153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3450 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  100 
 
 
367 aa  722    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  87.47 
 
 
385 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  78.8 
 
 
368 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  69.75 
 
 
367 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  66.49 
 
 
366 aa  461  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  63.14 
 
 
367 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  62.06 
 
 
367 aa  398  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  46.51 
 
 
407 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  40 
 
 
379 aa  238  9e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40 
 
 
390 aa  233  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.7 
 
 
372 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  41.9 
 
 
379 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.12 
 
 
372 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  39.15 
 
 
382 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  35.82 
 
 
389 aa  222  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  43.57 
 
 
360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.98 
 
 
384 aa  212  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.08 
 
 
402 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.5 
 
 
420 aa  204  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.14 
 
 
495 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.18 
 
 
392 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.35 
 
 
552 aa  189  9e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.48 
 
 
523 aa  187  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.63 
 
 
516 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  38.03 
 
 
412 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  31.17 
 
 
393 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  32.49 
 
 
383 aa  149  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  32.49 
 
 
383 aa  149  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  33.25 
 
 
417 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  30 
 
 
406 aa  133  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.87 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  31.97 
 
 
415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.49 
 
 
466 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  30.22 
 
 
415 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  31.69 
 
 
283 aa  118  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  31.63 
 
 
431 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.67 
 
 
374 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 
279 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  28.84 
 
 
337 aa  113  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 
494 aa  92  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  27.92 
 
 
436 aa  90.9  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  29.46 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.32 
 
 
399 aa  79.7  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  25.09 
 
 
418 aa  79.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  26.91 
 
 
407 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.26 
 
 
299 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.37 
 
 
299 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  29.93 
 
 
405 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  33.1 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 
403 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
293 aa  71.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  25.66 
 
 
295 aa  70.1  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  23.53 
 
 
395 aa  70.1  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 
399 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 
424 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  24.74 
 
 
298 aa  67.4  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  26.77 
 
 
400 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.59 
 
 
396 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  32.14 
 
 
312 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  30.3 
 
 
344 aa  63.5  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  26.51 
 
 
406 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  36.36 
 
 
210 aa  63.2  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.13 
 
 
397 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.3 
 
 
398 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.42 
 
 
239 aa  61.2  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  24.91 
 
 
398 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  24.8 
 
 
433 aa  58.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.68 
 
 
407 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  25.75 
 
 
216 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.94 
 
 
278 aa  55.8  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  20.9 
 
 
432 aa  55.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  27.87 
 
 
443 aa  55.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2652  cytochrome c biogenesis factor  33.33 
 
 
216 aa  54.3  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  23.08 
 
 
427 aa  54.3  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  30 
 
 
224 aa  54.3  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  34.75 
 
 
703 aa  53.5  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.8 
 
 
275 aa  53.1  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.82 
 
 
276 aa  53.1  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  24.36 
 
 
198 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.36 
 
 
198 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.36 
 
 
198 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  26.36 
 
 
878 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  24.36 
 
 
198 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  24.36 
 
 
198 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
206 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  28.57 
 
 
337 aa  51.6  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  28.57 
 
 
337 aa  51.6  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
206 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  23.95 
 
 
296 aa  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
389 aa  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.36 
 
 
198 aa  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  24.36 
 
 
198 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  28.77 
 
 
405 aa  51.2  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.19 
 
 
206 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.07 
 
 
206 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.07 
 
 
206 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.58 
 
 
810 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.72 
 
 
198 aa  49.7  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  23.72 
 
 
198 aa  49.7  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>