107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002849 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  91.34 
 
 		 405 aa  764    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  100 
 
 		 404 aa  819    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  65.43 
 
 		 404 aa  521  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  53.58 
 
 		 404 aa  436  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  38.48 
 
 		 403 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.28 
 
 		 408 aa  252  8.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.28 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.28 
 
 		 408 aa  250  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.58 
 
 		 428 aa  217  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  28.44 
 
 		 433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  29.66 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  33.49 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  33.49 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  33.49 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  33.49 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  33.49 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  34.27 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  34.27 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  34.27 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  34.27 
 
 		 350 aa  144  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 		 347 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 		 347 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 		 347 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 		 347 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.43 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 		 347 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  36.22 
 
 		 347 aa  140  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  36.73 
 
 		 347 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.22 
 
 		 347 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.63 
 
 		 428 aa  139  8.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  35.53 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.68 
 
 		 289 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  26.88 
 
 		 427 aa  131  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  28.61 
 
 		 405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  26.98 
 
 		 407 aa  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.57 
 
 		 396 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  28.03 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  25.96 
 
 		 400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  27.38 
 
 		 424 aa  110  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.38 
 
 		 398 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  24.82 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  26.32 
 
 		 405 aa  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 399 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  24.21 
 
 		 397 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  25.58 
 
 		 415 aa  97.8  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  23.28 
 
 		 418 aa  97.4  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 415 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  24.53 
 
 		 415 aa  96.3  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  23.36 
 
 		 417 aa  96.3  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.13 
 
 		 417 aa  93.2  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.78 
 
 		 415 aa  90.9  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  24.42 
 
 		 417 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 415 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.67 
 
 		 417 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.67 
 
 		 417 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  25.06 
 
 		 432 aa  88.6  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  24.94 
 
 		 405 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.63 
 
 		 417 aa  88.2  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  23.49 
 
 		 417 aa  87.4  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  24.62 
 
 		 403 aa  87  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  22.57 
 
 		 436 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  21.65 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  24.24 
 
 		 443 aa  84.3  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  23.25 
 
 		 471 aa  84  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.66 
 
 		 426 aa  83.2  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.13 
 
 		 416 aa  77  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.82 
 
 		 407 aa  76.6  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  23.4 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  28.57 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  28.57 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  24.08 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.03 
 
 		 426 aa  71.6  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  24.92 
 
 		 466 aa  70.9  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  25.37 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  20.94 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  25.13 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  22.51 
 
 		 426 aa  68.9  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  22.14 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  21.58 
 
 		 399 aa  66.6  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.41 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  24.07 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  24.84 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  26.92 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  27.24 
 
 		 389 aa  59.7  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  20.96 
 
 		 279 aa  59.7  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.26 
 
 		 198 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  24.07 
 
 		 393 aa  53.1  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.26 
 
 		 198 aa  53.5  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  23.76 
 
 		 198 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  23.76 
 
 		 198 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  23.76 
 
 		 198 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.76 
 
 		 198 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.76 
 
 		 198 aa  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  22.87 
 
 		 198 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.47 
 
 		 198 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.83 
 
 		 299 aa  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.82 
 
 		 299 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>