More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0302 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 337 aa  671    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  50 
 
 		 316 aa  232  5e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  43.77 
 
 		 324 aa  206  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.22 
 
 		 402 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  32.25 
 
 		 389 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  30.91 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.83 
 
 		 392 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.23 
 
 		 372 aa  124  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.84 
 
 		 390 aa  119  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  30.42 
 
 		 379 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.13 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  28.75 
 
 		 385 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  30.16 
 
 		 379 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  28.43 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  27.84 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  34.11 
 
 		 407 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  30.52 
 
 		 360 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.22 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  30.64 
 
 		 412 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  28.33 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  28.33 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.73 
 
 		 552 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.55 
 
 		 393 aa  97.4  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  28.8 
 
 		 366 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.46 
 
 		 523 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  28.48 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  28.25 
 
 		 367 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  35.68 
 
 		 283 aa  88.6  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.17 
 
 		 420 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.63 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.63 
 
 		 495 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.73 
 
 		 374 aa  80.9  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  28.35 
 
 		 431 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  32.56 
 
 		 494 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  29.38 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.59 
 
 		 810 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  30.4 
 
 		 417 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.1 
 
 		 384 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  34.59 
 
 		 878 aa  70.1  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  37.29 
 
 		 1276 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  30 
 
 		 407 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  26.03 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  24.6 
 
 		 406 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.77 
 
 		 632 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 		 389 aa  67  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  27.87 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  31.85 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  31.85 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.82 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.88 
 
 		 417 aa  64.7  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  32.23 
 
 		 1297 aa  64.7  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  29.65 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  28.46 
 
 		 415 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.31 
 
 		 407 aa  63.2  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  29.6 
 
 		 433 aa  62.8  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2362  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 256 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  30.37 
 
 		 366 aa  62  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  31.5 
 
 		 209 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  25.33 
 
 		 466 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1051  TPR repeat-containing protein  30.91 
 
 		 215 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1947  tetratricopeptide TPR_2  38 
 
 		 564 aa  62  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0106408 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  34.15 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.99 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  27.69 
 
 		 4079 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  29.07 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  26.73 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  32.8 
 
 		 1694 aa  59.3  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1288  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 		 207 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  34.26 
 
 		 565 aa  59.3  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  37.98 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  26.72 
 
 		 432 aa  58.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1552  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.45 
 
 		 707 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0225548 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  29.01 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0913  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.249159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0882  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0321  TPR repeat-containing protein  36.17 
 
 		 162 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1829  TPR repeat-containing protein  32.76 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.725463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0908  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  22.79 
 
 		 1421 aa  57.8  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  23.32 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  25.15 
 
 		 417 aa  57.4  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.68 
 
 		 396 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  25.6 
 
 		 403 aa  57  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  31.71 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0319  TPR repeat-containing protein  26.07 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0540059  normal  0.098872 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  28.67 
 
 		 927 aa  56.6  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  32.17 
 
 		 424 aa  56.2  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 		 465 aa  56.2  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1536  TPR domain-containing protein  35.29 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3772  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  34.41 
 
 		 863 aa  55.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 562 aa  55.8  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 397 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  33.33 
 
 		 884 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0856  sugar transporter superfamily protein  32.84 
 
 		 198 aa  55.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2367  protein kinase  29.81 
 
 		 623 aa  54.7  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0930  TPR repeat-containing protein  28.26 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>