108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1504 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  99.51 
 
 		 408 aa  817    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  99.26 
 
 		 408 aa  815    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 408 aa  821    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  69.12 
 
 		 403 aa  581  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  38.39 
 
 		 404 aa  287  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  38.14 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  37.79 
 
 		 404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.06 
 
 		 404 aa  270  4e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  56.41 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  56.41 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  55.9 
 
 		 347 aa  226  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  55.9 
 
 		 347 aa  226  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  55.9 
 
 		 347 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  55.38 
 
 		 347 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  55.38 
 
 		 347 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  54.87 
 
 		 347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  52.75 
 
 		 347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  55.38 
 
 		 347 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  52.55 
 
 		 350 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  52.55 
 
 		 350 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  52.55 
 
 		 350 aa  217  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  52.55 
 
 		 350 aa  216  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  52.04 
 
 		 350 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  52.04 
 
 		 350 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  52.04 
 
 		 350 aa  215  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  52.04 
 
 		 350 aa  215  9e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  46.72 
 
 		 289 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  46.72 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  52.04 
 
 		 350 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.39 
 
 		 428 aa  192  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  34.35 
 
 		 294 aa  190  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  27.77 
 
 		 433 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.82 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  28.82 
 
 		 403 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  27.66 
 
 		 407 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  27.72 
 
 		 436 aa  113  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  27.76 
 
 		 406 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.17 
 
 		 426 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  25.75 
 
 		 400 aa  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.19 
 
 		 396 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  26.34 
 
 		 426 aa  100  4e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.81 
 
 		 398 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 395 aa  97.8  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  30.15 
 
 		 405 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  25.19 
 
 		 398 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.23 
 
 		 424 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.54 
 
 		 426 aa  93.6  5e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  24.6 
 
 		 427 aa  93.2  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  23.42 
 
 		 418 aa  92  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  26.01 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  23.76 
 
 		 405 aa  91.3  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  25.54 
 
 		 417 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.54 
 
 		 417 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  25.69 
 
 		 397 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  25.3 
 
 		 417 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  24.88 
 
 		 415 aa  88.2  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  25.3 
 
 		 417 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.22 
 
 		 399 aa  86.3  8e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.42 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  24.88 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.21 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  25.78 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  26.42 
 
 		 443 aa  82.8  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  26.46 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  24.15 
 
 		 415 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  23.48 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  24.64 
 
 		 415 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 417 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  27.61 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  27.61 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  24.7 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  22.08 
 
 		 471 aa  70.9  0.00000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.91 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  22.59 
 
 		 298 aa  67  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  22.11 
 
 		 432 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  23.35 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  24.1 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.42 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  23.35 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  24.03 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  25.42 
 
 		 466 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  23.02 
 
 		 415 aa  60.1  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  24.31 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  22.53 
 
 		 293 aa  59.3  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.4 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  25.9 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  27.27 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  22.98 
 
 		 310 aa  57  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  24.11 
 
 		 389 aa  57  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  24.91 
 
 		 389 aa  54.7  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.27 
 
 		 328 aa  50.8  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.42 
 
 		 198 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.42 
 
 		 198 aa  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.02 
 
 		 198 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  26.53 
 
 		 198 aa  47  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  26.53 
 
 		 198 aa  47  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.53 
 
 		 198 aa  47  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  26.53 
 
 		 198 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  25 
 
 		 367 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0843  TPR repeat-containing protein  27.12 
 
 		 330 aa  46.2  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>