53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4474 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  100 
 
 
239 aa  481  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  70.76 
 
 
245 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  42.15 
 
 
234 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  39.24 
 
 
240 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  39.83 
 
 
235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  46.34 
 
 
224 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.01 
 
 
224 aa  148  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  35.12 
 
 
224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  35.59 
 
 
237 aa  146  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  44.12 
 
 
224 aa  145  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  34.71 
 
 
224 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  40 
 
 
226 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.83 
 
 
228 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  39.43 
 
 
230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.22 
 
 
416 aa  93.6  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  26.56 
 
 
403 aa  90.1  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  27.22 
 
 
415 aa  87.8  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  29.67 
 
 
416 aa  85.1  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 
417 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  28.91 
 
 
417 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.1 
 
 
417 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  22.6 
 
 
417 aa  72  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  26.56 
 
 
415 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  22.03 
 
 
417 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  27.81 
 
 
432 aa  68.9  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  21.47 
 
 
417 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  21.47 
 
 
417 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  26.56 
 
 
415 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  26.56 
 
 
415 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  23.3 
 
 
415 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.86 
 
 
415 aa  62.8  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.11 
 
 
206 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.11 
 
 
206 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.11 
 
 
206 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.51 
 
 
206 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.11 
 
 
206 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  26.11 
 
 
207 aa  58.5  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.22 
 
 
198 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.61 
 
 
275 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.22 
 
 
198 aa  57  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.22 
 
 
198 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.22 
 
 
198 aa  57  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.27 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  27.22 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  27.22 
 
 
198 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.61 
 
 
276 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  27.22 
 
 
198 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.27 
 
 
198 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  28.91 
 
 
207 aa  55.5  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  25.98 
 
 
214 aa  47.4  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.95 
 
 
424 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1098  type II and III secretion system protein  32.39 
 
 
907 aa  42.4  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0580477  hitchhiker  0.000681519 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1188  peptidase S41  26.62 
 
 
897 aa  42.4  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.130898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>