62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2685 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  98.55 
 
 		 415 aa  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  100 
 
 		 417 aa  804    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  79.62 
 
 		 431 aa  531  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  46.7 
 
 		 412 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  47.73 
 
 		 415 aa  300  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  44.23 
 
 		 406 aa  296  5e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  33.51 
 
 		 367 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  30.86 
 
 		 379 aa  144  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  31.42 
 
 		 389 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  31.89 
 
 		 367 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.86 
 
 		 390 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  32.11 
 
 		 379 aa  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.58 
 
 		 368 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  31.11 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  33.5 
 
 		 366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.88 
 
 		 392 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  32.06 
 
 		 412 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  33.43 
 
 		 360 aa  122  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.05 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  31.81 
 
 		 367 aa  120  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.42 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.05 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  31.16 
 
 		 382 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  30.64 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.18 
 
 		 523 aa  113  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.89 
 
 		 552 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  30.56 
 
 		 367 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.26 
 
 		 420 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  31.52 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.47 
 
 		 393 aa  107  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.72 
 
 		 495 aa  106  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 		 383 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 		 383 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.9 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.85 
 
 		 384 aa  92.8  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  28.84 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  27.16 
 
 		 466 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.38 
 
 		 374 aa  68.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  26.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  26.48 
 
 		 436 aa  67  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  29.62 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  25.72 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  38.04 
 
 		 216 aa  55.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  28.98 
 
 		 210 aa  53.9  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  34.51 
 
 		 337 aa  53.9  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  34.51 
 
 		 337 aa  53.9  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  31.28 
 
 		 316 aa  53.5  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.24 
 
 		 299 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  31.01 
 
 		 389 aa  52.4  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.3 
 
 		 424 aa  50.4  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 		 299 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.28 
 
 		 417 aa  49.3  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  24.83 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  23.82 
 
 		 415 aa  48.5  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2652  cytochrome c biogenesis factor  35.21 
 
 		 216 aa  47  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.58 
 
 		 399 aa  45.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  29.51 
 
 		 232 aa  44.3  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  23.77 
 
 		 298 aa  43.5  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>