156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3385 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 397 aa  783    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  71 
 
 		 400 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  68.43 
 
 		 396 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  69.1 
 
 		 398 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  67.59 
 
 		 398 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  62.84 
 
 		 407 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  61.25 
 
 		 406 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  60.85 
 
 		 403 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  60.35 
 
 		 405 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  31.27 
 
 		 415 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  31.16 
 
 		 415 aa  185  9e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  31.51 
 
 		 415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  30.73 
 
 		 417 aa  184  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  31.05 
 
 		 417 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  30.26 
 
 		 417 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  31.05 
 
 		 417 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.16 
 
 		 416 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  30.32 
 
 		 417 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.32 
 
 		 417 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  31.27 
 
 		 417 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  31.76 
 
 		 415 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 415 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  33.82 
 
 		 405 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  30.14 
 
 		 416 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  32.2 
 
 		 427 aa  169  9e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  28.82 
 
 		 415 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  30.85 
 
 		 403 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  33.75 
 
 		 424 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  29.41 
 
 		 418 aa  156  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  36.27 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  30.25 
 
 		 395 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  35.38 
 
 		 443 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  27.96 
 
 		 436 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  34.2 
 
 		 399 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  27.23 
 
 		 433 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.53 
 
 		 399 aa  123  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.71 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  27.2 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  25.85 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  25.32 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  26.13 
 
 		 405 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.23 
 
 		 407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  25.13 
 
 		 403 aa  109  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  32 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  26.7 
 
 		 404 aa  106  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.62 
 
 		 279 aa  99.8  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.69 
 
 		 408 aa  99.8  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.94 
 
 		 408 aa  99.4  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.94 
 
 		 408 aa  98.6  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.68 
 
 		 466 aa  95.1  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  31.22 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.19 
 
 		 426 aa  89.4  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  32.39 
 
 		 337 aa  87.8  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  32.39 
 
 		 337 aa  87.8  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  31.36 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  25.09 
 
 		 387 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  33.01 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  27.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  23.99 
 
 		 471 aa  80.1  0.00000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.83 
 
 		 426 aa  79.3  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  26.67 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  28.68 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  26.87 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  29.31 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.68 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  25 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  22.63 
 
 		 426 aa  73.6  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  32.43 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  26.21 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  25.29 
 
 		 389 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  28.63 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  28.88 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.2 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  26.64 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  33.33 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.2 
 
 		 289 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  34.29 
 
 		 224 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  20.68 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  36.43 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.21 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.27 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  26.64 
 
 		 366 aa  66.2  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  29.49 
 
 		 198 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 		 198 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.49 
 
 		 198 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  35.71 
 
 		 224 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  29.49 
 
 		 198 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.49 
 
 		 198 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.49 
 
 		 198 aa  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.49 
 
 		 198 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  31.11 
 
 		 226 aa  65.1  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.49 
 
 		 198 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.58 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.69 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  26.5 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.02 
 
 		 328 aa  63.2  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.03 
 
 		 206 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  24.18 
 
 		 367 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>