192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1878 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  100 
 
 		 418 aa  839    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  29.33 
 
 		 415 aa  160  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.16 
 
 		 416 aa  160  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  29.32 
 
 		 403 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  28.18 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  28.41 
 
 		 415 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  27.64 
 
 		 417 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  26.93 
 
 		 415 aa  150  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  28.33 
 
 		 417 aa  149  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  28.18 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  30.47 
 
 		 416 aa  146  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  27.51 
 
 		 417 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  28.37 
 
 		 417 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  26.85 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.52 
 
 		 396 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  28.88 
 
 		 400 aa  143  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 		 398 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.63 
 
 		 417 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  27.63 
 
 		 417 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  28.79 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  26.51 
 
 		 417 aa  139  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  26.57 
 
 		 415 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  30.34 
 
 		 399 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.27 
 
 		 398 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  29.31 
 
 		 406 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  28.29 
 
 		 403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  27.15 
 
 		 427 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  32.27 
 
 		 397 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  29.33 
 
 		 443 aa  127  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  27.19 
 
 		 433 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  26.7 
 
 		 432 aa  123  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  29.63 
 
 		 405 aa  120  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  30.62 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  30.33 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  26.61 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  25.06 
 
 		 403 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  26.12 
 
 		 466 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.25 
 
 		 428 aa  99  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  24.51 
 
 		 395 aa  99  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  23.28 
 
 		 404 aa  97.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.44 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  27.06 
 
 		 296 aa  92.8  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  26.73 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  21.87 
 
 		 405 aa  90.1  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  27.4 
 
 		 293 aa  89  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.3 
 
 		 368 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  25.27 
 
 		 367 aa  87  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  20.39 
 
 		 404 aa  86.3  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  27.3 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.52 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  24.24 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  26.53 
 
 		 385 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.28 
 
 		 399 aa  82.8  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  28.73 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  26.54 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.42 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  25.09 
 
 		 367 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.65 
 
 		 408 aa  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.65 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  31.41 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  27.87 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  27.87 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  30.39 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  28.35 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  28.35 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  20.14 
 
 		 428 aa  70.1  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  23.41 
 
 		 471 aa  69.7  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.39 
 
 		 495 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  24.38 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  24.62 
 
 		 379 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.03 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  23.08 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  24.31 
 
 		 366 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  26.01 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  29.76 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 878 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  21.93 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  28 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  28 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.97 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.97 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.97 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.97 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  31.03 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.04 
 
 		 206 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.52 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.29 
 
 		 810 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  23.67 
 
 		 407 aa  58.9  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  24.18 
 
 		 393 aa  58.9  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  30.53 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>