132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0938 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  100 
 
 		 360 aa  681    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  42.78 
 
 		 367 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  41.99 
 
 		 385 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  41.48 
 
 		 368 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  38.48 
 
 		 367 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  40.6 
 
 		 366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.67 
 
 		 372 aa  204  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  39.54 
 
 		 407 aa  203  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  39.95 
 
 		 367 aa  199  5e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  38.4 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  39.57 
 
 		 367 aa  192  5e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  36.83 
 
 		 389 aa  190  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  36.86 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  35.71 
 
 		 379 aa  179  5.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40 
 
 		 495 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.71 
 
 		 390 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.46 
 
 		 372 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.38 
 
 		 402 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.69 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.6 
 
 		 516 aa  162  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.68 
 
 		 420 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.9 
 
 		 523 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.52 
 
 		 552 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.93 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  34.75 
 
 		 412 aa  146  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  30.46 
 
 		 383 aa  122  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  30.46 
 
 		 383 aa  122  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  30.14 
 
 		 406 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  32.02 
 
 		 415 aa  119  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  28.16 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.15 
 
 		 374 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  32.76 
 
 		 393 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  31.56 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  32.56 
 
 		 417 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  34.54 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.76 
 
 		 412 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  31.28 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  32.18 
 
 		 324 aa  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.75 
 
 		 431 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  30.64 
 
 		 494 aa  97.8  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  30.4 
 
 		 279 aa  89.4  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  28.23 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.35 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  24.51 
 
 		 436 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  30.26 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  26.57 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  23.4 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 		 398 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  28.32 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.96 
 
 		 398 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  26.32 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  23.98 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.22 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.3 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.31 
 
 		 397 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.57 
 
 		 407 aa  69.7  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  25.15 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.34 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  25.1 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  27.61 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 443 aa  63.5  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  27.83 
 
 		 406 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2857  cytochrome c biogenesis factor-like protein  35.22 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  32.35 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  23.01 
 
 		 278 aa  58.9  0.0000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  31.79 
 
 		 210 aa  58.5  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  21.09 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.14 
 
 		 416 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25.09 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  31.55 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  27.76 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  31.55 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  28.65 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  21.57 
 
 		 418 aa  55.8  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 		 1421 aa  55.5  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.39 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  26.06 
 
 		 405 aa  55.1  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  21.56 
 
 		 403 aa  55.5  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.53 
 
 		 299 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  21.27 
 
 		 415 aa  54.3  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  21.64 
 
 		 415 aa  52.4  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3178  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0335083  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.05 
 
 		 426 aa  51.2  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  28 
 
 		 344 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3070  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.14 
 
 		 208 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  24.79 
 
 		 424 aa  51.2  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  21.07 
 
 		 417 aa  51.2  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2980  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 		 208 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.345499  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  21.77 
 
 		 415 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  33.77 
 
 		 219 aa  50.8  0.00004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  29.56 
 
 		 216 aa  50.4  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  30.72 
 
 		 219 aa  49.7  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17941  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 		 404 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.398676 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  22.14 
 
 		 416 aa  49.3  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 566 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4781  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.62 
 
 		 738 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.409511  normal  0.0812036 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  22.73 
 
 		 426 aa  47.8  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>