191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00857 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  100 
 
 
337 aa  655    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  100 
 
 
337 aa  655    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  52.36 
 
 
219 aa  159  6e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  52.36 
 
 
219 aa  157  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  42.3 
 
 
328 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  35.64 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  29.86 
 
 
433 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  31.8 
 
 
403 aa  112  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  33.06 
 
 
389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  32.48 
 
 
427 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  30.03 
 
 
399 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 
395 aa  103  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  33.2 
 
 
398 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.05 
 
 
396 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  30.48 
 
 
407 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  30.91 
 
 
400 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  31.97 
 
 
405 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.34 
 
 
398 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  31.12 
 
 
443 aa  92.4  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  30.82 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.62 
 
 
399 aa  91.3  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  26.95 
 
 
436 aa  91.3  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.03 
 
 
407 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  28.77 
 
 
415 aa  86.3  7e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  27 
 
 
415 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  32.39 
 
 
397 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 
279 aa  84.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.87 
 
 
417 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 
415 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 
415 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  31.65 
 
 
405 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 
415 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  26.51 
 
 
417 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  26.51 
 
 
417 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  27.87 
 
 
418 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  24.84 
 
 
415 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  29.81 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  29.84 
 
 
404 aa  79  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 
403 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.83 
 
 
417 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  23.9 
 
 
417 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  25.83 
 
 
417 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  26.17 
 
 
405 aa  77.4  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.04 
 
 
417 aa  77  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.61 
 
 
408 aa  75.9  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.19 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.61 
 
 
408 aa  75.9  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.61 
 
 
408 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  28.79 
 
 
466 aa  74.7  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  26 
 
 
404 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.67 
 
 
416 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  24.58 
 
 
416 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  35.51 
 
 
298 aa  70.1  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.32 
 
 
428 aa  69.7  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  31.1 
 
 
283 aa  68.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  26.23 
 
 
404 aa  66.6  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.47 
 
 
368 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  24.49 
 
 
403 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.91 
 
 
426 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  32.14 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  25.5 
 
 
426 aa  63.9  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.98 
 
 
424 aa  63.5  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  27.41 
 
 
471 aa  63.2  0.000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  31.93 
 
 
337 aa  62  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0732  TPR repeat-containing protein  29.61 
 
 
235 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  30.82 
 
 
367 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.51 
 
 
412 aa  60.5  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  29.63 
 
 
385 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  35 
 
 
505 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.71 
 
 
428 aa  58.2  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2615  TPR domain-containing protein  30.16 
 
 
196 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  25.74 
 
 
228 aa  57.4  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.77 
 
 
426 aa  57  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  32.26 
 
 
295 aa  57  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  34.55 
 
 
366 aa  57  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  24.74 
 
 
310 aa  57  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  29.03 
 
 
367 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0812  tetratricopeptide TPR_2  29.63 
 
 
452 aa  55.1  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.159009  normal  0.340374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  25.77 
 
 
232 aa  53.9  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  33.12 
 
 
293 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.18 
 
 
372 aa  53.1  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3178  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
211 aa  52.8  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0335083  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  26.34 
 
 
387 aa  52.8  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  28.99 
 
 
4489 aa  52  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  40.79 
 
 
228 aa  52  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.5 
 
 
878 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3748  TPR repeat-containing protein  31.15 
 
 
1450 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3070  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.2 
 
 
208 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  30.07 
 
 
389 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.62 
 
 
495 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2980  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
208 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.345499  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  34.15 
 
 
494 aa  50.1  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 
209 aa  49.7  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2945  TPR repeat-containing protein  37.89 
 
 
1184 aa  49.7  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 
4079 aa  49.7  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3630  protein of unknown function DUF124  36.04 
 
 
428 aa  49.3  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  31.2 
 
 
828 aa  49.3  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  35.85 
 
 
767 aa  49.3  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  28.65 
 
 
312 aa  49.3  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.7 
 
 
402 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>