156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1510 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
395 aa  808    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  70.7 
 
 
399 aa  544  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  36.45 
 
 
399 aa  250  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  34.55 
 
 
436 aa  227  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  38.08 
 
 
466 aa  206  8e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  37.16 
 
 
443 aa  194  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  35.48 
 
 
389 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  30.81 
 
 
405 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  36.74 
 
 
279 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  31.42 
 
 
405 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.51 
 
 
396 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  31.44 
 
 
400 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  33.46 
 
 
405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  32.8 
 
 
293 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  32.85 
 
 
407 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.21 
 
 
407 aa  146  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  26.18 
 
 
427 aa  145  9e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 
403 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.75 
 
 
398 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 
398 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.59 
 
 
397 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  30.21 
 
 
298 aa  132  6.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  32.94 
 
 
406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  26.9 
 
 
417 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  27.44 
 
 
403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 
417 aa  125  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  29.32 
 
 
405 aa  121  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 
424 aa  119  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.18 
 
 
416 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  33.74 
 
 
295 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.04 
 
 
417 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  26.04 
 
 
417 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 
415 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  26.19 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  26.01 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  25.12 
 
 
415 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  35.22 
 
 
312 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  24.22 
 
 
433 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  25.54 
 
 
417 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  25.3 
 
 
415 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 
416 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  25.06 
 
 
415 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  25.96 
 
 
415 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.74 
 
 
404 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  24.37 
 
 
418 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.24 
 
 
299 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.24 
 
 
299 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  27.87 
 
 
337 aa  98.2  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  27.87 
 
 
337 aa  98.2  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  25.06 
 
 
415 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  23.15 
 
 
404 aa  93.2  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  24.42 
 
 
403 aa  92  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.63 
 
 
432 aa  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.54 
 
 
428 aa  91.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  32.09 
 
 
344 aa  91.3  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  21.65 
 
 
404 aa  89.7  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.42 
 
 
408 aa  89.4  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  22.72 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.42 
 
 
408 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.42 
 
 
408 aa  84.7  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  25.93 
 
 
389 aa  80.1  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  28.34 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  28.65 
 
 
228 aa  79.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  25 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.36 
 
 
372 aa  78.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.81 
 
 
368 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.09 
 
 
426 aa  77.4  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.01 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  23.86 
 
 
367 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  23.75 
 
 
385 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  23.36 
 
 
471 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  26.32 
 
 
412 aa  73.2  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.45 
 
 
495 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  27.16 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  24.45 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  23.53 
 
 
426 aa  70.9  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  23.91 
 
 
407 aa  70.1  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.07 
 
 
428 aa  68.6  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  24.14 
 
 
387 aa  68.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  26.25 
 
 
296 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.44 
 
 
402 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  22.34 
 
 
294 aa  67  0.0000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.88 
 
 
328 aa  66.6  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  24.14 
 
 
382 aa  66.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28 
 
 
392 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  24.44 
 
 
198 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  22.48 
 
 
366 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  22.22 
 
 
393 aa  64.3  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  24.44 
 
 
198 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  24.44 
 
 
198 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  35.78 
 
 
222 aa  64.3  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.44 
 
 
198 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.44 
 
 
198 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 
283 aa  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.89 
 
 
198 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.89 
 
 
198 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  24.17 
 
 
379 aa  63.5  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.89 
 
 
198 aa  62  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.89 
 
 
198 aa  62  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  22.46 
 
 
379 aa  61.2  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>