137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4676 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  100 
 
 
206 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  98.06 
 
 
206 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  99.03 
 
 
206 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  99.03 
 
 
206 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  98.54 
 
 
206 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  71.2 
 
 
198 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  70.68 
 
 
198 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  70.68 
 
 
198 aa  281  6.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  70.16 
 
 
198 aa  279  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  70.16 
 
 
198 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  70.16 
 
 
198 aa  279  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  70.16 
 
 
198 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  70.16 
 
 
198 aa  279  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  69.63 
 
 
198 aa  278  5e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  61.54 
 
 
275 aa  234  7e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  59 
 
 
276 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  34.68 
 
 
417 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.68 
 
 
417 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  34.1 
 
 
417 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  32.63 
 
 
415 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  33.53 
 
 
417 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  30.89 
 
 
417 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  31.84 
 
 
415 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.35 
 
 
416 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  34 
 
 
415 aa  109  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  38.52 
 
 
417 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  37.4 
 
 
415 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  36.64 
 
 
432 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  36.71 
 
 
403 aa  105  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  36.64 
 
 
415 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  36.64 
 
 
415 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  35.88 
 
 
416 aa  102  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  29.61 
 
 
417 aa  92.4  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  32.68 
 
 
207 aa  84.7  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  33.11 
 
 
207 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  35.61 
 
 
226 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  30.41 
 
 
214 aa  75.5  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  35.29 
 
 
228 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  29.77 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  33.57 
 
 
224 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  30.17 
 
 
407 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  26.92 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  33.33 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  27.27 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  30.2 
 
 
405 aa  66.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
283 aa  66.2  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  30.37 
 
 
224 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  33.82 
 
 
466 aa  65.5  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  39.02 
 
 
230 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  27.01 
 
 
228 aa  64.3  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  32.87 
 
 
298 aa  64.3  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  30.71 
 
 
403 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  31.85 
 
 
224 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  31.11 
 
 
224 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  29.01 
 
 
234 aa  62.4  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  30.82 
 
 
406 aa  62  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 
443 aa  62  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  25.19 
 
 
240 aa  61.2  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 
397 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 
279 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  31.11 
 
 
235 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  28.97 
 
 
418 aa  60.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  27.67 
 
 
424 aa  58.5  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  25 
 
 
245 aa  58.2  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  29.58 
 
 
399 aa  56.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  28.95 
 
 
367 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  27.1 
 
 
436 aa  55.5  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.33 
 
 
398 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.3 
 
 
516 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.17 
 
 
396 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.36 
 
 
523 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 
296 aa  53.1  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.36 
 
 
552 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 
324 aa  52  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
405 aa  51.6  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  27.5 
 
 
398 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  27.82 
 
 
367 aa  51.6  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  24.38 
 
 
404 aa  51.6  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  27.78 
 
 
400 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 
389 aa  51.2  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  27.69 
 
 
389 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  26.05 
 
 
412 aa  50.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  31.25 
 
 
312 aa  49.3  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.12 
 
 
495 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.59 
 
 
420 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  25.17 
 
 
433 aa  48.5  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 
337 aa  48.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  28.57 
 
 
426 aa  47.8  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  26.72 
 
 
293 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  22.22 
 
 
395 aa  47.8  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.75 
 
 
347 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.75 
 
 
347 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0927  TPR repeat-containing protein  26.42 
 
 
291 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  26.67 
 
 
426 aa  47  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.27 
 
 
407 aa  47  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  32.43 
 
 
222 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.67 
 
 
426 aa  46.6  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.69 
 
 
347 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  27.82 
 
 
382 aa  46.2  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.69 
 
 
347 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>