122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2001 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  100 
 
 		 385 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  87.47 
 
 		 367 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  76.9 
 
 		 368 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  68.66 
 
 		 367 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  68.66 
 
 		 366 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  63.04 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  61.79 
 
 		 367 aa  395  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  45.93 
 
 		 407 aa  252  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.59 
 
 		 372 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  38.18 
 
 		 389 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  39.52 
 
 		 379 aa  229  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  39.69 
 
 		 390 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  39.68 
 
 		 382 aa  225  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  42.86 
 
 		 360 aa  222  9e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.09 
 
 		 372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  40.98 
 
 		 379 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.34 
 
 		 402 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.92 
 
 		 384 aa  207  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  39.58 
 
 		 495 aa  201  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.15 
 
 		 420 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.8 
 
 		 392 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.35 
 
 		 552 aa  180  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  38.03 
 
 		 412 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.47 
 
 		 523 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.52 
 
 		 516 aa  176  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  31.54 
 
 		 393 aa  149  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  30.73 
 
 		 383 aa  143  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  30.73 
 
 		 383 aa  143  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  30.6 
 
 		 406 aa  135  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  31.23 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  31.46 
 
 		 412 aa  123  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  30.56 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  30.62 
 
 		 415 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  29.21 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  31.07 
 
 		 431 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  32.74 
 
 		 283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  26.42 
 
 		 466 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.23 
 
 		 374 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 		 279 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  29.66 
 
 		 494 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  31.17 
 
 		 316 aa  87  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  25.56 
 
 		 436 aa  86.3  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  26.53 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.19 
 
 		 399 aa  80.9  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.1 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.63 
 
 		 299 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  29.71 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  26.98 
 
 		 407 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  24.26 
 
 		 395 aa  73.2  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  27.07 
 
 		 232 aa  69.3  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  30.91 
 
 		 344 aa  69.3  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  25.17 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  29.02 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  26.64 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  23.95 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  36.36 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  21.49 
 
 		 432 aa  61.2  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  26.43 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  26.98 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  21.75 
 
 		 433 aa  60.5  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.68 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 424 aa  57.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.52 
 
 		 396 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  29.51 
 
 		 443 aa  56.6  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  27.67 
 
 		 397 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  21.27 
 
 		 403 aa  55.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.71 
 
 		 239 aa  55.8  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.82 
 
 		 278 aa  55.8  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.27 
 
 		 398 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  25.81 
 
 		 216 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  23.83 
 
 		 427 aa  54.3  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  21.05 
 
 		 417 aa  54.3  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2652  cytochrome c biogenesis factor  27.83 
 
 		 216 aa  53.9  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  26.61 
 
 		 310 aa  53.5  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 		 296 aa  53.9  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2857  cytochrome c biogenesis factor-like protein  26.74 
 
 		 258 aa  53.9  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  29.31 
 
 		 224 aa  52.8  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  27.7 
 
 		 209 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  23.85 
 
 		 398 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  27.54 
 
 		 337 aa  50.1  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  27.54 
 
 		 337 aa  50.1  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  27.82 
 
 		 389 aa  49.7  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 		 219 aa  48.9  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  25.31 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.81 
 
 		 810 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.07 
 
 		 276 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.72 
 
 		 198 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  23.72 
 
 		 198 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  23.72 
 
 		 198 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.45 
 
 		 275 aa  47.8  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  18.88 
 
 		 294 aa  47.4  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  23.72 
 
 		 198 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.72 
 
 		 198 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  28.79 
 
 		 219 aa  47.4  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  26.61 
 
 		 878 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.72 
 
 		 198 aa  47.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.72 
 
 		 198 aa  47  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3814  TPR repeat-containing protein  23.28 
 
 		 615 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>