  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.44 
 
 		 412 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  27.97 
 
 		 412 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  27.71 
 
 		 431 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  28.47 
 
 		 417 aa  96.7  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  26.93 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  30.09 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  28.22 
 
 		 494 aa  90.9  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  27.79 
 
 		 415 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.18 
 
 		 374 aa  86.7  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  28.97 
 
 		 415 aa  80.5  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  29.21 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  27.24 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  28.39 
 
 		 424 aa  70.1  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  26.54 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  22.63 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.27 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.39 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  24.23 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 316 aa  62.4  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  25.31 
 
 		 405 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.97 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2857  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.91 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.63 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  22.6 
 
 		 395 aa  59.3  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  24.18 
 
 		 418 aa  58.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.04 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  26.25 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  27.35 
 
 		 403 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  24.19 
 
 		 417 aa  54.3  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  25.51 
 
 		 407 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  24.07 
 
 		 404 aa  53.1  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  25.52 
 
 		 405 aa  53.1  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  23.92 
 
 		 400 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  23.05 
 
 		 416 aa  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.71 
 
 		 428 aa  50.8  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  22.9 
 
 		 432 aa  50.8  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.61 
 
 		 408 aa  50.4  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.52 
 
 		 404 aa  50.4  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  54.17 
 
 		 399 aa  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  24.28 
 
 		 298 aa  49.7  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  23.29 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 295 aa  48.9  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  23.12 
 
 		 224 aa  47.4  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 443 aa  47.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.26 
 
 		 408 aa  47  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.47 
 
 		 407 aa  47  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  24.08 
 
 		 415 aa  46.6  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.26 
 
 		 408 aa  46.2  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  23.69 
 
 		 415 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  21.25 
 
 		 415 aa  45.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  22.67 
 
 		 404 aa  45.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  20 
 
 		 294 aa  45.1  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  20.25 
 
 		 416 aa  44.7  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  60 
 
 		 344 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.83 
 
 		 396 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  25.73 
 
 		 405 aa  43.9  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  50 
 
 		 389 aa  43.1  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>