146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0415 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  100 
 
 
405 aa  803    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  35.41 
 
 
436 aa  218  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  35.29 
 
 
427 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  39 
 
 
443 aa  190  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  41.02 
 
 
399 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  37.81 
 
 
389 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.47 
 
 
396 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  34.76 
 
 
403 aa  168  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  34.28 
 
 
398 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  30.81 
 
 
395 aa  159  9e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.93 
 
 
398 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  33.43 
 
 
407 aa  156  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  30.85 
 
 
424 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  33.52 
 
 
406 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  32.22 
 
 
397 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  34.31 
 
 
405 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  30.83 
 
 
400 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  34.63 
 
 
405 aa  140  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  27.92 
 
 
433 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.11 
 
 
399 aa  136  8e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  28.61 
 
 
404 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  31.18 
 
 
405 aa  133  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  32.73 
 
 
405 aa  132  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  26.5 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.03 
 
 
428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  26.82 
 
 
417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.46 
 
 
407 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 
415 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  30.33 
 
 
418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 
415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  26.89 
 
 
415 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 
415 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  25.85 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  25.81 
 
 
404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  25.6 
 
 
417 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  26.63 
 
 
415 aa  112  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  34.91 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  34.91 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  25.12 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.12 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.08 
 
 
428 aa  106  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  29.22 
 
 
404 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  23.38 
 
 
417 aa  103  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.94 
 
 
416 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  32.39 
 
 
279 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  34.8 
 
 
293 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  34.41 
 
 
295 aa  100  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 
416 aa  96.3  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  29.02 
 
 
471 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  27.99 
 
 
426 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  35.97 
 
 
298 aa  93.6  6e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  30.58 
 
 
466 aa  92  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 
415 aa  92.8  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  25.65 
 
 
432 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.41 
 
 
426 aa  91.7  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.29 
 
 
408 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.53 
 
 
408 aa  90.9  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.53 
 
 
408 aa  90.1  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  36.42 
 
 
312 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  22.69 
 
 
403 aa  87.8  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.02 
 
 
426 aa  87.4  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  24.5 
 
 
403 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.22 
 
 
299 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.73 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  32.73 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  31.75 
 
 
310 aa  72  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2615  TPR domain-containing protein  29.87 
 
 
196 aa  67  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  30.82 
 
 
494 aa  64.7  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2936  TPR repeat-containing protein  35.56 
 
 
200 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.196962 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.75 
 
 
372 aa  63.5  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.72 
 
 
328 aa  62.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  24.89 
 
 
350 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  24.89 
 
 
350 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.96 
 
 
372 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  25.23 
 
 
350 aa  60.1  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0856  sugar transporter superfamily protein  29.83 
 
 
198 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  28.77 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.17 
 
 
347 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.17 
 
 
347 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  24.89 
 
 
350 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  24.89 
 
 
350 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  24.77 
 
 
360 aa  58.5  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  24.89 
 
 
350 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  24.89 
 
 
350 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.31 
 
 
347 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  24.89 
 
 
350 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.71 
 
 
420 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3178  TPR repeat-containing protein  31.75 
 
 
211 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0335083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  24.77 
 
 
350 aa  57  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.31 
 
 
347 aa  56.6  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.31 
 
 
347 aa  56.6  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 
387 aa  56.2  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2980  TPR repeat-containing protein  30.95 
 
 
208 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.345499  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.95 
 
 
347 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1720  TPR repeat-containing protein  29.35 
 
 
187 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  26.44 
 
 
385 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  26.37 
 
 
389 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3070  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.95 
 
 
208 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  23.96 
 
 
367 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  28.95 
 
 
347 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>