143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3567 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  100 
 
 		 403 aa  808    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  56.39 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  53.61 
 
 		 415 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  52.88 
 
 		 415 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  53.62 
 
 		 417 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  54.09 
 
 		 415 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  52.4 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  53.61 
 
 		 415 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  51.08 
 
 		 417 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  50.84 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  50.84 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  52.04 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  50.84 
 
 		 417 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  49.64 
 
 		 416 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  51.2 
 
 		 416 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  49.88 
 
 		 415 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  28.39 
 
 		 432 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.48 
 
 		 396 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  30.67 
 
 		 398 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.93 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.97 
 
 		 397 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  30.95 
 
 		 407 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  27.14 
 
 		 436 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  29.23 
 
 		 400 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  28.29 
 
 		 418 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  28.05 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  29.48 
 
 		 406 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.62 
 
 		 424 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  41.79 
 
 		 198 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  41.04 
 
 		 198 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  41.04 
 
 		 198 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  41.04 
 
 		 198 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  41.04 
 
 		 198 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  41.04 
 
 		 198 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  41.04 
 
 		 198 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  40.3 
 
 		 198 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.15 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  41.04 
 
 		 198 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.71 
 
 		 206 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.71 
 
 		 206 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.71 
 
 		 206 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.71 
 
 		 206 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 		 296 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  34.78 
 
 		 226 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.08 
 
 		 206 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.85 
 
 		 224 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.07 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  35.33 
 
 		 224 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.08 
 
 		 224 aa  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.08 
 
 		 224 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  41.09 
 
 		 275 aa  102  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 389 aa  100  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 		 399 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  34.78 
 
 		 224 aa  99.8  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 443 aa  99.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  41.09 
 
 		 228 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  36.11 
 
 		 214 aa  97.4  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  27 
 
 		 466 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  26.77 
 
 		 237 aa  94.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  24.03 
 
 		 427 aa  94.4  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  30.05 
 
 		 234 aa  93.2  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 240 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  28.65 
 
 		 245 aa  90.5  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  33.59 
 
 		 207 aa  90.5  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25 
 
 		 399 aa  90.5  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.95 
 
 		 235 aa  90.5  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  22.71 
 
 		 405 aa  90.1  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  26.56 
 
 		 239 aa  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  34.85 
 
 		 207 aa  89.4  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  24.43 
 
 		 395 aa  88.6  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  23.64 
 
 		 433 aa  87  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.5 
 
 		 404 aa  87  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  24.62 
 
 		 404 aa  87  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  29.74 
 
 		 405 aa  86.7  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.95 
 
 		 312 aa  86.7  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  26.36 
 
 		 403 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  26.86 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  35.2 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  21.89 
 
 		 404 aa  80.9  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  24.44 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.22 
 
 		 407 aa  76.3  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  23 
 
 		 389 aa  74.3  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.26 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  26.33 
 
 		 405 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.94 
 
 		 408 aa  69.7  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.27 
 
 		 495 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.69 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  23.77 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  25.77 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  23.53 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  23.53 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  24.15 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  20.87 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0451  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.11 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000076324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  24.18 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.5 
 
 		 372 aa  56.6  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  23.91 
 
 		 228 aa  55.8  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  21.27 
 
 		 385 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.03 
 
 		 523 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.62 
 
 		 552 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>