167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_30370 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  100 
 
 
405 aa  775    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  68.5 
 
 
403 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  67 
 
 
407 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  63.54 
 
 
396 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  67.16 
 
 
406 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  64.91 
 
 
400 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  63.73 
 
 
398 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  64.23 
 
 
398 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  60.35 
 
 
397 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  35.6 
 
 
427 aa  189  8e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  30.05 
 
 
415 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  29.95 
 
 
415 aa  179  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 
415 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  31.6 
 
 
417 aa  177  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  33.63 
 
 
436 aa  176  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  34.71 
 
 
405 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  30.22 
 
 
417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.74 
 
 
417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  29.5 
 
 
417 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.02 
 
 
417 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.02 
 
 
417 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  28.67 
 
 
415 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 
415 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  35.4 
 
 
424 aa  169  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  30.3 
 
 
418 aa  162  8.000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 
417 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 
416 aa  160  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.85 
 
 
416 aa  156  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  31.32 
 
 
395 aa  155  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  28.96 
 
 
415 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  32.75 
 
 
399 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.64 
 
 
407 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  34.69 
 
 
443 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  28.4 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  28.8 
 
 
433 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  27.09 
 
 
405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  26.95 
 
 
404 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.96 
 
 
428 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  34.35 
 
 
296 aa  133  6.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  34.56 
 
 
389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  29.47 
 
 
403 aa  129  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.21 
 
 
399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  27.93 
 
 
432 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  35.46 
 
 
405 aa  123  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  25.77 
 
 
404 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  26.09 
 
 
404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  34.01 
 
 
337 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  34.01 
 
 
337 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  30.82 
 
 
279 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  28.42 
 
 
466 aa  100  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.01 
 
 
408 aa  99.8  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.23 
 
 
426 aa  99  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.26 
 
 
408 aa  96.3  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  29.61 
 
 
387 aa  96.3  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  33.62 
 
 
405 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.26 
 
 
408 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  29.32 
 
 
293 aa  93.2  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.09 
 
 
426 aa  93.2  8e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  26.77 
 
 
426 aa  88.2  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  29.37 
 
 
389 aa  87.8  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  33.67 
 
 
382 aa  87.4  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  32.89 
 
 
312 aa  87.4  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  28.83 
 
 
298 aa  85.5  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.28 
 
 
428 aa  82.8  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  25.91 
 
 
228 aa  82.4  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  25.91 
 
 
228 aa  82.4  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  29.05 
 
 
379 aa  79.7  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  25 
 
 
294 aa  76.6  0.0000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33 
 
 
299 aa  76.6  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.05 
 
 
390 aa  76.3  0.0000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.26 
 
 
328 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  28.72 
 
 
379 aa  75.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.3 
 
 
299 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  30.04 
 
 
295 aa  72.4  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.19 
 
 
289 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  24.59 
 
 
471 aa  70.9  0.00000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.65 
 
 
372 aa  70.1  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.52 
 
 
393 aa  68.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.2 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.2 
 
 
206 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.2 
 
 
206 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.53 
 
 
206 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.2 
 
 
206 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  26.01 
 
 
366 aa  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  24.72 
 
 
367 aa  63.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.67 
 
 
347 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.67 
 
 
347 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  26.56 
 
 
198 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.43 
 
 
347 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  26.56 
 
 
198 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.56 
 
 
198 aa  62  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  26.56 
 
 
198 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.56 
 
 
198 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.64 
 
 
368 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.56 
 
 
198 aa  61.6  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.56 
 
 
198 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.56 
 
 
198 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.56 
 
 
198 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  32.43 
 
 
347 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>