169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1372 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
298 aa  597  1e-169  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  31.76 
 
 
436 aa  149  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  32.06 
 
 
466 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  32.3 
 
 
395 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  36.92 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.09 
 
 
399 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  31.19 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  33 
 
 
293 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  33.85 
 
 
399 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  31.4 
 
 
427 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  45.31 
 
 
443 aa  113  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.28 
 
 
407 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  41.3 
 
 
389 aa  98.2  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  31.21 
 
 
403 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.8 
 
 
299 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  35.97 
 
 
405 aa  94.7  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  28.22 
 
 
424 aa  92.4  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  25.17 
 
 
418 aa  90.5  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  28.14 
 
 
433 aa  90.9  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  27.76 
 
 
400 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.1 
 
 
299 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  31.53 
 
 
312 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  35.9 
 
 
405 aa  86.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  28.84 
 
 
407 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  27.34 
 
 
360 aa  83.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  25.44 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  25.17 
 
 
385 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  25.08 
 
 
404 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  24.58 
 
 
405 aa  77  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  34.4 
 
 
344 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  29.21 
 
 
406 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  25.51 
 
 
367 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 
403 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.48 
 
 
428 aa  73.6  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.17 
 
 
404 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.99 
 
 
368 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.84 
 
 
398 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.4 
 
 
405 aa  70.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  27.38 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  27.38 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.11 
 
 
396 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  23.14 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  35.51 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  35.51 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 
398 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.35 
 
 
417 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  26.51 
 
 
367 aa  66.6  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  23.02 
 
 
471 aa  66.6  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.19 
 
 
372 aa  65.9  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  27.31 
 
 
405 aa  65.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.87 
 
 
206 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  26.3 
 
 
397 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.87 
 
 
206 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.87 
 
 
206 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.87 
 
 
206 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 
283 aa  63.5  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.87 
 
 
206 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  23.63 
 
 
366 aa  63.5  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  31.16 
 
 
382 aa  62.8  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.71 
 
 
347 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.89 
 
 
408 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  25.1 
 
 
393 aa  62  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.89 
 
 
408 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  24.74 
 
 
310 aa  60.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.01 
 
 
426 aa  59.7  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.22 
 
 
275 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.86 
 
 
347 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  33.6 
 
 
219 aa  59.3  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  28.22 
 
 
347 aa  59.3  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  33.6 
 
 
219 aa  58.9  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  24.1 
 
 
404 aa  58.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.86 
 
 
347 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.16 
 
 
276 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.86 
 
 
347 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.86 
 
 
347 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  22.26 
 
 
403 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.36 
 
 
347 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.64 
 
 
392 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  28.36 
 
 
347 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  24.67 
 
 
367 aa  56.6  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 
289 aa  56.2  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.53 
 
 
426 aa  56.2  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  30.87 
 
 
494 aa  55.8  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.32 
 
 
384 aa  55.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  35.92 
 
 
222 aa  55.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.86 
 
 
347 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.86 
 
 
347 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.15 
 
 
402 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  25 
 
 
426 aa  54.7  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.86 
 
 
289 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  31.25 
 
 
228 aa  53.9  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  31.25 
 
 
228 aa  53.9  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  20.45 
 
 
417 aa  53.9  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.83 
 
 
428 aa  54.3  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  23.78 
 
 
198 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  23.78 
 
 
198 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.78 
 
 
198 aa  52.8  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.78 
 
 
198 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  23.78 
 
 
198 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.78 
 
 
198 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>