106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03127 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  100 
 
 
405 aa  820    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  91.34 
 
 
404 aa  764    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  64.78 
 
 
404 aa  525  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  52.48 
 
 
404 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  39.22 
 
 
403 aa  293  5e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.86 
 
 
408 aa  256  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.35 
 
 
408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.35 
 
 
408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.46 
 
 
428 aa  223  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  28.95 
 
 
433 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  31.72 
 
 
294 aa  168  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.21 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  35.05 
 
 
350 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  35.21 
 
 
350 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.05 
 
 
350 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.05 
 
 
350 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  35.05 
 
 
350 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.21 
 
 
350 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  35.05 
 
 
350 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.21 
 
 
350 aa  147  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.96 
 
 
289 aa  146  8.000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  37.76 
 
 
347 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  37.76 
 
 
347 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  37.24 
 
 
347 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  37.24 
 
 
347 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  37.76 
 
 
347 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  38.27 
 
 
347 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  37.76 
 
 
347 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.41 
 
 
289 aa  143  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  37.56 
 
 
347 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  28.87 
 
 
428 aa  142  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 
347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.73 
 
 
347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  26.42 
 
 
427 aa  130  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  31.18 
 
 
405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  26.82 
 
 
403 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.58 
 
 
396 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  26.03 
 
 
407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  26.37 
 
 
400 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  26.1 
 
 
406 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.63 
 
 
398 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  26.58 
 
 
405 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 
399 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 
415 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  25.58 
 
 
415 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 
424 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 
398 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  23.83 
 
 
415 aa  100  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  23.54 
 
 
417 aa  99.4  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.95 
 
 
415 aa  97.8  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  25.12 
 
 
417 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  24.83 
 
 
417 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.83 
 
 
417 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  24.69 
 
 
397 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  24.65 
 
 
417 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.46 
 
 
432 aa  93.6  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 
415 aa  93.2  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.07 
 
 
417 aa  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  22.71 
 
 
403 aa  90.1  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  21.87 
 
 
418 aa  90.1  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  25.13 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  23.09 
 
 
417 aa  87.8  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  25.09 
 
 
443 aa  86.3  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.95 
 
 
416 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  22.3 
 
 
471 aa  83.6  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  22.67 
 
 
436 aa  82  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.83 
 
 
426 aa  81.6  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  22.72 
 
 
395 aa  81.6  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  22.14 
 
 
416 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  29.32 
 
 
337 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  29.32 
 
 
337 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  25.16 
 
 
405 aa  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 
389 aa  76.6  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  25.25 
 
 
466 aa  75.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.82 
 
 
407 aa  74.3  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  25.87 
 
 
228 aa  72  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  22.41 
 
 
415 aa  72  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  23.67 
 
 
298 aa  71.2  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  25.37 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.61 
 
 
426 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.03 
 
 
399 aa  68.6  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  22.96 
 
 
426 aa  64.7  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.78 
 
 
312 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  21.99 
 
 
279 aa  62.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.73 
 
 
198 aa  62  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  25.31 
 
 
393 aa  62  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.73 
 
 
198 aa  62  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  26.24 
 
 
198 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  26.24 
 
 
198 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  22.68 
 
 
293 aa  59.7  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.24 
 
 
198 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.24 
 
 
198 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 
198 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  25.53 
 
 
198 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  24.04 
 
 
296 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.02 
 
 
198 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  26.5 
 
 
382 aa  57.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  24.1 
 
 
389 aa  53.5  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.41 
 
 
299 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 
383 aa  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>