161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1405 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 399 aa  801    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  37.76 
 
 		 436 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  36.83 
 
 		 395 aa  256  6e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.83 
 
 		 399 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  44.4 
 
 		 279 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  43 
 
 		 443 aa  222  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  40.65 
 
 		 405 aa  216  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  37.41 
 
 		 405 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  41.37 
 
 		 389 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  40 
 
 		 466 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  33.33 
 
 		 427 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.65 
 
 		 407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  33.08 
 
 		 424 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  35.33 
 
 		 403 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.51 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  36.59 
 
 		 293 aa  166  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  29.12 
 
 		 415 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  29.59 
 
 		 415 aa  160  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32 
 
 		 398 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  32.27 
 
 		 398 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  28.29 
 
 		 415 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  29.12 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  29.12 
 
 		 417 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  29.36 
 
 		 417 aa  150  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  31.21 
 
 		 407 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  29.22 
 
 		 418 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  33.43 
 
 		 397 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  33.1 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  28.37 
 
 		 417 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  27.88 
 
 		 417 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.88 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  27.88 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  31.51 
 
 		 400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  30.47 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  31.3 
 
 		 406 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  32.53 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  27.99 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  28.88 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 		 403 aa  124  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  26.88 
 
 		 433 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  33.33 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.07 
 
 		 299 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.37 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  33.9 
 
 		 295 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  25.73 
 
 		 404 aa  116  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 416 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.71 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.63 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  27.85 
 
 		 404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  25.42 
 
 		 405 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  25.73 
 
 		 415 aa  113  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  26.3 
 
 		 403 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  25.9 
 
 		 404 aa  103  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  29.35 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  29.35 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.76 
 
 		 428 aa  99  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.25 
 
 		 426 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  39.8 
 
 		 344 aa  94  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  22.98 
 
 		 426 aa  92.8  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.11 
 
 		 428 aa  92  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  23.7 
 
 		 471 aa  87.4  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 296 aa  85.9  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  28.21 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.23 
 
 		 408 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.65 
 
 		 408 aa  79.7  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  30.43 
 
 		 367 aa  79.3  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.65 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  28.26 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  24.14 
 
 		 387 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  28.03 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.52 
 
 		 368 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  26.47 
 
 		 228 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  27.69 
 
 		 385 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  29.97 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  25.98 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  28.74 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  36.99 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.7 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.11 
 
 		 350 aa  67  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.11 
 
 		 350 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.11 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  29.11 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  27.41 
 
 		 379 aa  66.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.11 
 
 		 350 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  28.48 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  28.48 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.01 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.75 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.01 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  28.48 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  28.48 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.75 
 
 		 347 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  27.84 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.75 
 
 		 347 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  28.12 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.61 
 
 		 347 aa  63.5  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  25.39 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  25.39 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>