104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1683 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  98.48 
 
 		 552 aa  917    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  87.12 
 
 		 516 aa  773    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 523 aa  1009    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  57.2 
 
 		 495 aa  473  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  56.06 
 
 		 420 aa  333  6e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  53.7 
 
 		 372 aa  317  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  41.03 
 
 		 372 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  39.07 
 
 		 367 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  39.73 
 
 		 367 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.27 
 
 		 368 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  39.85 
 
 		 366 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  36.55 
 
 		 379 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  36.27 
 
 		 379 aa  204  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  37.93 
 
 		 385 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  36.67 
 
 		 389 aa  202  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.27 
 
 		 390 aa  200  3.9999999999999996e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.71 
 
 		 392 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  39.06 
 
 		 407 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  35.06 
 
 		 382 aa  191  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.93 
 
 		 402 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.29 
 
 		 384 aa  188  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  36.86 
 
 		 367 aa  184  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  36.83 
 
 		 367 aa  177  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  37.54 
 
 		 360 aa  170  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  35.73 
 
 		 412 aa  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  30.33 
 
 		 393 aa  140  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  31.95 
 
 		 417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  29.52 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.58 
 
 		 412 aa  114  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  31.25 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  27.72 
 
 		 383 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  27.72 
 
 		 383 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.05 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  31.5 
 
 		 324 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.87 
 
 		 431 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  29.39 
 
 		 283 aa  100  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  26.29 
 
 		 466 aa  97.8  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  32.13 
 
 		 494 aa  94.4  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  26.51 
 
 		 436 aa  84.7  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  27.86 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.13 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  33.58 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.54 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 		 279 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.02 
 
 		 399 aa  79.7  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.14 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  27.67 
 
 		 427 aa  75.1  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 443 aa  74.3  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  23.25 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.46 
 
 		 407 aa  71.2  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  32 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  23.79 
 
 		 432 aa  70.1  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  29.46 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  30.36 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  22.26 
 
 		 418 aa  68.2  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  26.03 
 
 		 403 aa  66.6  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  22.58 
 
 		 433 aa  66.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.88 
 
 		 398 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  30.15 
 
 		 407 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  29.15 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.79 
 
 		 417 aa  65.1  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  32.64 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 		 398 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.69 
 
 		 396 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  26.69 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  24.79 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  26.5 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  30.3 
 
 		 344 aa  57  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.27 
 
 		 417 aa  57  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  26.86 
 
 		 278 aa  56.6  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  28.79 
 
 		 406 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  29.15 
 
 		 424 aa  55.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  23.87 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  23.87 
 
 		 415 aa  54.3  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  31.66 
 
 		 405 aa  54.3  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  22.04 
 
 		 415 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  23.46 
 
 		 415 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  23.51 
 
 		 296 aa  53.1  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.36 
 
 		 206 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.36 
 
 		 206 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.36 
 
 		 206 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.42 
 
 		 206 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.42 
 
 		 206 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  22.92 
 
 		 298 aa  50.4  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.87 
 
 		 415 aa  50.8  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  21.71 
 
 		 415 aa  49.7  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  23.2 
 
 		 228 aa  48.9  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  30.34 
 
 		 405 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  26.63 
 
 		 232 aa  49.3  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  23.2 
 
 		 228 aa  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  21.8 
 
 		 310 aa  47.8  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  27.61 
 
 		 405 aa  45.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2857  cytochrome c biogenesis factor-like protein  28.78 
 
 		 258 aa  45.4  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6145  TPR repeat-containing protein  34.21 
 
 		 477 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.513093 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  30.91 
 
 		 337 aa  45.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  30.91 
 
 		 337 aa  45.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 222 aa  45.4  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2077  tetratricopeptide TPR_2  27.34 
 
 		 314 aa  45.1  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1759  TPR repeat-containing protein  42.59 
 
 		 207 aa  44.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>