175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0247 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  100 
 
 		 417 aa  852    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  72.66 
 
 		 415 aa  620  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  70.98 
 
 		 415 aa  609  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  72.42 
 
 		 415 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  70.5 
 
 		 415 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  69.93 
 
 		 417 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  68.9 
 
 		 416 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  69.3 
 
 		 415 aa  591  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  67.94 
 
 		 417 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  68.18 
 
 		 417 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  67.46 
 
 		 417 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  67.46 
 
 		 417 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  68.97 
 
 		 416 aa  579  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  69.45 
 
 		 417 aa  580  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  67.39 
 
 		 415 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  53.62 
 
 		 403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  34.22 
 
 		 432 aa  256  7e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.58 
 
 		 396 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  32.75 
 
 		 400 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  29.75 
 
 		 436 aa  180  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  32.84 
 
 		 403 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  32.87 
 
 		 407 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  31.23 
 
 		 398 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.48 
 
 		 398 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.97 
 
 		 397 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  31.86 
 
 		 406 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  29.36 
 
 		 424 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  28.33 
 
 		 418 aa  149  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  28.67 
 
 		 399 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  29.73 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  27.04 
 
 		 427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  31.23 
 
 		 443 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  34.19 
 
 		 389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 395 aa  124  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  26.5 
 
 		 405 aa  124  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.68 
 
 		 399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  23.78 
 
 		 433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  38.83 
 
 		 224 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  37.23 
 
 		 224 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  38.3 
 
 		 224 aa  114  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  45.52 
 
 		 224 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  30.88 
 
 		 237 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  34.04 
 
 		 224 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 230 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.89 
 
 		 198 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.89 
 
 		 198 aa  103  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.89 
 
 		 198 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.74 
 
 		 466 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.89 
 
 		 198 aa  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.89 
 
 		 198 aa  103  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  32.89 
 
 		 198 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  32.89 
 
 		 198 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  32.24 
 
 		 198 aa  103  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.87 
 
 		 276 aa  103  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  33.33 
 
 		 226 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.89 
 
 		 198 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.21 
 
 		 275 aa  101  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  38.24 
 
 		 228 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  27.57 
 
 		 405 aa  98.2  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  35.66 
 
 		 214 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  28.95 
 
 		 240 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  27.2 
 
 		 279 aa  96.3  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  28.42 
 
 		 234 aa  95.1  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  32.16 
 
 		 235 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25.33 
 
 		 296 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.61 
 
 		 206 aa  93.6  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.61 
 
 		 206 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.61 
 
 		 206 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.61 
 
 		 206 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  33.55 
 
 		 207 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  24.07 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.24 
 
 		 407 aa  90.9  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  23.19 
 
 		 404 aa  90.5  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  32.03 
 
 		 207 aa  90.5  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.95 
 
 		 206 aa  90.1  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.84 
 
 		 428 aa  89.7  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  23.63 
 
 		 404 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  26.62 
 
 		 387 aa  88.2  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.12 
 
 		 404 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  24.87 
 
 		 245 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.73 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  24.45 
 
 		 403 aa  79  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  25.68 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  25.68 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  23.4 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.47 
 
 		 408 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.67 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.43 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  25 
 
 		 239 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.74 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.88 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  23.22 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  23.92 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  21.28 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.4 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  23.27 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1622  TPR repeat-containing protein  33.65 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.89 
 
 		 495 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  23.71 
 
 		 294 aa  59.3  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  24.44 
 
 		 310 aa  59.3  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>