153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4773 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 405 aa  801    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  40.65 
 
 		 399 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  34.26 
 
 		 436 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  55.56 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  55.71 
 
 		 299 aa  229  9e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  42.96 
 
 		 443 aa  220  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  65.98 
 
 		 344 aa  210  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  43.93 
 
 		 389 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  32.51 
 
 		 395 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  33.83 
 
 		 405 aa  177  4e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.87 
 
 		 399 aa  176  7e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  33.57 
 
 		 427 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  37.81 
 
 		 466 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  34.07 
 
 		 403 aa  154  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  38.51 
 
 		 312 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  30.71 
 
 		 403 aa  140  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.52 
 
 		 407 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  28.01 
 
 		 415 aa  136  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.08 
 
 		 396 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  27.14 
 
 		 433 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  27.11 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  28.5 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  34.48 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  32.13 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  33 
 
 		 293 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  28.61 
 
 		 415 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  28.43 
 
 		 415 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  26.57 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  37.27 
 
 		 279 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  34.7 
 
 		 405 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  27.67 
 
 		 417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.67 
 
 		 417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  27.75 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 415 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  27.36 
 
 		 417 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  34.04 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  26.88 
 
 		 415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 		 398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.15 
 
 		 408 aa  116  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.14 
 
 		 398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.72 
 
 		 408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.72 
 
 		 408 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  30.83 
 
 		 400 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  30.42 
 
 		 406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  25.38 
 
 		 405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  29.86 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  29.21 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  26.16 
 
 		 404 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.7 
 
 		 417 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.97 
 
 		 416 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  32 
 
 		 397 aa  106  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.3 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  27.92 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  27.06 
 
 		 403 aa  103  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 		 415 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.8 
 
 		 432 aa  102  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  26.49 
 
 		 404 aa  99.4  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  32.01 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.46 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  32.01 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  24.63 
 
 		 417 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  25.12 
 
 		 416 aa  97.8  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  31.39 
 
 		 389 aa  97.4  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.33 
 
 		 495 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.85 
 
 		 404 aa  94.4  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  29.41 
 
 		 367 aa  94  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.09 
 
 		 426 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  33.2 
 
 		 295 aa  90.9  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  25.45 
 
 		 426 aa  88.2  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  31.34 
 
 		 366 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  29.41 
 
 		 367 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.71 
 
 		 516 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.01 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.61 
 
 		 552 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.86 
 
 		 523 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.81 
 
 		 420 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  25.05 
 
 		 471 aa  80.1  0.00000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.67 
 
 		 372 aa  79  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  31.35 
 
 		 382 aa  77  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.88 
 
 		 428 aa  76.6  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.23 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.72 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  30.97 
 
 		 412 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  26.82 
 
 		 360 aa  72.8  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.68 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  31.56 
 
 		 407 aa  69.7  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.89 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.22 
 
 		 406 aa  67.4  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.04 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  27.4 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  27.4 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.55 
 
 		 384 aa  62.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.09 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  27.66 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  27.43 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  27.66 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.65 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 337 aa  59.7  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.65 
 
 		 206 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>